193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1601 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  100 
 
 
117 aa  229  8.000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  49.11 
 
 
130 aa  105  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  47.32 
 
 
145 aa  102  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  46.09 
 
 
115 aa  98.2  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.86 
 
 
114 aa  89  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.74 
 
 
114 aa  86.3  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  46.08 
 
 
121 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  35.04 
 
 
118 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  40.78 
 
 
138 aa  78.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  40.52 
 
 
121 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  78.2  0.00000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
113 aa  78.2  0.00000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.71 
 
 
114 aa  77.4  0.00000000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.14 
 
 
113 aa  77  0.00000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
118 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
118 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
118 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
115 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.17 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.9 
 
 
117 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
113 aa  74.3  0.0000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.45 
 
 
117 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.58 
 
 
115 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.9 
 
 
117 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
119 aa  71.6  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.05 
 
 
117 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.9 
 
 
117 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
119 aa  70.5  0.000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
119 aa  69.7  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  37.5 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  37.78 
 
 
107 aa  67.4  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36 
 
 
116 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
116 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.5 
 
 
114 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1736  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.68 
 
 
112 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.407443  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  31.25 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
115 aa  63.5  0.0000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  31.25 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.04 
 
 
115 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.46 
 
 
112 aa  62.8  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
117 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  32.17 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  32.17 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  32.17 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  32.17 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  32.17 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  34.82 
 
 
110 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  32.17 
 
 
120 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1931  hydrogenase nickel incorporation protein  31.82 
 
 
113 aa  61.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350795  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  30 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.87 
 
 
123 aa  60.8  0.000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  29.57 
 
 
116 aa  60.5  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  31.3 
 
 
120 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.36 
 
 
138 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.04 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.96 
 
 
114 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.43 
 
 
121 aa  58.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
123 aa  59.3  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
110 aa  59.3  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.71 
 
 
117 aa  58.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.96 
 
 
114 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.93 
 
 
110 aa  58.2  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  57.8  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  35.71 
 
 
113 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.46 
 
 
113 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.77 
 
 
124 aa  57  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.46 
 
 
113 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.46 
 
 
113 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 
114 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.46 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.93 
 
 
128 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.46 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
114 aa  56.2  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 
114 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.63 
 
 
114 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.09 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>