More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0192 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_2593  valyl-tRNA synthetase  60.02 
 
 		 902 aa  1094    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1125  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  64.18 
 
 		 916 aa  1185    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09130  valyl-tRNA synthetase  58.16 
 
 		 885 aa  1014    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0788672 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1936  valyl-tRNA synthetase  58.58 
 
 		 881 aa  1026    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1197  valyl-tRNA synthetase  79.78 
 
 		 911 aa  1536    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6767  valyl-tRNA synthetase  55.06 
 
 		 845 aa  965    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0832206 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3508  valyl-tRNA synthetase  59.14 
 
 		 877 aa  1008    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.633691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1581  aminoacyl-tRNA synthetase class Ia  55.35 
 
 		 861 aa  969    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09930  valyl-tRNA synthetase  55.98 
 
 		 894 aa  981    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.231396  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2881  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  56.95 
 
 		 858 aa  993    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1314  valyl-tRNA synthetase  54.73 
 
 		 903 aa  956    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.558712 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0963  valyl-tRNA synthetase  62.1 
 
 		 901 aa  1142    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1701  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  56.89 
 
 		 846 aa  982    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000331073  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5200  valyl-tRNA synthetase  56.11 
 
 		 876 aa  986    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.725067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0192  valine--tRNA ligase  100 
 
 		 925 aa  1920    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09690  valyl-tRNA synthetase  55.32 
 
 		 895 aa  968    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1403  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  64.04 
 
 		 886 aa  1139    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00382029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24280  valyl-tRNA synthetase  61.72 
 
 		 906 aa  1147    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0307  valyl-tRNA synthetase  48.4 
 
 		 855 aa  793    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2401  valyl-tRNA synthetase  54.55 
 
 		 873 aa  969    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0015  valyl-tRNA synthetase  55.4 
 
 		 860 aa  972    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139403  normal  0.950731 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3473  valyl-tRNA synthetase  55.93 
 
 		 871 aa  967    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.560604  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2292  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  57.91 
 
 		 836 aa  987    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.436685  normal  0.164077 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2155  valyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 		 872 aa  982    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000123734 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0019  valyl-tRNA synthetase  54.93 
 
 		 862 aa  945    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.661225 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0136  valyl-tRNA synthetase  38.33 
 
 		 808 aa  612  1e-173  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0088  valyl-tRNA synthetase  38.87 
 
 		 802 aa  605  1.0000000000000001e-171  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0464  valyl-tRNA synthetase  37.63 
 
 		 864 aa  576  1.0000000000000001e-163  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1241  valyl-tRNA synthetase  35.55 
 
 		 896 aa  499  1e-139  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3319  valyl-tRNA synthetase  34.72 
 
 		 928 aa  490  1e-137  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1536  valyl-tRNA synthetase  34.31 
 
 		 908 aa  476  1e-133  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1721  valyl-tRNA synthetase  34.17 
 
 		 864 aa  460  9.999999999999999e-129  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0205  valyl-tRNA synthetase  33.68 
 
 		 905 aa  456  1e-127  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.24706  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0018  valyl-tRNA synthetase  34.98 
 
 		 892 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.910453  normal  0.161561 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2064  valyl-tRNA synthetase  33.26 
 
 		 863 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2626  valyl-tRNA synthetase  32.82 
 
 		 865 aa  445  1e-123  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1572  valyl-tRNA synthetase  32.39 
 
 		 863 aa  442  9.999999999999999e-123  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.330125  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0807  valyl-tRNA synthetase  33.37 
 
 		 855 aa  437  1e-121  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1023  valyl-tRNA synthetase  32.72 
 
 		 886 aa  430  1e-119  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.17818  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2184  valyl-tRNA synthetase  32.62 
 
 		 865 aa  430  1e-119  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0309  valyl-tRNA synthetase  32.21 
 
 		 886 aa  431  1e-119  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1976  valyl-tRNA synthetase  32.5 
 
 		 869 aa  428  1e-118  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0944  valyl-tRNA synthetase  29.83 
 
 		 906 aa  427  1e-118  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1605  valyl-tRNA synthetase  31.75 
 
 		 886 aa  425  1e-117  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0403  valyl-tRNA synthetase  31.27 
 
 		 865 aa  417  9.999999999999999e-116  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.52584  normal  0.0399554 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0603  putative valyl-tRNA synthetase  32.31 
 
 		 877 aa  418  9.999999999999999e-116  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1456  valyl-tRNA synthetase  31.43 
 
 		 886 aa  414  1e-114  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.439058  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1178  valyl-tRNA synthetase  32.48 
 
 		 858 aa  409  1.0000000000000001e-112  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0325  valyl-tRNA synthetase  31.09 
 
 		 809 aa  404  1e-111  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1878  valyl-tRNA synthetase  29.87 
 
 		 816 aa  372  1e-101  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1683  valyl-tRNA synthetase  30.95 
 
