More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1069 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1069  hydrogenase expression/formation protein HypE  100 
 
 		 353 aa  677    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.582687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0480  hydrogenase expression/formation protein HypE  64.47 
 
 		 349 aa  444  1.0000000000000001e-124  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.367213  normal  0.144611 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0975  hydrogenase expression/formation protein HypE  62.36 
 
 		 352 aa  431  1e-119  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.905159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3795  hydrogenase expression/formation protein HypE  62.89 
 
 		 352 aa  430  1e-119  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.717086  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3982  hydrogenase expression/formation protein HypE  64.47 
 
 		 373 aa  418  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2133  hydrogenase expression/formation protein HypE  64.18 
 
 		 355 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.871781  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2120  hydrogenase expression/formation protein HypE  64.18 
 
 		 355 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0569732  normal  0.0990172 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2179  hydrogenase expression/formation protein HypE  64.18 
 
 		 355 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.486425 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2404  hydrogenase expression/formation protein HypE  65.33 
 
 		 359 aa  414  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0834953 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1948  hydrogenase expression/formation protein HypE  66.1 
 
 		 359 aa  410  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.968187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2362  hydrogenase expression/formation protein HypE  65.24 
 
 		 356 aa  389  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.504762  normal  0.0693111 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1782  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.91 
 
 		 347 aa  359  5e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.075887  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1640  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.78 
 
 		 345 aa  358  9e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0725  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.62 
 
 		 347 aa  357  9.999999999999999e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0556  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.04 
 
 		 344 aa  356  3.9999999999999996e-97  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2011  hydrogenase maturation  57.36 
 
 		 346 aa  355  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1540  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.91 
 
 		 349 aa  355  7.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000883886  normal  0.111823 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1761  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.74 
 
 		 345 aa  348  6e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2014  hydrogenase expression/formation protein HypE  55.65 
 
 		 350 aa  348  6e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2048  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.92 
 
 		 347 aa  344  1e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1210  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.82 
 
 		 336 aa  343  2e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0706315 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2449  hydrogenase expression/formation protein HypE  56.51 
 
 		 351 aa  339  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.027326 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4100  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.13 
 
 		 354 aa  338  8e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1243  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.49 
 
 		 345 aa  337  9.999999999999999e-92  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50440  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.22 
 
 		 341 aa  338  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.081583  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1170  hydrogenase expression/formation protein HypE  57.14 
 
 		 348 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4015  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.92 
 
 		 336 aa  336  2.9999999999999997e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.734576  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1454  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.58 
 
 		 347 aa  335  5.999999999999999e-91  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.631935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3320  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.57 
 
 		 348 aa  335  5.999999999999999e-91  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2797  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.57 
 
 		 348 aa  335  5.999999999999999e-91  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.990811  normal  0.141163 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1178  hydrogenase expression/formation protein HypE  56.89 
 
 		 348 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.668048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2740  hydrogenase expression/formation protein HypE  56.59 
 
 		 349 aa  333  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3686  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.69 
 
 		 348 aa  333  3e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1217  hydrogenase maturation factor  50.44 
 
 		 335 aa  333  3e-90  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.578228  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2596  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.14 
 
 		 351 aa  332  5e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.547599  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0538  putative hydrogenase expression/formation protein HypE  55.81 
 
 		 348 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7251  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.08 
 
 		 348 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.669348  normal  0.687973 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3129  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.61 
 
 		 336 aa  330  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3879  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.54 
 
 		 367 aa  330  3e-89  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.18841  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1435  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.85 
 
 		 335 aa  329  4e-89  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00442446  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3758  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.4 
 
 		 348 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4606  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.29 
 
 		 367 aa  326  4.0000000000000003e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2536  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.3 
 
 		 352 aa  325  5e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3965  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.78 
 
 		 330 aa  326  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1959  hydrogenase expression/formation protein HypE  57.1 
 
 		 354 aa  325  6e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1704  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.29 
 
 		 350 aa  323  2e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.337224 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1133  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.71 
 
 		 336 aa  324  2e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3112  hydrogenase expression/formation protein HypE  56.36 
 
 		 351 aa  323  3e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3400  hydrogenase expression/formation protein HypE  55.43 
 
 		 362 aa  322  5e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2811  hydrogenase expression/formation protein hypE  54.91 
 
 		 351 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.116639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2777  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.93 
 
 		 337 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0797  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.42 
 
 		 368 aa  319  5e-86  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.10297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1953  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.79 
 
 		 336 aa  319  6e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2006  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.04 
 
 		 335 aa  317  2e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0475  hydrogenase maturation  52.23 
 
 		 356 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254195 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3443  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.14 
 
 		 349 aa  317  2e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.233193  normal  0.767401 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1077  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.6 
 
 		 336 aa  316  5e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.26154  normal  0.1511 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00620  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.6 
 
 		 340 aa  315  8e-85  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00293327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0473  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.86 
 
 		 366 aa  315  8e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  0.610083 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0309  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.23 
 
 		 337 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3074  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.71 
 
 		 340 aa  313  1.9999999999999998e-84  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000468886  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2391  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.7 
 
 		 352 aa  313  2.9999999999999996e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3234  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.85 
 
 		 372 aa  311  9e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0140  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.9 
 
 		 333 aa  311  1e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00214828  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2277  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.37 
 
 		 341 aa  310  2e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0510  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.64 
 
 		 340 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3926  hydrogenase expression/formation protein HypE  56 
 
 		 353 aa  309  5.9999999999999995e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.224134  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3877  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.29 
 
 		 344 aa  308  1.0000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2161  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.35 
 
 		 340 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.072502  normal  0.073432 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2484  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.72 
 
 		 370 aa  307  2.0000000000000002e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4587  hydrogenase expression/formation protein HypE  56.57 
 
 		 437 aa  306  3e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0465  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.81 
 
 		 337 aa  306  3e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.512312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1281  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.26 
 
 		 370 aa  306  4.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2187  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.4 
 
 		 354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  normal  0.295855 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1402  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.58 
 
 		 344 aa  305  6e-82  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.759509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0116  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.25 
 
 		 349 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.197928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3361  hypothetical protein  54.23 
 
 		 340 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1164  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.96 
 
 		 352 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3750  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.48 
 
 		 355 aa  300  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2949  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.88 
 
 		 336 aa  300  3e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.48771  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1799  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.26 
 
 		 343 aa  297  2e-79  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0201119 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3211  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.3 
 
 		 349 aa  297  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4510  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.61 
 
 		 337 aa  295  6e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.554082  normal  0.411575 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00490  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.66 
 
 		 341 aa  295  1e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3824  Hydrogenase maturation factor-like protein  52.34 
 
 		 446 aa  294  2e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.478029  normal  0.0729982 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2176  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.59 
 
 		 338 aa  293  2e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.239453 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0716  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.48 
 
 		 352 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0864  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.48 
 
 		 352 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2524  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.41 
 
 		 342 aa  293  4e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.021804  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08030  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.59 
 
 		 355 aa  293  4e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2656  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.27 
 
 		 341 aa  292  7e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3203  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.3 
 
 		 336 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0305  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.05 
 
 		 341 aa  290  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03920  hydrogenase expression/formation protein HypE  39.82 
 
 		 334 aa  291  2e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0363  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.26 
 
 		 340 aa  288  8e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1420  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.53 
 
 		 342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3147  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.67 
 
 		 336 aa  286  4e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2855  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.97 
 
 		 336 aa  286  5e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.431476 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3018  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.97 
 
 		 336 aa  285  5.999999999999999e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2439  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.09 
 
 		 337 aa  285  8e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>