More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3068 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
315 aa  626  1e-178  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  60.95 
 
 
315 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  57.19 
 
 
312 aa  338  5.9999999999999996e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
318 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 
295 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
317 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
308 aa  189  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
311 aa  188  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
311 aa  187  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
303 aa  186  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 
303 aa  186  6e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.45 
 
 
303 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.78 
 
 
303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.45 
 
 
303 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
299 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.45 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
303 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
294 aa  179  4e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.54 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
295 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
303 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
303 aa  178  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
303 aa  178  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 
298 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 
308 aa  176  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
307 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 
307 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.74 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.74 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.74 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.74 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 
320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.74 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.74 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.94 
 
 
314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.4 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
307 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 
314 aa  172  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 
305 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.86 
 
 
320 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
304 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
305 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
314 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.02 
 
 
303 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 
300 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.42 
 
 
310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
300 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 
312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  41.44 
 
 
312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.42 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
285 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 
323 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
301 aa  164  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
329 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
329 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38 
 
 
328 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
329 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
294 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 
311 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 
309 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
348 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.42 
 
 
322 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
300 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 
302 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>