More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2555 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2555  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 193 aa  388  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2231  DNA repair protein RadC  81.35 
 
 		 193 aa  296  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.173334  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 244 aa  181  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  64.18 
 
 		 169 aa  177  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  55.77 
 
 		 224 aa  177  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  64.18 
 
 		 168 aa  176  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  54.79 
 
 		 225 aa  174  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  49.73 
 
 		 224 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  61.54 
 
 		 222 aa  172  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 238 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  60.26 
 
 		 222 aa  168  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  52.41 
 
 		 224 aa  168  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  57.69 
 
 		 238 aa  168  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  56.17 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  53.75 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  48.47 
 
 		 237 aa  160  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  51.92 
 
 		 234 aa  159  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 169 aa  158  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  56.62 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  53.85 
 
 		 169 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  58.54 
 
 		 168 aa  152  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  58.14 
 
 		 169 aa  152  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  50.61 
 
 		 237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  57.58 
 
 		 164 aa  151  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  47.9 
 
 		 168 aa  149  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  48.47 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  47.9 
 
 		 168 aa  148  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 		 169 aa  148  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  58.2 
 
 		 160 aa  147  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  46.71 
 
 		 168 aa  147  9e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  53.03 
 
 		 169 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  46.71 
 
 		 168 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  44.15 
 
 		 224 aa  144  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  53.28 
 
 		 159 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  45.41 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  53.03 
 
 		 158 aa  141  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  44.5 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  44.57 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  45.11 
 
 		 223 aa  140  8e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  51.75 
 
 		 158 aa  140  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  53.15 
 
 		 158 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  51.75 
 
 		 158 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  44.39 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  52.55 
 
 		 160 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  53.6 
 
 		 164 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  53.6 
 
 		 164 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  45.08 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  48.1 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  53.6 
 
 		 164 aa  139  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  46.55 
 
 		 171 aa  139  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  54.47 
 
 		 158 aa  139  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  54.92 
 
 		 158 aa  139  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  54.92 
 
 		 148 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  41.21 
 
 		 253 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  54.92 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  54.92 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  54.92 
 
 		 158 aa  138  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  54.92 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  44.32 
 
 		 224 aa  137  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  46.53 
 
 		 224 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  54.92 
 
 		 158 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  51.05 
 
 		 158 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  43.09 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  45.06 
 
 		 257 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  45.06 
 
 		 257 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  54.1 
 
 		 158 aa  136  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  45.06 
 
 		 257 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1733  DNA repair protein RadC  50.77 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.112707  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 		 259 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  50.82 
 
 		 159 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  51.54 
 
 		 169 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 157 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  40.11 
 
 		 242 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  54.1 
 
 		 160 aa  134  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  40.76 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  49.62 
 
 		 164 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  43.21 
 
 		 257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  53.66 
 
 		 158 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  50.77 
 
 		 165 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  43.32 
 
 		 224 aa  132  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  132  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  50.72 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  50.72 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 		 222 aa  131  5e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  48.09 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  49.19 
 
 		 164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  49.19 
 
 		 164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  49.19 
 
 		 164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  44.23 
 
 		 224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 222 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  41.67 
 
 		 222 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  45.14 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  47.2 
 
 		 164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>