180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1327 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_1327  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
198 aa  399  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188368  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2000  transcriptional regulator, TetR family  66.12 
 
 
201 aa  235  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.669557 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2422  transcriptional regulator, TetR family  40.21 
 
 
230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.789804  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8649  regulatory protein TetR  33.7 
 
 
185 aa  75.5  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0755  putative transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 
210 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8493  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 
180 aa  68.9  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.996543 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4085  putative transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 
232 aa  68.2  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750305  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5576  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 
216 aa  67.8  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.440854 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0429  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 
207 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2820  transcriptional regulator NfxB  27.33 
 
 
185 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5092  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 
209 aa  60.1  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.193405 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0209  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 
195 aa  59.7  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.234614  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1275  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 
193 aa  59.7  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0714777  normal  0.0115307 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5597  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
189 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5998  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
189 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000044097 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0208  transcriptional regulator, TetR family  46.58 
 
 
193 aa  58.5  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.168668  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3217  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
207 aa  58.2  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0665  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 
179 aa  57.8  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.950622  normal  0.396489 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3690  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
191 aa  57.8  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.225915 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2776  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 
206 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.205598  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4255  transcriptional regulator, TetR family  31.51 
 
 
223 aa  57  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.228182 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0484  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 
186 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0495  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 
186 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.595524 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0473  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 
186 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3104  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 
185 aa  56.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8965  putative transcriptional regulator, TetR family  28.25 
 
 
173 aa  55.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14890  transcriptional regulator, tetR family  31.97 
 
 
204 aa  56.2  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0325223  normal  0.0343336 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0240  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
180 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.477242  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
266 aa  55.5  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1301  TetR family transcriptional regulator  21.67 
 
 
205 aa  55.1  0.0000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.365782  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8897  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
222 aa  54.7  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1993  transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 
202 aa  54.7  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00019531  normal  0.0761383 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2994  TetR family transcriptional regulator  39.36 
 
 
231 aa  54.7  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3889  transcriptional regulator, TetR family  31.51 
 
 
299 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.110513  normal  0.292317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6450  putative transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000363867  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7432  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6310  putative transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 
185 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.523655  normal  0.0800729 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3350  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 
199 aa  52.8  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.170471  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5333  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 
216 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2430  regulatory protein LacI  30 
 
 
185 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633892  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3012  transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 
219 aa  51.6  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2770  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
195 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2753  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 
197 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
201 aa  50.8  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7119  putative transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
204 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00221905  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 
203 aa  50.8  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3457  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 
194 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.53987  hitchhiker  4.55485e-18 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0401  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 
245 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0464223  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4980  regulatory protein TetR  32.08 
 
 
190 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.432657  normal  0.695564 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  37.18 
 
 
201 aa  50.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 
228 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1889  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.2019  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6198  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 
193 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.533125  normal  0.545762 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1967  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 
198 aa  48.9  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0188577  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1469  regulatory protein TetR  47.46 
 
 
209 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.520835 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2145  regulatory protein TetR  42.25 
 
 
202 aa  48.5  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 
192 aa  48.5  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5083  putative transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 
189 aa  48.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3783  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 
184 aa  47.8  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0045008  normal  0.0230094 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2209  putative transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 
202 aa  48.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.594451  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4064  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 
196 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.528803  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3273  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
210 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60860  transcriptional regulator NfxB  29.41 
 
 
187 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5241  transcriptional regulator NfxB  26.21 
 
 
199 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 
217 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6422  putative transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 
216 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790445 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4287  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 
205 aa  47.8  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2768  transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 
192 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.373276  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2284  transcriptional regulatory protein NfxB  27.97 
 
 
196 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000917221 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13072  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 
204 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.483288 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0287  TetR family transcriptional regulator  22.92 
 
 
181 aa  46.6  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4087  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 
228 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.98142 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6680  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
176 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.933684  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2594  transcriptional regulatory protein NfxB  26.39 
 
 
184 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 
230 aa  46.2  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1697  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 
230 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2757  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 
179 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.331612  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3293  regulatory protein TetR  38.1 
 
 
208 aa  46.2  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.147599  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5011  putative transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 
203 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 
220 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1648  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 
199 aa  46.2  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.298566  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4823  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 
219 aa  45.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4782  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 
205 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.682663 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1133  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 
206 aa  45.4  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.660169  normal 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 
191 aa  45.4  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6201  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 
189 aa  45.8  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0829103  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01975  hypothetical protein  23.66 
 
 
204 aa  45.4  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.10817  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
205 aa  45.4  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2714  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 
183 aa  45.1  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000526113  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3223  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
228 aa  45.1  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
208 aa  45.1  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3285  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
228 aa  45.1  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3234  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
228 aa  45.1  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20483  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 
225 aa  44.7  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0677  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 
238 aa  45.1  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2557  transcriptional regulator, TetR family  33.1 
 
 
186 aa  44.7  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
205 aa  44.7  0.0009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  27.32 
 
 
182 aa  44.7  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>