More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mvan_4229 on replicon NC_008726
Organism: Mycobacterium vanbaalenii PYR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008726  Mvan_4229  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
836 aa  1693    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.73 
 
 
811 aa  1211    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.73 
 
 
811 aa  1206    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199117  normal  0.974632 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2423  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  81.82 
 
 
805 aa  1365    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.73 
 
 
811 aa  1211    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.78 
 
 
814 aa  322  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.47 
 
 
814 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.889584 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3893  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.95 
 
 
820 aa  303  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.454533  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4970  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.26 
 
 
823 aa  289  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.883575  normal  0.269597 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  36.65 
 
 
416 aa  226  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  31.73 
 
 
399 aa  214  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  35.45 
 
 
404 aa  212  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  34.55 
 
 
402 aa  212  3e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  37.01 
 
 
402 aa  211  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.31 
 
 
398 aa  210  8e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  34.31 
 
 
402 aa  209  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1979  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.14 
 
 
394 aa  208  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  34.61 
 
 
404 aa  207  5e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  33.42 
 
 
418 aa  206  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  32.05 
 
 
411 aa  204  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.79 
 
 
406 aa  203  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 
405 aa  203  9e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.68 
 
 
397 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
399 aa  203  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  34.15 
 
 
416 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  36.41 
 
 
400 aa  202  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  33.9 
 
 
420 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.73 
 
 
421 aa  202  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.94 
 
 
397 aa  201  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
418 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  33.25 
 
 
418 aa  201  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1522  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.43 
 
 
409 aa  201  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  32.3 
 
 
450 aa  201  7e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.53 
 
 
396 aa  200  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.88 
 
 
401 aa  200  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.88 
 
 
401 aa  200  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  33.74 
 
 
405 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  31.91 
 
 
413 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.43 
 
 
399 aa  198  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.91 
 
 
413 aa  198  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.05 
 
 
413 aa  198  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2800  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.78 
 
 
421 aa  198  3e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.39 
 
 
423 aa  198  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.647007  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.1 
 
 
406 aa  198  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
401 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.1 
 
 
405 aa  197  6e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  33.66 
 
 
412 aa  197  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4014  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.29 
 
 
399 aa  197  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1620  Formyl-CoA transferase  32.84 
 
 
404 aa  197  7e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000596861  decreased coverage  0.0000000165542 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.19 
 
 
426 aa  197  7e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.41 
 
 
418 aa  197  8.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  33.08 
 
 
401 aa  197  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  196  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  196  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  33.01 
 
 
396 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  196  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
395 aa  196  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  196  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.74 
 
 
419 aa  196  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
401 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.7 
 
 
423 aa  196  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.26 
 
 
386 aa  195  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.78 
 
 
410 aa  195  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.76 
 
 
433 aa  195  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.39 
 
 
426 aa  194  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  32.03 
 
 
409 aa  194  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  32.53 
 
 
405 aa  194  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.85 
 
 
413 aa  194  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  33.58 
 
 
386 aa  194  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
418 aa  194  5e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  32.76 
 
 
398 aa  194  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.61 
 
 
413 aa  194  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.85 
 
 
395 aa  194  7e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.96 
 
 
395 aa  194  8e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.13 
 
 
401 aa  194  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.13 
 
 
401 aa  194  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.13 
 
 
401 aa  193  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.93 
 
 
411 aa  193  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4040  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.6 
 
 
395 aa  193  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.55 
 
 
418 aa  193  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5721  putative Formyl-CoA transferase  31.13 
 
 
396 aa  193  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4152  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.6 
 
 
395 aa  193  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.642873  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  32.27 
 
 
396 aa  192  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.85 
 
 
401 aa  192  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.94 
 
 
396 aa  192  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.87 
 
 
413 aa  192  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  32.43 
 
 
393 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
406 aa  192  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  32.11 
 
 
400 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.19 
 
 
396 aa  191  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.82 
 
 
398 aa  191  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.57 
 
 
413 aa  191  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.67 
 
 
406 aa  191  5e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  30.86 
 
 
397 aa  191  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  31.88 
 
 
412 aa  191  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.67 
 
 
406 aa  191  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.61 
 
 
401 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  33.5 
 
 
402 aa  191  7e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>