More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3571 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
141 aa  280  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  82.27 
 
 
141 aa  225  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.26 
 
 
144 aa  218  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  77.3 
 
 
141 aa  217  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  77.3 
 
 
141 aa  217  3.9999999999999997e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.57 
 
 
142 aa  216  8.999999999999998e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.94 
 
 
142 aa  206  6e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.01 
 
 
144 aa  204  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.26 
 
 
147 aa  192  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.25 
 
 
141 aa  184  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  69.12 
 
 
147 aa  179  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.86 
 
 
143 aa  163  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.83 
 
 
142 aa  163  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  57.04 
 
 
143 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.57 
 
 
143 aa  161  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.12 
 
 
142 aa  159  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.04 
 
 
140 aa  153  8e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  57.66 
 
 
138 aa  148  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  55 
 
 
141 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.47 
 
 
138 aa  143  9e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
137 aa  139  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.6 
 
 
141 aa  133  8e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.26 
 
 
158 aa  118  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.24 
 
 
149 aa  118  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.03 
 
 
140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.69 
 
 
140 aa  100  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.84 
 
 
140 aa  98.6  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 
141 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  38.81 
 
 
154 aa  94.7  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.09 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 
140 aa  88.2  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.09 
 
 
145 aa  87.8  5e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  36.09 
 
 
145 aa  87.8  5e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.59 
 
 
142 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 
132 aa  86.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  32.59 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.81 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.83 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  34.53 
 
 
143 aa  82.4  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
143 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  33.09 
 
 
143 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.39 
 
 
141 aa  79  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
142 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.03 
 
 
149 aa  77  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 
158 aa  73.6  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  32.79 
 
 
146 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
158 aa  72  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  32.79 
 
 
146 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.09 
 
 
143 aa  71.6  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.26 
 
 
131 aa  71.2  0.000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
138 aa  69.7  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
137 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  32.52 
 
 
139 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
133 aa  67.8  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.82 
 
 
159 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.3 
 
 
141 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0947  protein TolR  29.08 
 
 
144 aa  65.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.324869  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.85 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  30.95 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  31.78 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1147  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.15 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
144 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  30.83 
 
 
143 aa  63.9  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
144 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
144 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.22 
 
 
142 aa  63.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  30.16 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.78 
 
 
145 aa  62.8  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
136 aa  62  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1510  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
144 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43562  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
144 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  32.09 
 
 
146 aa  61.6  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  26.09 
 
 
136 aa  62  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 
136 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  29.23 
 
 
142 aa  61.6  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
140 aa  61.6  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  27.34 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
139 aa  60.5  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
139 aa  60.5  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  30.37 
 
 
144 aa  60.1  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.37 
 
 
137 aa  59.7  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  28.68 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.12 
 
 
148 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  26.76 
 
 
141 aa  60.1  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
144 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0605408  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 
135 aa  59.7  0.00000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 
144 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
136 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  31.36 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
133 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  30.71 
 
 
151 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.89 
 
 
144 aa  58.9  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  28.89 
 
 
144 aa  58.9  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>