83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2042 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2042  hypothetical protein  100 
 
 		 618 aa  1259    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1720  hypothetical protein  69.36 
 
 		 593 aa  870    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00248368  normal  0.287373 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3700  hypothetical protein  98.7 
 
 		 617 aa  1241    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0576544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3145  hypothetical protein  68.24 
 
 		 617 aa  888    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0806  hypothetical protein  48.43 
 
 		 628 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0765  hypothetical protein  48.43 
 
 		 628 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0792  hypothetical protein  48.43 
 
 		 628 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.178452  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4708  hypothetical protein  49.77 
 
 		 629 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0952361  normal  0.150702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4424  hypothetical protein  49.14 
 
 		 639 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0991  hypothetical protein  48.15 
 
 		 645 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.868412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13130  hypothetical protein  47.6 
 
 		 641 aa  547  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1134  hypothetical protein  48.7 
 
 		 597 aa  548  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1149  hypothetical protein  47.69 
 
 		 645 aa  544  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1184  hypothetical protein  47.44 
 
 		 641 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0905  hypothetical protein  48.47 
 
 		 597 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1704  putative lipoprotein  46.05 
 
 		 585 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.168195  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19810  hypothetical protein  46.05 
 
 		 585 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.177739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3660  hypothetical protein  44.16 
 
 		 659 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0224  hypothetical protein  44 
 
 		 603 aa  498  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41220  hypothetical protein  44.15 
 
 		 608 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0390938  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2320  hypothetical protein  37.12 
 
 		 606 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000141551 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3432  hypothetical protein  36.16 
 
 		 620 aa  388  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0727302  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2695  hypothetical protein  36.97 
 
 		 615 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000566517  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2806  hypothetical protein  30.69 
 
 		 696 aa  283  5.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1751  hypothetical protein  31.32 
 
 		 680 aa  280  6e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00124169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1781  hypothetical protein  31.32 
 
 		 680 aa  280  7e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000258085  normal  0.0160925 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3167  hypothetical protein  31.68 
 
 		 661 aa  280  7e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.719833  normal  0.715398 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1676  hypothetical protein  31.32 
 
 		 680 aa  280  7e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00163825  normal  0.33231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2597  hypothetical protein  31.18 
 
 		 680 aa  278  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1805  hypothetical protein  30.44 
 
 		 682 aa  278  3e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000127719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2480  hypothetical protein  31.09 
 
 		 686 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0308258  normal  0.0283529 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2199  hypothetical protein  30.67 
 
 		 680 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.812513  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1588  hypothetical protein  30.14 
 
 		 691 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000609017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2437  hypothetical protein  30.53 
 
 		 680 aa  270  8e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0176803  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2225  hypothetical protein  30.52 
 
 		 682 aa  269  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1907  protein of unknown function DUF1302  30.68 
 
 		 680 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00456554  normal  0.102822 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2444  hypothetical protein  30.68 
 
 		 680 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0526018  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2557  hypothetical protein  30.68 
 
 		 680 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0938481  normal  0.12261 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2136  hypothetical protein  30.1 
 
 		 682 aa  269  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.37402  normal  0.348469 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1938  hypothetical protein  30.94 
 
 		 682 aa  262  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00596375  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1998  hypothetical protein  30.54 
 
 		 688 aa  261  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000875403  n/a   
 
 
 
NC_009439  Pmen_2938  hypothetical protein  31.98 
 
 		 665 aa  256  8e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140535  normal  0.820157 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1725  hypothetical protein  30.22 
 
 		 682 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000149613  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0087  hypothetical protein  30.84 
 
 		 665 aa  254  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24290  glycine betaine transmethylase  31.57 
 
 		 654 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000902449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2057  hypothetical protein  31.57 
 
 		 654 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1361  hypothetical protein  30.2 
 
 		 665 aa  246  6e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.78358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2628  glycine betaine transmethylase  31.09 
 
 		 649 aa  237  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598372  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1023  hypothetical protein  30.47 
 
 		 608 aa  232  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.318112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0467  hypothetical protein  31.79 
 
 		 617 aa  223  6e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0466  hypothetical protein  29.23 
 
 		 609 aa  216  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2582  hypothetical protein  25.74 
 
 		 612 aa  197  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02007  hypothetical protein  33.24 
 
 		 455 aa  180  8e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000421467  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0162  hypothetical protein  26.98 
 
 		 586 aa  171  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2972  protein of unknown function DUF1302  27.2 
 
 		 575 aa  158  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.715393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2750  hypothetical protein  25.85 
 
 		 548 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1511  hypothetical protein  27.49 
 
 		 524 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2811  hypothetical protein  24.19 
 
 		 548 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.756946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1461  hypothetical protein  25.9 
 
 		 521 aa  130  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.890943  normal  0.537602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3200  hypothetical protein  24.72 
 
 		 570 aa  124  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.51508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6782  hypothetical protein  23.18 
 
 		 568 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5819  hypothetical protein  25.88 
 
 		 614 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5041  hypothetical protein  25.88 
 
 		 614 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.351751  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6839  hypothetical protein  22.92 
 
 		 613 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0699678  normal  0.0739476 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4347  hypothetical protein  23.05 
 
 		 609 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0563403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4360  hypothetical protein  25.75 
 
 		 614 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0130  hypothetical protein  27.03 
 
 		 557 aa  110  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4864  hypothetical protein  23.42 
 
 		 609 aa  108  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156964  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6389  hypothetical protein  22.78 
 
 		 610 aa  108  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0707198  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3147  hypothetical protein  25.04 
 
 		 536 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0964  hypothetical protein  27.8 
 
 		 569 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00077396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2162  hypothetical protein  23.57 
 
 		 567 aa  101  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4324  protein of unknown function DUF1302  23.58 
 
 		 611 aa  100  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.406766  normal  0.0355116 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4434  protein of unknown function DUF1302  23.58 
 
 		 611 aa  100  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0662376  normal  0.365948 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2166  hypothetical protein  24.23 
 
 		 508 aa  95.5  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6864  hypothetical protein  23.04 
 
 		 565 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000183389  normal  0.106911 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2812  hypothetical protein  23.34 
 
 		 651 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2669  hypothetical protein  23.18 
 
 		 651 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.575021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2248  hypothetical protein  23.5 
 
 		 544 aa  87.4  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000000224157  decreased coverage  4.957600000000001e-19 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4059  protein of unknown function DUF1302  24.13 
 
 		 594 aa  70.9  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00304001  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3919  hypothetical protein  24.32 
 
 		 594 aa  67  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4026  hypothetical protein  24.43 
 
 		 602 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0648  hypothetical protein  23.27 
 
 		 568 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466396  normal  0.419357 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>