More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0884 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0884  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 330 aa  680    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.45098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0757  LacI transcriptional regulator  93.33 
 
 		 330 aa  640    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51820  sucrose operon repressor protein  65.26 
 
 		 332 aa  438  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.769791  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2081  LacI family transcription regulator  55.56 
 
 		 333 aa  385  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1724  LacI family transcription regulator  51.36 
 
 		 348 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2847  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  51.06 
 
 		 347 aa  352  4e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.368648 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1616  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  51.06 
 
 		 347 aa  352  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3595  sugar binding transcriptional regulator, LacI family  48.48 
 
 		 331 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00083156 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2650  LacI family sucrose operon repressor  48.48 
 
 		 331 aa  328  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3715  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 		 329 aa  177  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000372976 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2898  transcriptional regulator, LacI family  34.68 
 
 		 350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  35.48 
 
 		 340 aa  162  6e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2894  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 350 aa  162  6e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0233  regulatory protein LacI  32.47 
 
 		 349 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5743  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 349 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4870  transcriptional regulator, LacI family  33.66 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal  0.157 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0313  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3298  LacI family transcription regulator  33.54 
 
 		 388 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.76 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4611  transcriptional regulator, LacI family  30.5 
 
 		 344 aa  144  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 339 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0052  LacI family transcription regulator  31.09 
 
 		 364 aa  142  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3799  transcriptional regulator, LacI family  33.52 
 
 		 356 aa  142  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4706  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.36 
 
 		 333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 333 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.64 
 
 		 335 aa  139  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  34.44 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7040  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0397  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.67 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0429  LacI family transcription regulator  31.58 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.75563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  30.37 
 
 		 332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.34 
 
 		 335 aa  135  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3267  transcriptional regulator, LacI family  28.41 
 
 		 361 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.04 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.94 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.04 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.04 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.04 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.04 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.04 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.04 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.04 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.14 
 
 		 330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3846  transcriptional regulator, LacI family  31.79 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00500845  normal  0.20128 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 361 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7053  LacI family transcription regulator  32.75 
 
 		 350 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17860  transcriptional regulator  30.24 
 
 		 339 aa  132  9e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.6068  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.45 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.04 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  27.33 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.33 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.33 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.33 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.99 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.33 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.33 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3109  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 		 339 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1474  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 345 aa  129  6e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  29.62 
 
 		 346 aa  129  8.000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 348 aa  129  9.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.06 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 331 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.86 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3139  LacI family transcription regulator  29.3 
 
 		 370 aa  126  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  29.94 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4741  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.15 
 
 		 350 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00115423 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0300  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 339 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.16 
 
 		 334 aa  125  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3698  transcriptional regulator, LacI family  32.19 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.375251  normal  0.395947 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  30.97 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  30.24 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  31.65 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.76 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.3 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1790  transcription regulator protein  30.65 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.678671  normal  0.041815 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.06 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1359  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.343694 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.06 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  32.06 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 346 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.75 
 
 		 338 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 386 aa  122  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.53 
 
 		 347 aa  122  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 334 aa  122  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.75 
 
 		 342 aa  122  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.94 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>