91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1448 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1448  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  100 
 
 		 212 aa  435  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2806  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  95.28 
 
 		 255 aa  418  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.515421 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2083  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  75.94 
 
 		 212 aa  344  5e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0566289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1180  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  31.43 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.536171 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2015  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  51.65 
 
 		 146 aa  108  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3678  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  54.84 
 
 		 190 aa  108  8.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.358759  normal  0.441144 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1784  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  49.46 
 
 		 270 aa  108  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0865  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  44.57 
 
 		 166 aa  101  8e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1576  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  50 
 
 		 791 aa  101  9e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2148  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  50.55 
 
 		 161 aa  100  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3584  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  43.48 
 
 		 188 aa  99.4  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0552  CoB--CoM heterodisulfide reductase subunit A  48.94 
 
 		 786 aa  99  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0563725  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0028  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  42.39 
 
 		 193 aa  98.6  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0148  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  43.48 
 
 		 161 aa  98.6  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4307  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  47.31 
 
 		 488 aa  98.6  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.340367 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0072  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  50.51 
 
 		 140 aa  98.2  8e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0089  heterodisulfide reductase subunit  42.39 
 
 		 166 aa  97.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.633764  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1842  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  49.45 
 
 		 140 aa  97.4  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1653  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  44.09 
 
 		 146 aa  96.7  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.531476  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1839  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  49.45 
 
 		 140 aa  97.1  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0420  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  46.15 
 
 		 139 aa  96.7  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.440968 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0979  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  45.65 
 
 		 148 aa  97.1  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000000000116298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0650  F420-non-reducing hydrogenase subunit D  50.54 
 
 		 140 aa  96.7  3e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2589  CoB--CoM heterodisulfide reductase subunit A  44.68 
 
 		 792 aa  96.3  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.295963 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3427  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  44.57 
 
 		 168 aa  96.3  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2238  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  48.35 
 
 		 142 aa  95.9  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.410649  normal  0.0380736 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0029  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  42.39 
 
 		 175 aa  95.9  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1332  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  45.56 
 
 		 146 aa  95.5  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.931866  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2661  F420-non-reducing hydrogenase subunit D  43.62 
 
 		 144 aa  95.5  6e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0099  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  46.24 
 
 		 141 aa  94.7  8e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.585779  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0622  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  47.25 
 
 		 141 aa  94.7  9e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.316119  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2154  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  42.16 
 
 		 153 aa  93.6  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0566  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  46.15 
 
 		 144 aa  93.6  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1305  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  41.3 
 
 		 149 aa  93.2  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2314  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  45.05 
 
 		 148 aa  93.2  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0195  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  45.05 
 
 		 148 aa  93.2  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0587  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  45.65 
 
 		 152 aa  92.8  3e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000161599  normal  0.0317358 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2347  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  44.09 
 
 		 141 aa  92.8  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1199  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  39.8 
 
 		 149 aa  92.8  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.461451  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4163  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  45.16 
 
 		 491 aa  92.4  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106398  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1210  hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  42.27 
 
 		 141 aa  91.7  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0325  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  33.97 
 
 		 501 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.393409 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0851  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  43.96 
 
 		 163 aa  91.3  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1259  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  40.22 
 
 		 149 aa  90.9  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4315  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  45.16 
 
 		 489 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4293  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  45.16 
 
 		 486 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0829  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  42.22 
 
 		 494 aa  90.1  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.330153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0823  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  41.76 
 
 		 140 aa  89.4  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.400566 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0242  F420-non-reducing hydrogenase subunit D  43.96 
 
 		 142 aa  89.4  4e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.307195  normal  0.214233 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1354  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  41.76 
 
 		 144 aa  87.4  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.774154  normal  0.442745 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1973  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  42.22 
 
 		 143 aa  87.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3527  hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  43.33 
 
 		 154 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1110  hydrogenase, methyl-violgen-reducing type, delta subunit  36.96 
 
 		 149 aa  87  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.906515  normal  0.318255 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1193  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  37.82 
 
 		 152 aa  86.7  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1030  hydrogenase, methyl-violgen-reducing type, delta subunit  39.13 
 
 		 149 aa  87  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.485491  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2101  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  38.26 
 
 		 482 aa  85.1  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.212274  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1283  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  41.11 
 
 		 147 aa  84  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.475026 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0998  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  38.89 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3132  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  41.76 
 
 		 118 aa  82  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0878  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  42.7 
 
 		 145 aa  81.3  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.340433  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1329  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  41.3 
 
 		 150 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1710  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  38.89 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0343  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  38 
 
 		 141 aa  79.7  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0971  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  38.89 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1278  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  37.78 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.264877 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17780  coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit  35.87 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0975  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  37.78 
 
 		 134 aa  78.6  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.212416  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1793  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  35.87 
 
 		 114 aa  75.1  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.944587 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3014  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  27.45 
 
 		 252 aa  74.7  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.123543  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2972  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  27.45 
 
 		 252 aa  74.7  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.13558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0115  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  39.53 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0013  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  36.67 
 
 		 540 aa  68.6  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.779838 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2260  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  31.11 
 
 		 807 aa  67.4  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1425  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  37.08 
 
 		 810 aa  67.4  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0494363  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3535  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  37.36 
 
 		 152 aa  65.1  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0442  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  29.27 
 
 		 136 aa  55.1  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1078  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  32.99 
 
 		 744 aa  54.7  0.0000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.462282  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1050  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  31.25 
 
 		 739 aa  53.9  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0896174 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1003  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  33.33 
 
 		 160 aa  53.9  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.548422  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0907  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  31.25 
 
 		 160 aa  53.1  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1286  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  27.08 
 
 		 738 aa  49.3  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.499406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1883  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  28.42 
 
 		 735 aa  47.4  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.692001  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3575  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  27.37 
 
 		 736 aa  47  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1175  hypothetical protein  38.64 
 
 		 52 aa  45.8  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.347146 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1802  hypothetical protein  56.1 
 
 		 72 aa  44.7  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.805241 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1583  heterodisulfide reductase, subunit A/hydrogenase, delta subunit, putative  28 
 
 		 750 aa  43.9  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.120399  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1975  hypothetical protein  23.12 
 
 		 167 aa  42.7  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0145  heterodisulfide reductase subunit  36.36 
 
 		 61 aa  42.7  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2126  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  26.88 
 
 		 756 aa  42  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0036  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  24.73 
 
 		 750 aa  41.6  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00274533  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1000  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  24.73 
 
 		 778 aa  41.6  0.009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>