54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3696 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3696  hypothetical protein  100 
 
 		 188 aa  367  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.87171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  85.64 
 
 		 188 aa  317  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3387  hypothetical protein  96.81 
 
 		 209 aa  309  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.483515 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  42.51 
 
 		 186 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  30.98 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 		 1171 aa  58.2  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 		 1676 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  29.12 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  30.41 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.41 
 
 		 806 aa  53.9  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  26.4 
 
 		 691 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 689 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  27.2 
 
 		 691 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  28.57 
 
 		 187 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  26.51 
 
 		 202 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  28.12 
 
 		 202 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  26.14 
 
 		 199 aa  48.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 		 1009 aa  47.8  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  27.27 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 494 aa  46.2  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.86 
 
 		 989 aa  46.2  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 810 aa  46.2  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 		 869 aa  46.2  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0570546 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 		 1215 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.58 
 
 		 793 aa  45.8  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 		 686 aa  45.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 		 503 aa  44.7  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.65 
 
 		 700 aa  44.3  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.615666 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  30.07 
 
 		 1129 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5296  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 		 776 aa  43.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  27.05 
 
 		 956 aa  43.5  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3560  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 712 aa  43.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.348943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 		 700 aa  43.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700823 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.92 
 
 		 1224 aa  43.5  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 		 1124 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  25.64 
 
 		 155 aa  43.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.33 
 
 		 830 aa  43.5  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.37 
 
 		 721 aa  43.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.09 
 
 		 968 aa  43.1  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 		 776 aa  42.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.103963 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.19 
 
 		 845 aa  42.7  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  29.1 
 
 		 1225 aa  42.4  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 1115 aa  42  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 		 1225 aa  42  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2816  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.2 
 
 		 682 aa  41.6  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0864703 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.17 
 
 		 971 aa  41.6  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 		 759 aa  41.6  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  34.71 
 
 		 204 aa  41.2  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2794  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 		 767 aa  41.6  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.470571 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 		 488 aa  41.2  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 		 582 aa  41.2  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 		 767 aa  41.2  0.008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.52 
 
 		 1059 aa  41.2  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.81 
 
 		 883 aa  41.2  0.01  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>