More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2240 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2240  ABC transporter  100 
 
 		 626 aa  1259    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3498  ABC transporter  98.05 
 
 		 615 aa  1213    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.661743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4019  ABC transporter  77.13 
 
 		 606 aa  917    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0431407  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1710  ABC transporter  90.8 
 
 		 605 aa  1093    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1864  ABC transporter  95.68 
 
 		 602 aa  1136    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2971  ABC transporter  57.89 
 
 		 597 aa  686    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1469  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  49.75 
 
 		 598 aa  617  1e-175  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11849  drug ABC transporter ATP-binding protein  45.58 
 
 		 639 aa  533  1e-150  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000106158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2898  ABC transporter  45.27 
 
 		 636 aa  528  1e-149  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.273614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2885  ABC transporter  45.27 
 
 		 636 aa  530  1e-149  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.306309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2854  ABC transporter-like protein  45.27 
 
 		 634 aa  528  1e-148  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3410  ABC transporter  43.84 
 
 		 635 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.362077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3409  ABC transporter  44.11 
 
 		 633 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.547153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3163  ABC transporter  45.35 
 
 		 632 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00705565  normal  0.189612 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2884  ABC transporter  46.02 
 
 		 626 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3164  ABC transporter  44.34 
 
 		 637 aa  499  1e-140  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0211349  normal  0.192847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2853  ABC transporter related  43.47 
 
 		 670 aa  487  1e-136  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.453097  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2897  ABC transporter  43.47 
 
 		 670 aa  487  1e-136  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0667  ABC transporter domain protein  41.27 
 
 		 596 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0822  ABC transporter-like  40.14 
 
 		 575 aa  431  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1852  ABC transporter  42.12 
 
 		 596 aa  428  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0298007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1179  ABC transporter domain protein  43.66 
 
 		 595 aa  426  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0707  ABC transporter domain protein  40.6 
 
 		 587 aa  425  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000255653 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0152  ABC transporter domain protein  38.57 
 
 		 590 aa  424  1e-117  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1667  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  40.18 
 
 		 588 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0552  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  40.6 
 
 		 587 aa  425  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0638  ABC transporter  41.32 
 
 		 610 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.226962  normal  0.140923 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4731  ABC transporter-like  40.29 
 
 		 579 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612585  normal  0.660257 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1326  ABC transporter domain protein  41.36 
 
 		 586 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0735  ABC transporter-like  40.31 
 
 		 613 aa  415  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678208  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4132  ABC transporter-like  40.73 
 
 		 630 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0559  ABC transporter  40.46 
 
 		 588 aa  414  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.393268  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3430  ABC transporter  42.06 
 
 		 708 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18221 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4654  ABC transporter domain protein  41.32 
 
 		 713 aa  410  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.435698 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1064  ABC transporter domain protein  40.21 
 
 		 593 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0737  ABC transporter-like  40.34 
 
 		 614 aa  410  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1832  ABC transporter-like  39.93 
 
 		 583 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0566621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2461  ABC transporter  40.36 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.142821  normal  0.345293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5001  ABC transporter domain protein  40.07 
 
 		 704 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.650966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4948  ABC transporter domain protein  40.71 
 
 		 704 aa  398  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0429  ABC transporter related  39.48 
 
 		 621 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0620153  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4485  ABC transporter  40.52 
 
 		 712 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.991125  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4551  ABC transporter, ATP-binding protein  41.74 
 
 		 577 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.859512  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2775  ABC transporter  37.92 
 
 		 577 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0799  ABC transporter related  36.26 
 
 		 701 aa  386  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0267156 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3843  ABC transporter  39.27 
 
 		 578 aa  383  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0346  ABC transporter domain protein  39.01 
 
 		 614 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.274021 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0331  ABC transporter domain protein  39.01 
 
 		 614 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.441162  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0456  ATP-binding transport ABC transporter protein  38.42 
 
 		 614 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.709933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3576  ABC transporter domain protein  37.97 
 
