More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1113 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1113  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family protein  100 
 
 		 300 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413942 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1152  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  99.33 
 
 		 300 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4300  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  96 
 
 		 300 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4321  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  75.6 
 
 		 300 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0647989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  32.86 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0885  cysteine synthase  31.36 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0170  cysteine synthase A  29.58 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00475319  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0463  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.54 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.227946  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0763  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.2 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0168407  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3192  cysteine synthase  32.2 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0763679  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0744  O-acetylserine lyase  30.85 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4455  O-acetylserine lyase  30.5 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4269  O-acetylserine lyase  30.5 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4106  cysteine synthase  30.5 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4453  O-acetylserine lyase  30.5 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4117  cysteine synthase  30.5 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4601  O-acetylserine lyase  30.5 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4506  O-acetylserine lyase  30.5 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0207318  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4220  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.5 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0152  cysteine synthase  30.68 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0170  cysteine synthase family protein  31.69 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4492  O-acetylserine lyase  30.14 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.986798  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3593  cysteine synthase  31.32 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4653  cysteine synthase  30.18 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.518003  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1759  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  31.58 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0161218  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1655  cysteine synthase  28.97 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.561904  normal  0.310159 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0889  cysteine synthase A  29.54 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0548  cysteine synthase A  29.17 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0535  cysteine synthase A  29.17 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.775182  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3085  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.43 
 
 		 307 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.520498  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  30.14 
 
 		 461 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0717  cysteine synthase A  30.3 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00067142  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1822  cysteine synthase A  30.33 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.470327  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1287  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  28.72 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.870324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1150  cysteine synthase A  29.17 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.197095  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1971  cysteine synthase  32.27 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000186941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1228  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.04 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1087  cysteine synthase  30 
 
 		 303 aa  105  9e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.542203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3723  cysteine synthase  31.44 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.353313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3006  cysteine synthase A  31.44 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.599463  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0264  cysteine synthase A  29.63 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0316091  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02140  cysteine synthase  30.74 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.445604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4175  cysteine synthase  30.11 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0771  cysteine synthase A  28.67 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1734  cysteine synthase  32.49 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.30022  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0162  cysteine synthase  31.12 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1840  cysteine synthase  29.68 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000292185  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0081  cysteine synthase A  29.17 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.130263  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05340  cysteine synthase  29.35 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0266  cysteine synthase A  28.86 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0459085  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23060  cysteine synthase A  32.07 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000228532  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0149  cysteine synthase  29.79 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1442  cysteine synthase  30.77 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1553  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  30.68 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.222613  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1720  cysteine synthase  32.28 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0556189 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1362  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.97 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.314138  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0978  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.18 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0166  cysteine synthase family protein  31.45 
 
 		 302 aa  99.8  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6147  cysteine synthase A  30.9 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3252  cysteine synthase B  27.86 
 
 		 291 aa  99.4  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.163683 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2362  cysteine synthase B  31.01 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.688309  normal  0.140538 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0642  cysteine synthase  31.96 
 
 		 306 aa  99  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.220278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6440  cysteine synthase B  29.76 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.417307  normal  0.797565 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4017  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.14 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.535278  normal  0.0175601 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6440  cysteine synthase A  30.54 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0832  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  29.39 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00340267  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3186  cysteine synthase A  29.54 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000213805  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1438  cysteine synthase A  32.06 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.412307  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2430  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family protein  28.47 
 
 		 327 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00735557  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4297  cysteine synthase  31.08 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3460  cysteine synthases  30.1 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0684  cysteine synthase B  30.56 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1829  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  27.91 
 
 		 333 aa  97.4  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0936757  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3651  cysteine synthase B  32.16 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.370065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3846  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.67 
 
 		 459 aa  97.1  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3364  cysteine synthase A  27.86 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000830673  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0094  cysteine synthase/cystathionine beta-synthase family protein  28.89 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1534  cysteine synthase A  28.36 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2475  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  27.92 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1240  cysteine synthase B  31.8 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0351057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2634  cysteine synthase B  32.06 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.031236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  27.49 
 
 		 346 aa  95.9  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2871  cysteine synthase A  29.29 
 
 		 318 aa  95.9  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2585  cysteine synthase B  32.06 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.52 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.750031 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1657  cysteine synthase A  31.71 
 
 		 322 aa  95.9  7e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0369  cysteine synthase  28.14 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.425105  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2947  cysteine synthase B  32.7 
 
 		 303 aa  95.9  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209095  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.3 
 
 		 459 aa  95.9  8e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0154  cysteine synthase K/M/A  27.14 
 
 		 307 aa  95.9  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000054726  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2700  cysteine synthase B  32.06 
 
 		 303 aa  95.9  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.227311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2676  cysteine synthase B  32.44 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02321  cysteine synthase B (O-acetylserine sulfhydrolase B)  31.8 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2557  cysteine synthase B  31.8 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2707  cysteine synthase B  31.8 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.397465  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3706  cystathionine beta-synthase  29.3 
 
 		 459 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1210  cysteine synthase  30.63 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.473529  normal  0.609276 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1258  cysteine synthase B  31.8 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111513 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2806  cysteine synthase B  32.06 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02282  hypothetical protein  31.8 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>