38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2430 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2430  regulatory protein LacI  100 
 
 		 185 aa  376  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60860  transcriptional regulator NfxB  72.38 
 
 		 187 aa  262  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5241  transcriptional regulator NfxB  72.38 
 
 		 199 aa  261  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2820  transcriptional regulator NfxB  69.83 
 
 		 185 aa  258  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2755  LacI family transcription regulator  69.06 
 
 		 187 aa  258  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0367179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2759  LacI family transcription regulator  60.11 
 
 		 198 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2284  transcriptional regulatory protein NfxB  57.22 
 
 		 196 aa  210  9e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917221 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2594  transcriptional regulatory protein NfxB  56.18 
 
 		 184 aa  205  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5237  transcriptional regulator NfxB  56.42 
 
 		 206 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60810  putative transcriptional regulator NfxB  56.1 
 
 		 172 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5859  transcriptional regulatory protein NfxB  46.95 
 
 		 188 aa  144  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.731668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0287  TetR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 181 aa  133  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2816  transcriptional regulator NfxB, putative  41.53 
 
 		 188 aa  130  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.308594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00232  hypothetical protein  28.96 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1734  transcriptional regulator NfxB  34.09 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.413986 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0240  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.477242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0665  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.950622  normal  0.396489 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0495  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.595524 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0473  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0484  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1275  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0714777  normal  0.0115307 
 
 
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NC_013131  Caci_8493  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 180 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.996543 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5597  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5998  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000044097 
 
 
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NC_014210  Ndas_1327  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 198 aa  52  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188368  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_2000  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 201 aa  48.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.669557 
 
 
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NC_013595  Sros_4085  putative transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 232 aa  47.8  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750305  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_6310  putative transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 185 aa  47  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.523655  normal  0.0800729 
 
 
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NC_007520  Tcr_1301  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 205 aa  45.4  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.365782  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_5083  putative transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.636855 
 
 
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NC_009077  Mjls_5551  TetR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5259  TetR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.532008  normal  1 
 
 
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NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008146  Mmcs_5170  TetR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_2768  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 192 aa  42.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.373276  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_5863  transcriptional regulator, TetR family  34.11 
 
 		 186 aa  41.6  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.602897  normal  0.34108 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A1889  transcriptional regulator, TetR family  21.51 
 
 		 194 aa  41.6  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.2019  n/a   
 
 
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NC_007794  Saro_1541  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 191 aa  41.2  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.590108  n/a   
 
 
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