More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1425 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1534  DNA topoisomerase IV subunit B  68.22 
 
 
693 aa  941    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.300498  normal  0.0102248 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7084  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  64.48 
 
 
690 aa  845    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1922  DNA topoisomerase IV subunit B  71.69 
 
 
708 aa  1010    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.921776  normal  0.0348119 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0298  DNA topoisomerase plasmid partition protein B  57.76 
 
 
758 aa  863    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2280  DNA gyrase subunit B domain protein  51.28 
 
 
680 aa  656    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.557074  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14380  DNA topoisomerase IV subunit B  67.42 
 
 
705 aa  962    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2134  DNA topoisomerase IV subunit B  65.86 
 
 
702 aa  907    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1674  DNA gyrase subunit B  51.77 
 
 
730 aa  696    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.759972 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2394  DNA topoisomerase  65.05 
 
 
690 aa  864    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.367142  normal  0.572955 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15910  DNA topoisomerase IV subunit B  79.94 
 
 
709 aa  1174    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.39843 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2055  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  75.52 
 
 
713 aa  1087    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1425  DNA topoisomerase IV subunit B  100 
 
 
723 aa  1482    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1613  DNA topoisomerase IV subunit B  73.05 
 
 
702 aa  1056    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000263124 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08220  DNA topoisomerase IV subunit B  53.06 
 
 
701 aa  701    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1763  DNA topoisomerase IV subunit B  63.8 
 
 
709 aa  884    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1611  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  62.89 
 
 
696 aa  852    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00143665  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15990  DNA topoisomerase IV subunit B  69.82 
 
 
710 aa  1008    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.440467  normal  0.0965428 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1619  DNA topoisomerase IV subunit B  73.19 
 
 
702 aa  1065    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0681707  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1427  DNA topoisomerase IV subunit B  63.65 
 
 
703 aa  809    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.529913  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3307  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  63.03 
 
 
701 aa  890    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13260  DNA topoisomerase IV subunit B  69.6 
 
 
701 aa  978    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0630779  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2958  DNA topoisomerase IV subunit B  61.66 
 
 
710 aa  883    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.414962  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1680  DNA topoisomerase type IIA subunit B region 2 domain-containing protein  52.05 
 
 
702 aa  698    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.313615  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1988  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  78.92 
 
 
715 aa  1142    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0693  DNA gyrase, B subunit, C-terminal domain protein  57.95 
 
 
792 aa  575  1.0000000000000001e-162  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  44.19 
 
 
632 aa  545  1e-154  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  45.27 
 
 
633 aa  545  1e-153  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  45.27 
 
 
628 aa  542  1e-153  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  44.52 
 
 
636 aa  539  9.999999999999999e-153  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  44.52 
 
 
636 aa  540  9.999999999999999e-153  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  45.72 
 
 
633 aa  538  1e-151  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  45.95 
 
 
644 aa  538  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  41.96 
 
 
675 aa  535  1e-150  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  43.31 
 
 
637 aa  532  1e-150  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  43.53 
 
 
649 aa  530  1e-149  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  44.29 
 
 
641 aa  530  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1407  DNA gyrase, B subunit  44.73 
 
 
656 aa  529  1e-149  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.68269  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  44.51 
 
 
644 aa  530  1e-149  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  43.33 
 
 
640 aa  531  1e-149  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  43.49 
 
 
645 aa  526  1e-148  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  42.2 
 
 
633 aa  528  1e-148  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  43.45 
 
 
650 aa  525  1e-148  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17611  DNA gyrase subunit B  43.26 
 
 
658 aa  526  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.616229  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  43.06 
 
 
648 aa  523  1e-147  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000466462  hitchhiker  0.000000932752 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0133  DNA gyrase subunit B  43.12 
 
 
655 aa  523  1e-147  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.879154  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  44.44 
 
 
634 aa  524  1e-147  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0130  DNA gyrase, B subunit  43.53 
 
 
636 aa  523  1e-147  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.95821  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  43.37 
 
 
642 aa  520  1e-146  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0087  DNA gyrase subunit B  43.32 
 
 
655 aa  521  1e-146  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0006  DNA gyrase, B subunit  42.59 
 
 
647 aa  521  1e-146  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0006  DNA gyrase, B subunit  42.98 
 
 
642 aa  522  1e-146  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.965796  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1213  DNA gyrase subunit B  42.11 
 
 
655 aa  516  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01571  DNA gyrase subunit B  43.1 
 