 		 808 aa  359  9.999999999999999e-98  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0962202  normal  0.0485293 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1019  valyl-tRNA synthetase  32.43 
 
 		 799 aa  355  2e-96  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000648947 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1456  valyl-tRNA synthetase  33.29 
 
 		 799 aa  353  7e-96  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1477  valyl-tRNA synthetase  30.46 
 
 		 771 aa  348  3e-94  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0166  valyl-tRNA synthetase  30.9 
 
 		 806 aa  347  5e-94  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000560387  normal  0.070078 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1649  valyl-tRNA synthetase  31.53 
 
 		 799 aa  347  7e-94  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.737664 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1497  valyl-tRNA synthetase  31.69 
 
 		 799 aa  343  7e-93  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.702651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1241  valyl-tRNA synthetase  28.49 
 
 		 879 aa  300  8e-80  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4303  valyl-tRNA synthetase  28.03 
 
 		 881 aa  297  8e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4549  valyl-tRNA synthetase  27.64 
 
 		 881 aa  295  2e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4576  valyl-tRNA synthetase  27.64 
 
 		 881 aa  295  3e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0658  valyl-tRNA synthetase  27.52 
 
 		 881 aa  295  4e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4202  valyl-tRNA synthetase  27.52 
 
 		 881 aa  294  6e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3174  valyl-tRNA synthetase  28.23 
 
 		 881 aa  293  8e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4355  valyl-tRNA synthetase  27.73 
 
 		 881 aa  293  1e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4545  valyl-tRNA synthetase  27.73 
 
 		 881 aa  293  1e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4690  valyl-tRNA synthetase  27.73 
 
 		 881 aa  293  1e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4591  valyl-tRNA synthetase  27.52 
 
 		 881 aa  293  1e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0294  valyl-tRNA synthetase  27.1 
 
 		 882 aa  292  2e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2573  valyl-tRNA synthetase  27.45 
 
 		 880 aa  293  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1831  valyl-tRNA synthetase  28.26 
 
 		 881 aa  292  2e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0410147  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4191  valyl-tRNA synthetase  27.73 
 
 		 881 aa  291  4e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0879  valyl-tRNA synthetase  27.88 
 
 		 880 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2211  valyl-tRNA synthetase  28.33 
 
 		 879 aa  285  3.0000000000000004e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00320783  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14590  valyl-tRNA synthetase  27.71 
 
 		 882 aa  285  3.0000000000000004e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129696  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0722  valyl-tRNA synthetase  27.45 
 
 		 895 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2479  valyl-tRNA synthetase  28.35 
 
 		 880 aa  284  5.000000000000001e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225877  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4227  valyl-tRNA synthetase  27.67 
 
 		 909 aa  282  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2239  valyl-tRNA synthetase  27.99 
 
 		 868 aa  281  5e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.659246  normal  0.828049 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12260  valyl-tRNA synthetase  28.98 
 
 		 882 aa  281  6e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.53715 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3441  valyl-tRNA synthetase  26.37 
 
 		 911 aa  280  1e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1629  valyl-tRNA synthetase  28.36 
 
 		 883 aa  279  2e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2175  valyl-tRNA synthetase  26.95 
 
 		 880 aa  278  5e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1755  valyl-tRNA synthetase  27.21 
 
 		 876 aa  277  7e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.746599  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7290  valyl-tRNA synthetase  29.57 
 
 		 882 aa  277  7e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0570872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1721  valyl-tRNA synthetase  27.21 
 
 		 876 aa  277  7e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0445  valyl-tRNA synthetase  27.22 
 
 		 883 aa  275  2.0000000000000002e-72  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.262089  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1109  valyl-tRNA synthetase  26.85 
 
 		 885 aa  275  2.0000000000000002e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.25731 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0532  valyl-tRNA synthetase  28.21 
 
 		 880 aa  275  2.0000000000000002e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000120164  normal  0.643444 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1886  valyl-tRNA synthetase  26.95 
 
 		 880 aa  276  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1102  valyl-tRNA synthetase  28.08 
 
 		 865 aa  275  3e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0575058  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1004  valyl-tRNA synthetase  28.08 
 
 		 865 aa  275  4.0000000000000004e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.15649  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2630  valyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 900 aa  274  5.000000000000001e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.395848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3951  valyl-tRNA synthetase  27.74 
 
 		 897 aa  274  5.000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.594097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2982  valyl-tRNA synthetase  27.29 
 
 		 1002 aa  273  9e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0504  valyl-tRNA synthetase  27.67 
 
 		 884 aa  273  1e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000238585  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1535  valyl-tRNA synthetase  29.17 
 
 		 883 aa  272  2e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0308753  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2550  valyl-tRNA synthetase  28.03 
 
 		 872 aa  272  2e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.464758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0513  valyl-tRNA synthetase  27.34 
 
 		 883 aa  272  2e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2554  valyl-tRNA synthetase  27.38 
 
 		 879 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0681361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>