More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4117 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
285 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  73.12 
 
 
283 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4077  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  72.4 
 
 
283 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.362561  normal  0.125461 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  66.43 
 
 
299 aa  348  4e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.77 
 
 
281 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.75 
 
 
283 aa  331  9e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
286 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
295 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.02 
 
 
302 aa  250  2e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.61 
 
 
301 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.77 
 
 
287 aa  249  5e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.61 
 
 
301 aa  248  6e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.69 
 
 
302 aa  247  2e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.43 
 
 
298 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.34 
 
 
312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.29 
 
 
288 aa  242  5e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.61 
 
 
291 aa  241  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.76 
 
 
291 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.12 
 
 
296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.6 
 
 
320 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.96 
 
 
307 aa  239  4e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.8 
 
 
301 aa  239  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.46 
 
 
296 aa  238  8e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.31 
 
 
302 aa  238  1e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
295 aa  237  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.1 
 
 
291 aa  238  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.12 
 
 
302 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
293 aa  237  2e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.63 
 
 
306 aa  236  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.44 
 
 
302 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.62 
 
 
310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.96 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  45.45 
 
 
293 aa  233  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.66 
 
 
294 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.56 
 
 
291 aa  232  5e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.66 
 
 
294 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.5 
 
 
297 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.1 
 
 
297 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.72 
 
 
287 aa  231  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.58 
 
 
296 aa  230  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.82 
 
 
294 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
296 aa  229  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
306 aa  229  4e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.89 
 
 
296 aa  229  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.41 
 
 
294 aa  229  4e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
297 aa  229  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.3 
 
 
301 aa  228  6e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.6 
 
 
298 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.23 
 
 
301 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.32 
 
 
291 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
292 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.92 
 
 
296 aa  226  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.46 
 
 
292 aa  226  3e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.26 
 
 
306 aa  226  4e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
296 aa  226  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  41.36 
 
 
299 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  41.36 
 
 
299 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.37 
 
 
281 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.55 
 
 
297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.71 
 
 
304 aa  225  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.99 
 
 
291 aa  225  7e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.06 
 
 
286 aa  225  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.58 
 
 
301 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
285 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
299 aa  223  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
294 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.13 
 
 
296 aa  223  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
296 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.78 
 
 
292 aa  223  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
296 aa  222  4e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
308 aa  223  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.64 
 
 
298 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.5 
 
 
296 aa  222  6e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.61 
 
 
298 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
291 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.68 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.48 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.42 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.74 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.23 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4002  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.87 
 
 
296 aa  220  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2671  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.87 
 
 
296 aa  220  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0893912  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
305 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.06 
 
 
294 aa  219  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
292 aa  218  7e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
294 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
299 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.79 
 
 
297 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
299 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.43 
 
 
291 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
299 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
299 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>