More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3893 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3893  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
820 aa  1669    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.454533  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.84 
 
 
814 aa  698    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.889584 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.41 
 
 
814 aa  691    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4970  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.98 
 
 
823 aa  1298    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.883575  normal  0.269597 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.97 
 
 
811 aa  317  6e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.97 
 
 
811 aa  317  6e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199117  normal  0.974632 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.97 
 
 
811 aa  317  6e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2423  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.2 
 
 
805 aa  306  8.000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4229  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.95 
 
 
836 aa  303  9e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  35.27 
 
 
420 aa  212  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  35.27 
 
 
416 aa  212  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.56 
 
 
409 aa  210  7e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11894  hypothetical protein  28.54 
 
 
802 aa  208  3e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.291529 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
398 aa  205  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  34.99 
 
 
416 aa  205  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  35.09 
 
 
412 aa  203  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5656  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.8 
 
 
786 aa  203  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.24 
 
 
407 aa  202  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  33.25 
 
 
400 aa  201  3e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
400 aa  201  6e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5366  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.93 
 
 
786 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5277  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.93 
 
 
786 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  33.09 
 
 
399 aa  198  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.42 
 
 
398 aa  198  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  32.28 
 
 
402 aa  195  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  32.85 
 
 
399 aa  196  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.27 
 
 
415 aa  196  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.85 
 
 
399 aa  196  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
411 aa  195  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  33.01 
 
 
405 aa  195  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.75 
 
 
407 aa  193  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
396 aa  193  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.75 
 
 
406 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  31.39 
 
 
418 aa  192  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.93 
 
 
413 aa  191  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.83 
 
 
398 aa  191  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.09 
 
 
406 aa  191  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.14 
 
 
418 aa  190  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  32.76 
 
 
396 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.65 
 
 
393 aa  190  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  31.75 
 
 
398 aa  189  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.16 
 
 
395 aa  188  3e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  31.78 
 
 
402 aa  188  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  34.08 
 
 
401 aa  187  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.64 
 
 
425 aa  187  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  33.33 
 
 
413 aa  187  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  30.5 
 
 
404 aa  187  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
413 aa  187  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.76 
 
 
396 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.93 
 
 
413 aa  186  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4496  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.41 
 
 
441 aa  186  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.11 
 
 
424 aa  185  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.36 
 
 
407 aa  185  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.62 
 
 
407 aa  185  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.98 
 
 
390 aa  185  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
401 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.58 
 
 
426 aa  184  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.06 
 
 
406 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
421 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  30.88 
 
 
435 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.2 
 
 
413 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.76 
 
 
401 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1827  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.64 
 
 
445 aa  184  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125103  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.26 
 
 
397 aa  184  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33 
 
 
401 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33 
 
 
401 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  30.6 
 
 
411 aa  183  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4040  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
395 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  33.08 
 
 
386 aa  182  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
402 aa  182  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.83 
 
 
397 aa  182  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4152  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
395 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.642873  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  33.25 
 
 
401 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.85 
 
 
399 aa  182  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.1 
 
 
406 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  33.25 
 
 
401 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  33.25 
 
 
401 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  33.25 
 
 
401 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  33.25 
 
 
401 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  33.25 
 
 
401 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  31.33 
 
 
402 aa  182  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  33.25 
 
 
401 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  27.56 
 
 
399 aa  181  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  30.9 
 
 
402 aa  181  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  32.51 
 
 
405 aa  181  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
392 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.35 
 
 
406 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.48 
 
 
396 aa  181  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  32.35 
 
 
409 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.76 
 
 
401 aa  181  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  31.71 
 
 
412 aa  180  9e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4484  formyl-coenzyme A transferase  29.83 
 
 
416 aa  180  9e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  31.85 
 
 
406 aa  180  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.59 
 
 
408 aa  180  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3024  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.79 
 
 
416 aa  180  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3113  formyl-coenzyme A transferase  28.47 
 
 
425 aa  179  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429937  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.68 
 
 
419 aa  179  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.92 
 
 
412 aa  180  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5973  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
392 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.03 
 
 
407 aa  179  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>