More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4156 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 301 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  96.01 
 
 		 301 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 295 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  57 
 
 		 323 aa  318  6e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 307 aa  317  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  57.29 
 
 		 307 aa  315  5e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  54.98 
 
 		 309 aa  306  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 303 aa  299  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28420  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 295 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000459447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2479  putative transcriptional regulator  44.8 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1724  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 292 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1881  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.407477  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2250  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.75776  normal  0.514799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3488  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 292 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0702962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4291  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.70034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  35.84 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 307 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 315 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  31.4 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 293 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  32.27 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 295 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 326 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 306 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  31.54 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 296 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 299 aa  105  6e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.58 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  29.47 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>