More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1870 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1870  putative glutamine amidotransferase  100 
 
 
308 aa  624  1e-178  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117624  normal  0.828633 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6575  glutamine amidotransferase class-II  70.27 
 
 
302 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0505165 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5749  amidophosphoribosyltransferase  69.9 
 
 
301 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6008  glutamine amidotransferase class-II  70.23 
 
 
301 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.362161  decreased coverage  0.00354269 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5638  glutamine amidotransferase class-II  69.57 
 
 
301 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52916  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3291  glutamine amidotransferase class-II  69.16 
 
 
301 aa  434  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4695  glutamine amidotransferase class-II  64.78 
 
 
299 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.903048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1656  glutamine amidotransferase class-II  64.78 
 
 
311 aa  385  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.670859  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1575  glutamine amidotransferase class-II  64.24 
 
 
316 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1938  glutamine amidotransferase class-II  64.45 
 
 
311 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.210707  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4810  glutamine amidotransferase class-II  66.11 
 
 
297 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  hitchhiker  0.00206329 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2632  glutamine amidotransferase class-II  63 
 
 
299 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2583  glutamine amidotransferase, class-II protein  59.09 
 
 
306 aa  363  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0230258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2274  glutamine amidotransferase, class-II  57.79 
 
 
306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0107042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3467  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  58.19 
 
 
299 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.836717  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2248  glutamine amidotransferase class-II  59.21 
 
 
301 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.280725 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1138  glutamine amidotransferase, class-II  60.8 
 
 
298 aa  352  5e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1942  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  60.4 
 
 
297 aa  349  3e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1346  glutamine amidotransferase, class-II  54.67 
 
 
299 aa  343  2e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0457  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  47.47 
 
 
298 aa  289  3e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.598323  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4806  glutamine amidotransferase class-II  52.29 
 
 
298 aa  287  1e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1699  glutamine amidotransferase class-II  48.32 
 
 
296 aa  279  5e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2499  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  46.69 
 
 
305 aa  278  9e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0705172  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0167  glutamine amidotransferase class-II  47.84 
 
 
302 aa  275  7e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5919  glutamine amidotransferase class-II  47.35 
 
 
302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.116128  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3524  glutamine amidotransferase class-II  47.7 
 
 
302 aa  271  1e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234475 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5261  glutamine amidotransferase, class-II  48.03 
 
 
298 aa  269  5e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.228434 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4893  glutamine amidotransferase, class-II  48.03 
 
 
298 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4982  glutamine amidotransferase, class-II  48.03 
 
 
298 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1299  glutamine amidotransferase, class-II  47.28 
 
 
302 aa  260  3e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0375941  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3033  glutamine amidotransferase, class-II  44.59 
 
 
302 aa  252  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.572778 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5510  glutamine amidotransferase, class-II  45.83 
 
 
302 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.623211  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22120  amidophosphoribosyltransferase  34.29 
 
 
480 aa  79.7  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.357347  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  23.78 
 
 
659 aa  79  0.0000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0558  glutamine amidotransferase, class-II  28.06 
 
 
374 aa  77  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0007  amidophosphoribosyltransferase  31.52 
 
 
487 aa  76.3  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30048  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0772  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  31.68 
 
 
608 aa  76.3  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.900207  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0439  amidophosphoribosyltransferase  26.6 
 
 
459 aa  75.9  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2407  amidophosphoribosyltransferase  27.75 
 
 
487 aa  75.1  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.848054  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0841  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  30.73 
 
 
608 aa  74.7  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.121546  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00831  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  36.61 
 
 
610 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1448  amidophosphoribosyltransferase  26.32 
 
 
474 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1523  amidophosphoribosyltransferase  26.6 
 
 
459 aa  73.9  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0119394  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3743  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  36.36 
 
 
609 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4040  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  34.71 
 
 
609 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  27.18 
 
 
553 aa  73.9  0.000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1632  amidophosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
469 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1536  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  30.53 
 
