More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0620 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0620  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
398 aa  796    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2649  Extracellular ligand-binding receptor  36.64 
 
 
386 aa  234  3e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000293817  normal  0.0179491 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1205  extracellular ligand-binding receptor  36.32 
 
 
384 aa  226  5.0000000000000005e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000303202  normal  0.322412 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1636  extracellular ligand-binding receptor  36.41 
 
 
384 aa  224  1e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0385235  normal  0.485465 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2492  Extracellular ligand-binding receptor  35.65 
 
 
387 aa  204  3e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.977518  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1892  extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 
422 aa  202  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.130266  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2975  extracellular ligand-binding receptor  33.14 
 
 
419 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.225754  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1863  Extracellular ligand-binding receptor  35.04 
 
 
814 aa  195  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.190846  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
383 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
382 aa  159  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
383 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
383 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 
393 aa  156  6e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1109  Extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
387 aa  154  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5686  Extracellular ligand-binding receptor  34.8 
 
 
412 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1435  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
383 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0735342  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
400 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1548  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.96 
 
 
408 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  31.61 
 
 
388 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  31.61 
 
 
388 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 
401 aa  140  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3150  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.368888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2648  Extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 
406 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  30.6 
 
 
386 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
399 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
399 aa  136  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.37 
 
 
399 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0178  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
383 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2957  Extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
391 aa  134  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.343664 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 
381 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.37 
 
 
402 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 
381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2859  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.191945  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  30.12 
 
 
336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6474  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0864936 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 
378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3377  extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
380 aa  127  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0317113 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.32 
 
 
388 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  0.512532 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
384 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  32.32 
 
 
384 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  32.32 
 
 
384 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  32.68 
 
 
375 aa  126  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.66 
 
 
380 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1082  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
393 aa  126  9e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  33.72 
 
 
369 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 
384 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 
388 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  32.32 
 
 
380 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  33 
 
 
384 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.66 
 
 
384 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
382 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
380 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  33 
 
 
384 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.61 
 
 
379 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.39 
 
 
380 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.39 
 
 
380 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.39 
 
 
380 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
373 aa  123  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.39 
 
 
376 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
375 aa  123  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0907  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.65 
 
 
405 aa  123  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26662  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1593  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.65 
 
 
405 aa  123  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0185942  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
379 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0253  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.65 
 
 
371 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1153  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.65 
 
 
371 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.488211  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  32.39 
 
 
380 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
379 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.39 
 
 
380 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.39 
 
 
380 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
379 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  30.17 
 
 
388 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 
372 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  26.61 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  26.61 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1469  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  26.61 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0341  extracellular ligand-binding receptor  32.01 
 
 
389 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.37 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1977  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.65 
 
 
432 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.212694  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
391 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
380 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
391 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20600  amino acid-binding protein  30.43 
 
 
413 aa  122  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2121  outative extracellular ligand binding protein  29.65 
 
 
405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0914412  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.39 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1959  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.65 
 
 
405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  31.02 
 
 
413 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>