190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1672 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1672  Fe-S metabolism associated SufE  100 
 
 		 142 aa  293  7e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.398454 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1641  Fe-S metabolism associated SufE  81.2 
 
 		 141 aa  226  7e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.234613  normal  0.31626 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2223  Fe-S metabolism associated SufE  67.42 
 
 		 142 aa  179  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3043  putative sufE-like protein  61.54 
 
 		 141 aa  177  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1777  Fe-S metabolism associated SufE  58.99 
 
 		 164 aa  175  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0862185  normal  0.039925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2625  Fe-S metabolism associated SufE  63.28 
 
 		 142 aa  175  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0386264  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2061  Fe-S metabolism associated SufE  58.27 
 
 		 142 aa  175  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0877  Fe-S metabolism associated SufE  57.45 
 
 		 141 aa  175  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264737  normal  0.923404 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3517  Fe-S metabolism associated SufE  57.55 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0960536  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1942  Fe-S metabolism associated SufE  54.93 
 
 		 143 aa  168  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0211559  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5927  hypothetical protein  62.5 
 
 		 151 aa  160  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2685  Fe-S metabolism associated SufE  54.23 
 
 		 141 aa  158  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0424  cysteine desulfuration protein SufE  54.14 
 
 		 135 aa  157  4e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.617411  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1404  Fe-S metabolism associated SufE  53.44 
 
 		 140 aa  156  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.803619 
 
 
-
 
NC_004310  BR0574  hypothetical protein  54.68 
 
 		 141 aa  154  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0575  hypothetical protein  54.68 
 
 		 141 aa  154  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3475  cysteine desulfuration protein SufE  51.09 
 
 		 141 aa  152  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00677521  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0875  Fe-S metabolism associated SufE  53.52 
 
 		 144 aa  151  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0629601  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0882  Fe-S metabolism associated SufE  53.73 
 
 		 140 aa  152  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000850545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1302  hypothetical protein  54.48 
 
 		 139 aa  150  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1008  Fe-S metabolism associated SufE  55.04 
 
 		 140 aa  148  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000255666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0615  Fe-S metabolism associated SufE  50.74 
 
 		 140 aa  148  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4443  Fe-S metabolism associated SufE  55.38 
 
 		 140 aa  147  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.168146  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4178  Fe-S metabolism associated SufE  54.14 
 
 		 142 aa  144  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259445  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0435  Fe-S metabolism associated SufE  51.52 
 
 		 142 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.666183 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0469  Fe-S metabolism associated SufE  50.76 
 
 		 142 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.19684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1236  Fe-S metabolism associated SufE  51.13 
 
 		 141 aa  137  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0210251 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0896  Fe-S metabolism associated SufE  46.21 
 
 		 139 aa  135  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0608769  normal  0.19145 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4957  Fe-S metabolism associated SufE  51.08 
 
 		 142 aa  134  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000286277 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1973  SufE protein  51.54 
 
 		 142 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0681  Fe-S metabolism associated SufE  51.54 
 
 		 142 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3070  Fe-S metabolism associated SufE  49.64 
 
 		 142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1662  Fe-S metabolism associated SufE  47.48 
 
 		 138 aa  130  7.999999999999999e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1069  Fe-S metabolism associated SufE  47.83 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.801847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1472  cysteine desulfuration protein SufE  47.76 
 
 		 140 aa  128  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0506  Fe-S metabolism associated SufE  47.79 
 
 		 137 aa  127  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0176221 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1840  Fe-S metabolism associated SufE  48.85 
 
 		 137 aa  124  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.757057  normal  0.0307633 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4099  Fe-S metabolism associated SufE  48.53 
 
 		 135 aa  124  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1420  cysteine desulfuration protein SufE  44.12 
 
 		 144 aa  123  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0902464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1491  Fe-S metabolism associated SufE  46.92 
 
 		 139 aa  123  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1699  cysteine desufuration protein SufE  44.78 
 
 		 148 aa  121  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000746018  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1852  cysteine desufuration protein SufE  43.07 
 
 		 140 aa  118  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000534736  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2589  cysteine desufuration protein SufE  43.07 
 
 		 140 aa  118  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.403656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1765  cysteine desufuration protein SufE  42.22 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000206434  hitchhiker  0.0000210323 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1746  cysteine desufuration protein SufE  43.07 
 
 		 140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133663  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2747  cysteine desufuration protein SufE  44.44 
 
 		 138 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00745111  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2445  cysteine desufuration protein SufE  43.65 
 
 		 138 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.032262  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3157  Fe-S metabolism associated SufE  42.75 
 
 		 152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2184  cysteine desufuration protein SufE  42.75 
 