 
655 aa  516  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20881  DNA gyrase subunit B  41.82 
 
 
655 aa  513  1e-144  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1048  DNA gyrase, B subunit  43.38 
 
 
665 aa  514  1e-144  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.903378  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2271  DNA gyrase, B subunit  44.17 
 
 
644 aa  513  1e-144  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  42.63 
 
 
637 aa  513  1e-144  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0015  DNA gyrase, B subunit  43.65 
 
 
643 aa  514  1e-144  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00473367  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  44.41 
 
 
640 aa  513  1e-144  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0671  DNA gyrase, B subunit  43.94 
 
 
627 aa  513  1e-144  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.958816  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1634  DNA gyrase, B subunit  40.24 
 
 
708 aa  514  1e-144  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.00000582851  hitchhiker  0.000898108 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1547  DNA gyrase, B subunit  43.5 
 
 
635 aa  511  1e-143  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00189026  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0005  DNA gyrase subunit B  45.38 
 
 
640 aa  509  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  44.19 
 
 
635 aa  511  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  41.67 
 
 
644 aa  510  1e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0002  DNA gyrase, B subunit  42.1 
 
 
638 aa  507  9.999999999999999e-143  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0005  DNA gyrase, B subunit  44 
 
 
637 aa  506  9.999999999999999e-143  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  41.93 
 
 
633 aa  505  9.999999999999999e-143  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0006  DNA gyrase subunit B  43.39 
 
 
661 aa  508  9.999999999999999e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.925878  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0412  DNA gyrase subunit B  41.96 
 
 
651 aa  508  9.999999999999999e-143  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.000264952  decreased coverage  0.0001901 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0995  DNA gyrase, B subunit  43.79 
 
 
645 aa  508  9.999999999999999e-143  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  41.18 
 
 
714 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0006  DNA gyrase B subunit  41.95 
 
 
656 aa  507  9.999999999999999e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.381905 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00050  DNA gyrase subunit B  42.65 
 
 
648 aa  508  9.999999999999999e-143  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000300089  hitchhiker  0.00265407 
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  41.4 
 
 
654 aa  503  1e-141  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0335  DNA gyrase, B subunit  44.03 
 
 
645 aa  502  1e-141  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.457317 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0623  DNA gyrase subunit B  43.61 
 
 
650 aa  503  1e-141  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00302751  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0442  DNA gyrase, B subunit  42.71 
 
 
634 aa  504  1e-141  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0306  DNA gyrase, B subunit  42.73 
 
 
643 aa  504  1e-141  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.337431  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0087  DNA gyrase subunit B  41.57 
 
 
650 aa  503  1e-141  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18231  DNA gyrase subunit B  40.2 
 
 
655 aa  504  1e-141  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.654486  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0005  DNA gyrase, B subunit  41.28 
 
 
686 aa  504  1e-141  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.217672  normal  0.192252 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0016  DNA gyrase, B subunit  43.52 
 
 
649 aa  503  1e-141  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00028541  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2729  DNA gyrase, B subunit  42.59 
 
 
641 aa  503  1e-141  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.739794  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0966  DNA gyrase, B subunit  42.53 
 
 
650 aa  504  1e-141  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0036  DNA gyrase subunit B  43.08 
 
 
643 aa  505  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0005  DNA gyrase subunit B  44.36 
 
 
640 aa  500  1e-140  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00215329  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0029  DNA gyrase, B subunit  42.86 
 
 
637 aa  499  1e-140  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  40.09 
 
 
637 aa  501  1e-140  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2254  DNA gyrase, B subunit  40.75 
 
 
646 aa  501  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  42.27 
 
 
644 aa  502  1e-140  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18251  DNA gyrase subunit B  41.24 
 
 
655 aa  499  1e-140  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0984  DNA gyrase subunit B  43.31 
 
 
651 aa  500  1e-140  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0005  DNA gyrase subunit B  42.53 
 
 
652 aa  502  1e-140  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.986745  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2676  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  40.86 
 
 
638 aa  499  1e-140  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000429732  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0005  DNA gyrase, B subunit  42.98 
 
 
685 aa  496  1e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18441  DNA gyrase subunit B  41.16 
 
 
655 aa  499  1e-139  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.768958  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  41.06 
 
 
652 aa  498  1e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  44.11 
 
 
642 aa  496  1e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0007  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  44.91 
 
 
647 aa  495  1e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>