 
610 aa  73.9  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1419  amidophosphoribosyltransferase  27.72 
 
 
461 aa  73.2  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0127132  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4234  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  35.29 
 
 
609 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.235934  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4481  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.33 
 
 
609 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000322632 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4741  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.06 
 
 
609 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4571  amidophosphoribosyltransferase  31.53 
 
 
468 aa  72.8  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.470676  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0396  amidophosphoribosyltransferase  26.11 
 
 
459 aa  72.8  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2426  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  35.16 
 
 
609 aa  72.4  0.000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.184466  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0039  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.33 
 
 
610 aa  72.4  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001643  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing)  34.82 
 
 
610 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0244363  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2822  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  34.38 
 
 
610 aa  72.4  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1249  amidophosphoribosyltransferase  25.77 
 
 
488 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.917797  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4125  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.06 
 
 
609 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.513895  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1147  amidophosphoribosyltransferase  26.15 
 
 
478 aa  71.2  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.218005  normal  0.314166 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0665  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  26.07 
 
 
350 aa  70.9  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0536  glutamine amidotransferase class-II  30.37 
 
 
372 aa  70.5  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  24.04 
 
 
646 aa  70.5  0.00000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1205  amidophosphoribosyltransferase  32.48 
 
 
493 aa  70.9  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0230  amidophosphoribosyltransferase  31.14 
 
 
463 aa  70.9  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0884272  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0531  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  31.38 
 
 
593 aa  70.1  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.840167  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0522  glutamine amidotransferase, class-II  30.37 
 
 
395 aa  70.5  0.00000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2047  amidophosphoribosyltransferase  30.17 
 
 
465 aa  70.1  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.330153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4360  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.06 
 
 
609 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0471215  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4361  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.06 
 
 
609 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.284496  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0468  amidophosphoribosyltransferase  27.27 
 
 
456 aa  70.1  0.00000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.350158  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4502  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.06 
 
 
609 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.782513  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0724  amidophosphoribosyltransferase  29.02 
 
 
500 aa  70.1  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00225283  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0980  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.75 
 
 
599 aa  70.1  0.00000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0085  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.59 
 
 
611 aa  69.3  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.800313  normal  0.506708 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0760  amidophosphoribosyltransferase  31.76 
 
 
454 aa  69.3  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4892  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.61 
 
 
609 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.664271  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2865  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  35.11 
 
 
610 aa  69.3  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0334  amidophosphoribosyltransferase  30.34 
 
 
462 aa  68.9  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.708549  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2741  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  32.28 
 
 
611 aa  68.9  0.00000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.214537 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0070  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  32.3 
 
 
612 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.499476 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0507  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  40.21 
 
 
612 aa  68.6  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00435471 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3588  amidophosphoribosyltransferase  30.94 
 
 
503 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.51846 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4305  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  32.23 
 
 
609 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.312496  hitchhiker  0.000000000243426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3839  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  32.23 
 
 
609 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251004 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2343  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.33 
 
 
614 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0472138  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3951  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.06 
 
 
609 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.101747  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0033  amidophosphoribosyltransferase  28.86 
 
 
497 aa  68.6  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1342  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  32.17 
 
 
620 aa  68.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.372378  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4012  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.06 
 
 
609 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0405163  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2453  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  44.33 
 
 
606 aa  68.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.633572  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0062  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  32.3 
 
 
612 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23190  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  36.88 
 
 
622 aa  68.9  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0529184  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1985  glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  36.27 
 
 
611 aa  68.2  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1766  amidophosphoribosyltransferase  31.79 
 
 
488 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0501857 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4602  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.62 
 
 
616 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1778  hypothetical protein  28.43 
 
 
475 aa  68.2  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000929805  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0598  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  35.66 
 
 
611 aa  68.2  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3639  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.06 
 
 
609 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000255668  normal  0.139839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>