 		 583 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0754799  hitchhiker  0.00000117282 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4229  ABC transporter:ABC transporter, N-terminal  41.11 
 
 		 572 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0388  ABC transporter  36.77 
 
 		 589 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3507  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  37.08 
 
 		 589 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.311803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0382  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  37.81 
 
 		 592 aa  375  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.260963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0369  ABC transporter-like protein  38.05 
 
 		 636 aa  375  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455646  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2698  ABC transporter-like  36.94 
 
 		 589 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1219  ABC transporter  37.54 
 
 		 595 aa  372  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0409  ABC transporter  36.94 
 
 		 589 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0847307  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2731  ABC transporter, ATP-binding protein  39.57 
 
 		 588 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3711  ABC transporter, ATP-binding protein  39.57 
 
 		 588 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2783  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.57 
 
 		 584 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3221  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.57 
 
 		 588 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1771  ABC transporter, ATP-binding protein  39.57 
 
 		 588 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.425769  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0336  ABC transporter  36.61 
 
 		 589 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.294433  normal  0.265185 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3009  ABC transporter, ATP-binding protein  38.75 
 
 		 588 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0327  ABC transporter  36.79 
 
 		 589 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0312  ABC transporter  37.5 
 
 		 589 aa  369  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3741  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.39 
 
 		 588 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.699706  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3684  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.39 
 
 		 588 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1740  ABC transporter  35.41 
 
 		 712 aa  365  1e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000825117 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1048  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  37.86 
 
 		 599 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2634  ABC transporter domain protein  36.64 
 
 		 563 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00741  ABC transporter, ATP binding protein  34.02 
 
 		 660 aa  322  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00771  ABC transporter, ATP binding protein  33.91 
 
 		 660 aa  317  3e-85  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.209833  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03151  ABC transporter, ATP binding protein  34.61 
 
 		 667 aa  317  4e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0622  ATPase  35.54 
 
 		 665 aa  316  7e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.333082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1577  ABC transporter domain protein  37.27 
 
 		 667 aa  316  8e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.482114  hitchhiker  0.0000264384 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00761  ABC transporter, ATP binding protein  34.36 
 
 		 660 aa  315  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0067  ABC transporter ATP-binding protein  33.56 
 
 		 660 aa  314  1.9999999999999998e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3678  ABC transporter  37.37 
 
 		 575 aa  312  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4887  ABC transporter domain protein  33.74 
 
 		 589 aa  312  1e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0414  ATPase  35.44 
 
 		 668 aa  309  9e-83  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3991  ABC transporter related  33.76 
 
 		 642 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1330  ABC transporter domain protein  33.77 
 
 		 663 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1359  ABC transporter domain protein  33.77 
 
 		 663 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164606 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0331  ABC transporter related  34.68 
 
 		 534 aa  304  4.0000000000000003e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4198  ABC transporter related  32.66 
 
 		 591 aa  301  3e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00760523  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0233  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  33.22 
 
 		 651 aa  300  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.525703  normal  0.627984 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0762  ABC transporter domain protein  33.94 
 
 		 557 aa  297  4e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6112  ABC transporter  35.58 
 
 		 603 aa  297  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.863799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3439  ABC transporter related  35.5 
 
 		 588 aa  292  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00571731 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1153  ABC transporter domain protein  34.24 
 
 		 600 aa  292  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4366  ABC transporter related  31.34 
 
 		 660 aa  292  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2266  ATPase  35.13 
 
 		 658 aa  290  6e-77  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.76843 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00731  ABC transporter, ATP binding protein  32.56 
 
 		 662 aa  290  7e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.862442 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0424  ABC transporter  35.98 
 
 		 640 aa  288  2.9999999999999996e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0157  ABC transporter related  31.93 
 
 		 674 aa  287  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0036118 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_22803  predicted protein  33.33 
 
 		 608 aa  286  5.999999999999999e-76  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3826  ABC transporter related  35.34 
 
 		 576 aa  286  7e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0999  ABC transporter domain protein  33.63 
 
 		 557 aa  286  7e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>