More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2022 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2022  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  560  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2420  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 289 aa  365  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.133265  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4105  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 312 aa  236  4e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4311  transcriptional regulator, LysR family  43.98 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1802  transcriptional regulator, LysR family  38.58 
 
 		 278 aa  152  8e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  35.04 
 
 		 312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  35.04 
 
 		 312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  35.04 
 
 		 312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  33.77 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  33.77 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  33.77 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0991  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  33.77 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.48 
 
 		 312 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.48 
 
 		 312 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.48 
 
 		 312 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.48 
 
 		 312 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.48 
 
 		 312 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 285 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  34.04 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  34.04 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2432  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 291 aa  108  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 322 aa  106  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 280 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 284 aa  105  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  34.19 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3347  hypothetical protein  37.23 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.244923 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  33.62 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  29.14 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 288 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 283 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 282 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 321 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 283 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 283 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 285 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 283 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 367 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 285 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.62 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 287 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.42 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>