More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_29000 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_29000  transcriptional regulator  100 
 
 		 377 aa  734    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2923  regulatory protein DeoR  39.57 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3563  regulatory protein DeoR  38.4 
 
 		 387 aa  208  1e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3811  regulatory protein DeoR  35.79 
 
 		 396 aa  186  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.333022  normal  0.698925 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21330  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 383 aa  168  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0149427  normal  0.181929 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0623  regulatory protein DeoR  36.41 
 
 		 354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.369416 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4061  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  34.57 
 
 		 361 aa  157  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03440  transcriptional regulator  37.64 
 
 		 373 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2252  Transcriptional regulators-like protein  36.39 
 
 		 364 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2682  regulatory protein DeoR  32.61 
 
 		 378 aa  142  7e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.191466  normal  0.937043 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1699  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.173754  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3140  transcriptional regulator, LacI family  32.69 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.636128 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2737  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  27.91 
 
 		 364 aa  98.6  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  29.82 
 
 		 338 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  28.86 
 
 		 337 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30 
 
 		 338 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.67 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  30.33 
 
 		 340 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.64 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  29.27 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  28.11 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.33 
 
 		 340 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  25.51 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  28.52 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.51 
 
 		 340 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2753  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3340  LacI family transcription regulator  30.11 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0301  regulatory protein GntR HTH  24.61 
 
 		 353 aa  79.3  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.814124  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  28.67 
 
 		 346 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  24.14 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2534  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 663 aa  77.4  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  32.88 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  25.63 
 
 		 334 aa  77  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.83 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 371 aa  76.6  0.0000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  29.31 
 
 		 346 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  29.45 
 
 		 343 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0502  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 344 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0979375 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0746  LacI family transcription regulator  34.27 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506865 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  29.45 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  29.45 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  29.45 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  27.7 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  23.41 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  24.44 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  21.79 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3704  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 353 aa  73.9  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00247071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5012  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29360  transcriptional regulator  28.97 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  30.23 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.69 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 349 aa  73.2  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  27.1 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0256  regulatory protein, LacI  25.14 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13850  transcriptional regulator, LacI family  29.4 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0262  regulatory protein LacI  25.14 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  35.12 
 
 		 326 aa  72.4  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  23.76 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3367  transcriptional regulator, LacI family  24.65 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  27.37 
 
 		 344 aa  71.6  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.17 
 
 		 341 aa  72  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  25.63 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3343  LacI family transcription regulator  28.23 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716413  normal  0.0750883 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  24.29 
 
 		 342 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  23.82 
 
 		 340 aa  70.5  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  25.66 
 
 		 341 aa  70.9  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2112  transcriptional regulator, LacI family  29.26 
 
 		 350 aa  70.5  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  25.69 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  23.48 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  22.03 
 
 		 336 aa  70.1  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 365 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0802  alanine racemase  34.51 
 
 		 368 aa  69.7  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.82 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.99 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  25.99 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.99 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  25.99 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.99 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2511  transcriptional regulator, LacI family  29.66 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.155489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.99 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.4 
 
 		 336 aa  69.3  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  29.17 
 
 		 347 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.47 
 
 		 336 aa  68.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1983  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.597613  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.99 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.24 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  27.13 
 
 		 338 aa  68.9  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.99 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  24.78 
 
 		 336 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1131  transcriptional regulator, LacI family  27.4 
 
 		 332 aa  68.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  27.8 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3611  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 		 345 aa  68.2  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2505  LacI family transcription regulator  26.32 
 
 		 342 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  23.4 
 
 		 336 aa  68.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>