 		 137 aa  111  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000219554  hitchhiker  0.00000283333 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3351  Fe-S metabolism associated SufE  39.29 
 
 		 148 aa  110  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.109894 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2026  Fe-S metabolism associated SufE  41.67 
 
 		 147 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.908248  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01363  Cysteine desulfurase SufE subunit  41.79 
 
 		 136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1506  cysteine desufuration protein SufE  37.78 
 
 		 138 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000138977 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1968  cysteine desufuration protein SufE  37.78 
 
 		 138 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0109106  hitchhiker  0.0000000878422 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1471  cysteine desufuration protein SufE  37.78 
 
 		 138 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00486624  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1797  cysteine desufuration protein SufE  37.78 
 
 		 138 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000335199  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1487  cysteine desufuration protein SufE  37.78 
 
 		 138 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0255513  hitchhiker  0.000000000108827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5783  Fe-S metabolism associated SufE  39.06 
 
 		 142 aa  107  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03291  hypothetical protein  41.79 
 
 		 142 aa  106  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2211  putative selenocysteine lyase  39.85 
 
 		 569 aa  105  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.686434  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1350  Fe-S metabolism associated SufE  41.48 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.590476  unclonable  0.00000000000311985 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04475  hypothetical protein  37.4 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3036  Fe-S metabolism associated SufE  37.69 
 
 		 147 aa  103  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.011002 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01648  cysteine desufuration protein SufE  38.21 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000768854  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1963  Fe-S metabolism associated SufE  38.21 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000464178  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1952  cysteine desufuration protein SufE  38.21 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000146804  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01638  hypothetical protein  38.21 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000509918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002692  sulfur acceptor protein SufE for iron-sulfur cluster assembly  41.98 
 
 		 142 aa  103  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1517  cysteine desufuration protein SufE  38.21 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000018022  hitchhiker  0.000000327732 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1760  cysteine desufuration protein SufE  38.21 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000168999  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2393  cysteine desufuration protein SufE  37.4 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000216673  hitchhiker  0.0000615703 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1625  Fe-S metabolism associated SufE  36.36 
 
 		 147 aa  101  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00154018  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1880  cysteine desufuration protein SufE  37.4 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000195157  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0997  Fe-S metabolism associated protein  38.81 
 
 		 146 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00392215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1895  cysteine desufuration protein SufE  38.21 
 
 		 138 aa  102  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000720615  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3223  hypothetical protein  38.81 
 
 		 146 aa  101  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000637476  normal  0.384907 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1049  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.81 
 
 		 146 aa  101  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0938  Fe-S metabolism associated SufE  37.23 
 
 		 139 aa  100  6e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00125991  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0974  sufE protein  40.46 
 
 		 141 aa  100  8e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0228427  normal  0.828222 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3084  Fe-S metabolism associated SufE  43.07 
 
 		 150 aa  100  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0119204 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0310  hypothetical protein  39.39 
 
 		 146 aa  99  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.507041  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1176  Fe-S metabolism associated SufE  33.82 
 
 		 141 aa  97.8  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00356  SufE protein probably involved in Fe-S center assembly  40.91 
 
 		 145 aa  97.8  5e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.118758  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0280  Fe-S metabolism associated SufE  38.64 
 
 		 146 aa  97.1  7e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1885  Fe-S metabolism associated SufE  37.31 
 
 		 136 aa  95.5  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0116695  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3257  Fe-S metabolism associated SufE  37.41 
 
 		 148 aa  95.5  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0461  cysteine desufuration protein SufE  40.3 
 
 		 144 aa  95.1  3e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.197192  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0689  conserved hypothetical protein, SufE-related protein  41.46 
 
 		 145 aa  94.7  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0170145  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2158  hypothetical protein  37.5 
 
 		 141 aa  94.4  5e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1526  sufE protein  38.4 
 
 		 135 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1897  hypothetical protein  39.53 
 
 		 144 aa  94.4  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3181  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  40 
 
 		 147 aa  94  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.680141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0163  Fe-S metabolism associated SufE  35.77 
 
 		 147 aa  93.2  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000342799  unclonable  8.26296e-16 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3380  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.71 
 
 		 151 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.669606  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3808  Fe-S metabolism associated SufE  39.71 
 
 		 144 aa  93.2  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000105316  hitchhiker  0.000000411108 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0924  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  37.14 
 
 		 151 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0457641  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0734  Fe-S metabolism associated SufE  42.02 
 
 		 150 aa  92  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0725  Fe-S metabolism associated SufE  45.16 
 
 		 145 aa  91.7  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1199  Fe-S metabolism associated SufE  35.17 
 
 		 145 aa  90.1  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475517  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2732  Fe-S metabolism associated SufE  39.06 
 
 		 150 aa  89.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>