55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1158 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1158  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  100 
 
 		 329 aa  641    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.846378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2181  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  42.99 
 
 		 329 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.124929  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35 
 
 		 472 aa  70.1  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3106  HupK  31.21 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2020  hypothetical protein  29.1 
 
 		 379 aa  67  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3367  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  28.57 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.391965 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  39.51 
 
 		 406 aa  63.9  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7257  HupK protein  45.21 
 
 		 336 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.53403  normal  0.383588 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2155  HupK  29.04 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.127907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.88 
 
 		 485 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  28.02 
 
 		 485 aa  59.7  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1636  putative dehydrogenase protein  30.59 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0504  HupK  30.92 
 
 		 270 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2497  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  35.88 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633578  normal  0.13514 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.87 
 
 		 488 aa  57  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 439 aa  56.2  0.0000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.36 
 
 		 484 aa  56.2  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  29.17 
 
 		 496 aa  55.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.64 
 
 		 417 aa  53.9  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4118  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  23.81 
 
 		 391 aa  53.1  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0441  hypothetical protein  27.87 
 
 		 397 aa  52.8  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1804  putative dehydrogenase protein  30.92 
 
 		 295 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0688891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  33.33 
 
 		 474 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.76 
 
 		 477 aa  50.8  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1639  putative dehydrogenase protein  30.59 
 
 		 295 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0272996  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1965  hypothetical protein  40.79 
 
 		 390 aa  50.4  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0920  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like protein  32.88 
 
 		 379 aa  49.7  0.00006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  28.72 
 
 		 479 aa  49.7  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  30.46 
 
 		 532 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.58 
 
 		 482 aa  48.5  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.08 
 
 		 531 aa  48.9  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  30.46 
 
 		 532 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1644  putative dehydrogenase protein  30.26 
 
 		 295 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1703  putative ATP/GTP-binding protein  40.79 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3980  hypothetical protein  26.81 
 
 		 308 aa  47.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.99 
 
 		 485 aa  48.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.16 
 
 		 475 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.57 
 
 		 534 aa  48.5  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.69 
 
 		 480 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2817  HupK protein  32.93 
 
 		 388 aa  47.8  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.65 
 
 		 554 aa  46.6  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  26.56 
 
 		 545 aa  46.6  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  30.69 
 
 		 548 aa  46.2  0.0007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.63 
 
 		 547 aa  46.2  0.0009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.41 
 
 		 481 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.41 
 
 		 531 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  29.37 
 
 		 535 aa  44.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  25.91 
 
 		 456 aa  44.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  31.16 
 
 		 475 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  31.03 
 
 		 456 aa  43.9  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.39 
 
 		 475 aa  43.9  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.89 
 
 		 597 aa  43.5  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.53 
 
 		 596 aa  43.1  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.36 
 
 		 598 aa  43.1  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.21 
 
 		 604 aa  42.4  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>