More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_3244 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 275 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  92.34 
 
 		 300 aa  511  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  71.43 
 
 		 293 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  70.44 
 
 		 301 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  68.5 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  67.77 
 
 		 313 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  68.5 
 
 		 301 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  68.13 
 
 		 294 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  68.86 
 
 		 294 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  65.2 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  63.9 
 
 		 292 aa  328  7e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  54.95 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  57.78 
 
 		 302 aa  285  5.999999999999999e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  53.28 
 
 		 307 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  54.61 
 
 		 314 aa  282  5.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  54.24 
 
 		 305 aa  280  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  53.68 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  52.63 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  51.46 
 
 		 293 aa  261  6e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  51.49 
 
 		 303 aa  254  8e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  51.27 
 
 		 293 aa  251  1e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  62.75 
 
 		 206 aa  246  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  48.89 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  48.71 
 
 		 310 aa  235  7e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  46.43 
 
 		 303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  47.45 
 
 		 293 aa  229  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 326 aa  228  7e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 314 aa  227  1e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  43.73 
 
 		 306 aa  224  8e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 362 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  41.52 
 
 		 312 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  44.89 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  47.18 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  43.45 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  43.07 
 
 		 305 aa  208  6e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  41.58 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  43.07 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  43.07 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  42.7 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  43.28 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  41.57 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  40.81 
 
 		 312 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  39.78 
 
 		 326 aa  202  6e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  41.64 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  40.14 
 
 		 308 aa  198  7e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.01 
 
 		 348 aa  194  1e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  42.69 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  45.78 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  42.57 
 
 		 286 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  40.64 
 
 		 285 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.7 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 287 aa  175  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.92 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  37.64 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.93 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.67 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  30.6 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  30.4 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  30.4 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.14 
 
 		 226 aa  92  9e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  30.99 
 
 		 315 aa  90.1  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  33.18 
 
 		 211 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  32.71 
 
 		 211 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 211 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  32.7 
 
 		 225 aa  86.7  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.49 
 
 		 219 aa  85.5  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  26.18 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  31.02 
 
 		 215 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  30.74 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.6 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  30.95 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  31.44 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.1 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  27.04 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  32.17 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.66 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2106  pseudouridine synthase  32.34 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.19 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  30.66 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  30.33 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  30.14 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1989  pseudouridine synthase  34.05 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30.56 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  32.39 
 
 		 541 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  30.92 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  30.37 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  33.92 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  30.42 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  29.91 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.25 
 
 		 217 aa  78.6  0.00000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  30.28 
 
 		 350 aa  79  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>