54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3978 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3978  hypothetical protein  100 
 
 		 205 aa  394  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0673836  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4169  major facilitator superfamily MFS_1  89.66 
 
 		 390 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00845942  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1499  major facilitator superfamily MFS_1  67.65 
 
 		 394 aa  90.1  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2075  major facilitator transporter  40.38 
 
 		 406 aa  69.3  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15968  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1780  major facilitator superfamily MFS_1  34.09 
 
 		 409 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.0668238 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1384  major facilitator transporter  39.42 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00122539  normal  0.869525 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2726  major facilitator superfamily multidrug transporter  38.46 
 
 		 406 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00306435  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5280  major facilitator superfamily MFS_1  39.13 
 
 		 392 aa  65.1  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1244  major facilitator transporter  36.97 
 
 		 408 aa  63.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.176909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1156  major facilitator superfamily MFS_1  34.35 
 
 		 393 aa  62  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0686413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0700  major facilitator superfamily permease  35.07 
 
 		 409 aa  62  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1694  major facilitator superfamiy transporter  39 
 
 		 408 aa  62.4  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189717  normal  0.0436902 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4770  major facilitator superfamily transporter  35.64 
 
 		 399 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.432764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1156  major facilitator transporter  40 
 
 		 409 aa  60.5  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0229771 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1140  major facilitator transporter  35 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5978  major facilitator superfamily MFS_1  35.42 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0186  major facilitator transporter  34.21 
 
 		 423 aa  58.5  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729906  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2320  major facilitator superfamily MFS_1  31.72 
 
 		 397 aa  58.5  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.915714  normal  0.0732282 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7862  major facilitator superfamily MFS_1  32.43 
 
 		 410 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2733  MFS permease  40.74 
 
 		 420 aa  58.2  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1700  hypothetical protein  28.81 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1025  major facilitator transporter  41.89 
 
 		 398 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1531  major facilitator transporter  34.02 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1675  major facilitator transporter  38.2 
 
 		 405 aa  57  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.816846  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1621  MFS permease  33.07 
 
 		 408 aa  57  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1945  major facilitator superfamily MFS_1  32.35 
 
 		 393 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.932651  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000497  hypothetical protein  29.37 
 
 		 390 aa  57.4  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.011168  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4679  major facilitator transporter  30.77 
 
 		 413 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2320  major facilitator transporter  30.09 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0933  major facilitator superfamily transporter  33.33 
 
 		 426 aa  56.2  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4387  major facilitator transporter  31.54 
 
 		 406 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.310839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1097  major facilitator transporter  39.19 
 
 		 396 aa  56.2  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.15308  normal  0.619836 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4451  major facilitator transporter  31.58 
 
 		 398 aa  55.8  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06259  hypothetical protein  34.09 
 
 		 375 aa  55.8  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0953  major facilitator transporter  34.26 
 
 		 412 aa  55.1  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1963  major facilitator transporter  32.52 
 
 		 409 aa  55.1  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0135158  normal  0.496646 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1069  major facilitator transporter  32.8 
 
 		 402 aa  54.7  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.763435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0921  major facilitator transporter  41.89 
 
 		 395 aa  54.7  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181611  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5288  major facilitator superfamily MFS_1  30.77 
 
 		 415 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.120613  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2518  major facilitator superfamily MFS_1  30.82 
 
 		 397 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.203947  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1035  major facilitator transporter  31.78 
 
 		 418 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1374  major facilitator superfamily transporter  34.62 
 
 		 409 aa  53.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4568  major facilitator transporter  30.47 
 
 		 401 aa  53.9  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.368636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0685  hypothetical protein  41.33 
 
 		 417 aa  52  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2950  major facilitator superfamily MFS_1  30.84 
 
 		 418 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0089  major facilitator transporter  30 
 
 		 406 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2322  major facilitator superfamily transporter  34.48 
 
 		 425 aa  49.7  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.798593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1537  major facilitator superfamily MFS_1  34.48 
 
 		 401 aa  49.3  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2369  major facilitator transporter  34.48 
 
 		 408 aa  49.3  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00076702  hitchhiker  0.0000240113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3481  drug transport transmembrane protein  28.57 
 
 		 393 aa  48.9  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00472777  normal  0.0481041 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2773  major facilitator transporter  34.02 
 
 		 409 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.975386  normal  0.278154 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0792  major facilitator transporter  29.59 
 
 		 419 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101988 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0823  major facilitator transporter  30.17 
 
 		 408 aa  46.6  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.735993  normal  0.261534 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4866  major facilitator transporter  35.71 
 
 		 416 aa  45.1  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.627153 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>