More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0360 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0360  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
256 aa  531  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0301  extracellular solute-binding protein  64.1 
 
 
255 aa  332  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0246  extracellular solute-binding protein  64.22 
 
 
253 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.469708 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0240  extracellular solute-binding protein family 3  63.79 
 
 
253 aa  326  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.551221  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1602  extracellular solute-binding protein  58.44 
 
 
258 aa  311  9e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0401  extracellular solute-binding protein  57.09 
 
 
254 aa  300  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_003296  RS00359  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  57.69 
 
 
255 aa  282  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.580904  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  51.97 
 
 
272 aa  262  3e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  47.01 
 
 
252 aa  228  1e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 
264 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  35.68 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  35.06 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  36.94 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  38.25 
 
 
254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  35.18 
 
 
265 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  35.17 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  37.33 
 
 
254 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  34.47 
 
 
268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  34.75 
 
 
264 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  34.98 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.27 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  34.89 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  32.56 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  31.89 
 
 
264 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 
249 aa  125  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  32.7 
 
 
266 aa  125  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.89 
 
 
264 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  34.86 
 
 
246 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  32.32 
 
 
285 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.7 
 
 
257 aa  123  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.33 
 
 
266 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 
264 aa  123  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.7 
 
 
257 aa  123  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  31.8 
 
 
266 aa  122  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  31.8 
 
 
266 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  29.73 
 
 
264 aa  122  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  32.32 
 
 
266 aa  122  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  32.32 
 
 
266 aa  122  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  31.8 
 
 
266 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.5 
 
 
264 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  32.32 
 
 
285 aa  122  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  29.73 
 
 
264 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.73 
 
 
264 aa  122  7e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  29.73 
 
 
264 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
266 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.73 
 
 
264 aa  122  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  31.94 
 
 
266 aa  121  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  31.94 
 
 
266 aa  121  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  31.94 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.39 
 
 
251 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  32.37 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  31.95 
 
 
266 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.73 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 
290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  33.05 
 
 
265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  32.34 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  34.84 
 
 
251 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  32.75 
 
 
257 aa  117  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  32.68 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.87 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1432  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.05 
 
 
260 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.897061 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.92 
 
 
249 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  31.7 
 
 
243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.7 
 
 
243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  31.7 
 
 
243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  32.28 
 
 
255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  32.64 
 
 
502 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  32.64 
 
 
502 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.04 
 
 
266 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30.04 
 
 
266 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30.04 
 
 
266 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30.04 
 
 
266 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2998  extracellular solute-binding protein family 3  33.73 
 
 
273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.3 
 
 
254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30.04 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 
270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.3 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.29 
 
 
244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3835  extracellular solute-binding protein family 3  33.04 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 
261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 
260 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4163  extracellular solute-binding protein family 3  32.17 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.12 
 
 
244 aa  113  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 
263 aa  113  3e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 
264 aa  113  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  29.79 
 
 
256 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  30.35 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.36 
 
 
264 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 
248 aa  112  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>