More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1086 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1086  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
328 aa  678    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.889547  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.77 
 
 
318 aa  289  5.0000000000000004e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.34 
 
 
322 aa  277  2e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.03 
 
 
322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.72 
 
 
322 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.72 
 
 
322 aa  273  3e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.72 
 
 
322 aa  273  3e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.41 
 
 
322 aa  271  9e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.03 
 
 
323 aa  271  1e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.51 
 
 
342 aa  268  7e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  41.8 
 
 
322 aa  268  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.11 
 
 
323 aa  267  2e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0260  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.72 
 
 
327 aa  263  4e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  41.59 
 
 
355 aa  258  1e-67  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.610294  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40.6 
 
 
362 aa  256  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40 
 
 
342 aa  256  4e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.88 
 
 
352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.38 
 
 
336 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1124  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.03 
 
 
323 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0644506  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.56 
 
 
334 aa  252  5.000000000000001e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.11 
 
 
323 aa  250  3e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1064  hypothetical protein  40.65 
 
 
337 aa  249  5e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.732456 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1350  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.86 
 
 
363 aa  248  1e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.505877  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.63 
 
 
358 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.1 
 
 
354 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39 
 
 
357 aa  246  3e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.7 
 
 
357 aa  246  4e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.56 
 
 
323 aa  245  8e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.15 
 
 
336 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.83 
 
 
360 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.85 
 
 
336 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40.18 
 
 
330 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3680  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40.3 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00834015  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0512  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40.36 
 
 
339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  41.05 
 
 
318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.74 
 
 
355 aa  242  5e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.91 
 
 
340 aa  242  5e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.15 
 
 
336 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.64 
 
 
352 aa  242  6e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40.06 
 
 
352 aa  241  1e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40.18 
 
 
355 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.14 
 
 
358 aa  240  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39 
 
 
354 aa  240  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.82 
 
 
341 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.88 
 
 
355 aa  238  8e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.97 
 
 
359 aa  238  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.23 
 
 
337 aa  238  8e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.25 
 
 
353 aa  238  8e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.1 
 
 
362 aa  238  1e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.793551  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2098  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.18 
 
 
356 aa  238  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.72 
 
 
360 aa  237  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.66 
 
 
354 aa  237  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.58 
 
 
356 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.76 
 
 
353 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.92 
 
 
348 aa  236  5.0000000000000005e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.54 
 
 
358 aa  236  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.55 
 
 
366 aa  235  6e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.1 
 
 
355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.48 
 
 
353 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0216  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37 
 
 
330 aa  234  1.0000000000000001e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.240285  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40.25 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.54 
 
 
355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.96 
 
 
355 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.05 
 
 
364 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.57 
 
 
357 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.45 
 
 
372 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.43 
 
 
354 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.61 
 
 
346 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1749  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  39.71 
 
 
354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1669  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.84 
 
 
357 aa  233  4.0000000000000004e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  40.18 
 
 
362 aa  232  5e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.72 
 
 
345 aa  232  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.35 
 
 
354 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.35 
 
 
360 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.58 
 
 
353 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.67 
 
 
353 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.54 
 
 
353 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.54 
 
 
353 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.24 
 
 
354 aa  231  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.46 
 
 
354 aa  230  2e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.31 
 
 
400 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.06 
 
 
360 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.31 
 
 
353 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.68 
 
 
366 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.31 
 
 
400 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.31 
 
 
353 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.99 
 
 
351 aa  230  2e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.611799  normal  0.380858 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.24 
 
 
353 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.31 
 
 
353 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.31 
 
 
353 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.54 
 
 
363 aa  230  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  39.39 
 
 
360 aa  231  2e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.31 
 
 
400 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.2 
 
 
355 aa  230  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  37.31 
 
 
354 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.55 
 
 
354 aa  230  3e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.31 
 
 
354 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.24 
 
 
353 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.69 
 
 
340 aa  229  3e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.215848 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.58 
 
 
353 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>