More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0109 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 292 aa  585  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  62.91 
 
 		 287 aa  361  7.0000000000000005e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  46.4 
 
 		 281 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  50.79 
 
 		 290 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  50.56 
 
 		 289 aa  250  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  50.56 
 
 		 289 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 284 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  46.04 
 
 		 284 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  49.81 
 
 		 288 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 289 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  54.47 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 284 aa  235  5.0000000000000005e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  42.65 
 
 		 295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 288 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  46.91 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  41.37 
 
 		 288 aa  229  4e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 283 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 298 aa  228  8e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 289 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 283 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 289 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 286 aa  222  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 286 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 286 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  43.07 
 
 		 286 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 280 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 291 aa  199  6e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 282 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 286 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 286 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 286 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 286 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 321 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 367 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 286 aa  188  7e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 290 aa  179  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 282 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 282 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 293 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 284 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 292 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 288 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  35.51 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 286 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2402  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 298 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114186  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 287 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 287 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.06 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 307 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 287 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5814  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2531  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2507  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1871  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2482  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  34.89 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  34.67 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0813  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.192119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 280 aa  145  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  32.98 
 
 		 309 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>