266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0003 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000058592  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0011  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0064  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0030  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0056  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218675 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0014  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.133787 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0015  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.215104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0045  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0202623  normal  0.372348 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000617749  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0148496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t18  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000569276  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594982  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.403518  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0157571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>