More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0598 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_0598  DNA polymerase IV  100 
 
 		 349 aa  695    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.99372 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0251  DNA-directed DNA polymerase  57.14 
 
 		 352 aa  396  1e-109  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0560  DNA polymerase IV  39.77 
 
 		 365 aa  247  3e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0642  DNA-directed DNA polymerase  37.71 
 
 		 364 aa  232  9e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2166  DNA-directed DNA polymerase  37.67 
 
 		 364 aa  229  5e-59  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  34.8 
 
 		 367 aa  192  9e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  35.1 
 
 		 354 aa  192  1e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  32.85 
 
 		 393 aa  176  7e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  43.05 
 
 		 412 aa  176  7e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  33.24 
 
 		 356 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  33.24 
 
 		 356 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  33.52 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  33.04 
 
 		 390 aa  168  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  40.08 
 
 		 389 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  32.14 
 
 		 391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  30.4 
 
 		 399 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  41.46 
 
 		 384 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  39.44 
 
 		 356 aa  160  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  33.96 
 
 		 359 aa  159  7e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  36.44 
 
 		 418 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  31.55 
 
 		 390 aa  158  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 386 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  37.93 
 
 		 466 aa  158  1e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  34.48 
 
 		 397 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  31.46 
 
 		 356 aa  158  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  39.41 
 
 		 408 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  31.62 
 
 		 363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  31.16 
 
 		 378 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  35.19 
 
 		 374 aa  155  9e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  29.83 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  34.77 
 
 		 395 aa  154  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  32.36 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  36.76 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  32.12 
 
 		 378 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  32.12 
 
 		 378 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  35.81 
 
 		 418 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  35.25 
 
 		 380 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  31.5 
 
 		 359 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0483  DNA polymerase family protein  36.41 
 
 		 360 aa  153  4e-36  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0359018  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  37.29 
 
 		 409 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 		 357 aa  153  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  33.21 
 
 		 362 aa  153  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  37.44 
 
 		 481 aa  153  5e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  37.93 
 
 		 369 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  35.81 
 
 		 418 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  38.24 
 
 		 410 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  27.54 
 
 		 360 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  35.96 
 
 		 351 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  35.96 
 
 		 351 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  35.96 
 
 		 351 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  36.45 
 
 		 351 aa  151  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  36.95 
 
 		 351 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  29.55 
 
 		 425 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  31.41 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  36.95 
 
 		 351 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  36.95 
 
 		 351 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  36.95 
 
 		 351 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  36.95 
 
 		 351 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  35.59 
 
 		 375 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  36.95 
 
 		 354 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  36.76 
 
 		 410 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  36.95 
 
 		 351 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  36.95 
 
 		 351 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  39.9 
 
 		 385 aa  150  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  38.42 
 
 		 358 aa  150  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  38.42 
 
 		 357 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  38.42 
 
 		 357 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2961  DNA-directed DNA polymerase  29.18 
 
 		 356 aa  149  5e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000066201  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  30.95 
 
 		 371 aa  149  5e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  36.87 
 
 		 358 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  28.29 
 
 		 356 aa  149  6e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  35.48 
 
 		 364 aa  149  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  36.87 
 
 		 358 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  31.03 
 
 		 372 aa  149  8e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  38.71 
 
 		 364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  36.65 
 
 		 304 aa  149  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  35.47 
 
 		 351 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  36.29 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  34.58 
 
 		 410 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  37.04 
 
 		 359 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  35.47 
 
 		 351 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  32.73 
 
 		 372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  35.45 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  29.62 
 
 		 385 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  36.95 
 
 		 409 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  29.66 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  30.14 
 
 		 353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  36.95 
 
 		 355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  29.55 
 
 		 385 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2368  DNA-directed DNA polymerase  31.23 
 
 		 445 aa  147  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  34.3 
 
 		 345 aa  147  3e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  36.95 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  36.41 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  30.29 
 
 		 371 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  34.2 
 
 		 353 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  37.25 
 
 		 409 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  36.41 
 
 		 358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  34.96 
 
 		 395 aa  146  5e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  33.69 
 
 		 392 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>