More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5604 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  623  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 305 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  90.16 
 
 		 305 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  90.49 
 
 		 305 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  90.49 
 
 		 305 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  80.33 
 
 		 305 aa  527  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 334 aa  316  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 334 aa  315  4e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 334 aa  315  4e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 334 aa  315  4e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 334 aa  315  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 334 aa  315  4e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 334 aa  315  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 334 aa  315  4e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 314 aa  314  9e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 314 aa  314  9e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 334 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 334 aa  310  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 334 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 334 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 334 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  46.2 
 
 		 334 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 324 aa  306  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  45.51 
 
 		 315 aa  304  9.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 334 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 334 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 334 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  45.36 
 
 		 435 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 428 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 415 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 338 aa  297  1e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 323 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 323 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 324 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 324 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 324 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 324 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 335 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 304 aa  289  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 322 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 303 aa  279  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  44.9 
 
 		 295 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 342 aa  275  9e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 300 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 299 aa  271  9e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 340 aa  270  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 300 aa  268  8e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3326  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 319 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.424785 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 303 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 318 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 299 aa  265  8e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 309 aa  264  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 303 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0488  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 309 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  42.48 
 
 		 304 aa  262  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 297 aa  262  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  43.2 
 
 		 297 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3447  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 305 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.800287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.26 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 318 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 300 aa  261  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 314 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  38.64 
 
 		 302 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  38.64 
 
 		 302 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 303 aa  259  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  258  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 303 aa  258  6e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  38.64 
 
 		 302 aa  258  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 304 aa  258  8e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 304 aa  258  9e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 327 aa  258  9e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 298 aa  256  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  39.8 
 
 		 306 aa  255  7e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 299 aa  254  9e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0994  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1035  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.693724  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>