129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5562 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5562  membrane protein-like protein  100 
 
 		 333 aa  691    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5790  membrane protein-like protein  83.48 
 
 		 333 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0162832  normal  0.484682 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2414  membrane protein-like protein  65.64 
 
 		 335 aa  462  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.547284 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0696  hypothetical protein  54.85 
 
 		 335 aa  385  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5442  hypothetical protein  49.1 
 
 		 335 aa  340  1e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.564208  normal  0.373706 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1275  hypothetical protein  36.59 
 
 		 333 aa  192  6e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0364003  normal  0.373706 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1817  hypothetical protein  27.97 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.294075  normal  0.846199 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3670  protein of unknown function UPF0187  26.07 
 
 		 309 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0277  protein of unknown function UPF0187  25.23 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1250  protein of unknown function UPF0187  24.53 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000295826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0039  protein of unknown function UPF0187  23.82 
 
 		 300 aa  103  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.115525  normal  0.475905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5054  hypothetical protein  24.53 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.399703  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6784  protein of unknown function UPF0187  23.28 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.256656  normal  0.854767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0854  hypothetical protein  24.02 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0869  hypothetical protein  25 
 
 		 295 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3402  hypothetical protein  25.33 
 
 		 296 aa  95.9  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.408916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0828  hypothetical protein  23.72 
 
 		 323 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00926098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1371  conserved effector locus protein  23.4 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0841301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2133  hypothetical protein  24.91 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.337926  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5502  hypothetical protein  22.86 
 
 		 295 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2785  hypothetical protein  23.6 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2014  hypothetical protein  25.74 
 
 		 304 aa  94.4  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00931147  normal  0.0815668 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4358  hypothetical protein  24.04 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.750707  normal  0.330007 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2126  protein of unknown function UPF0187  24.26 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0815429  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1652  hypothetical protein  24.26 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.066565  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01477  conserved inner membrane protein  24.26 
 
 		 304 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2692  hypothetical protein  24.19 
 
 		 315 aa  93.2  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14568  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1602  hypothetical protein  24.26 
 
 		 321 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.738962  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1720  hypothetical protein  24.26 
 
 		 321 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.219104  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01488  hypothetical protein  24.26 
 
 		 304 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2138  hypothetical protein  24.26 
 
 		 304 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1689  hypothetical protein  24.26 
 
 		 321 aa  92.4  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00204582  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31760  hypothetical protein  23.03 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02585  hypothetical protein  23.38 
 
 		 286 aa  92  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2549  protein of unknown function UPF0187  25.19 
 
 		 272 aa  91.7  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3456  protein of unknown function UPF0187  26.95 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0228488  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3226  hypothetical protein  26.33 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1182  hypothetical protein  21.94 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.720294  normal  0.241586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2476  hypothetical protein  24.48 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.759422 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3128  hypothetical protein  22.59 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3397  hypothetical protein  21.96 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0893  protein of unknown function UPF0187  22.57 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2382  hypothetical protein  21.98 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000769788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3933  hypothetical protein  23.6 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2577  hypothetical protein  22.81 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.652411 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0078  protein of unknown function UPF0187  21.84 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.323458  hitchhiker  0.00334919 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1261  hypothetical protein  21.58 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.551182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1229  hypothetical protein  23.49 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1069  hypothetical protein  24.82 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.686021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3389  hypothetical protein  25.08 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3033  hypothetical protein  23.15 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5376  hypothetical protein  23.05 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.310342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3860  protein of unknown function UPF0187  23.47 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0101759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2252  hypothetical protein  22.33 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.272487  normal  0.629804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3922  hypothetical protein  22.57 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.314293  normal  0.0751799 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2950  hypothetical protein  24.44 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.345922  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4598  hypothetical protein  22.82 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0395716  normal  0.546384 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5346  hypothetical protein  19.26 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00567307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3907  hypothetical protein  22.33 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1290  hypothetical protein  22.82 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1404  protein of unknown function UPF0187  24.82 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453282  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2184  hypothetical protein  22.81 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0159481 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3414  hypothetical protein  22.82 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3475  hypothetical protein  22.38 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1446  hypothetical protein  21.43 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_87902  predicted protein  21.6 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0889965  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1996  protein of unknown function UPF0187  19.53 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16551  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3926  hypothetical protein  22.83 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.74386  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4544  hypothetical protein  25.99 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0214885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4128  hypothetical protein  22.15 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.903788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2127  hypothetical protein  24.74 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.446173 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1022  protein of unknown function UPF0187  23.72 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.88279 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2042  protein of unknown function UPF0187  27.33 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0364314  hitchhiker  0.00398813 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0092  hypothetical protein  19.86 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0613  protein of unknown function UPF0187  22.78 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1456  protein of unknown function UPF0187  25.76 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.205773  normal  0.5655 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2042  hypothetical protein  23.66 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.660228  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0440  protein of unknown function UPF0187  24.57 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2942  hypothetical protein  25 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0047162  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3207  hypothetical protein  22.66 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1264  hypothetical protein  22.65 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.021109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0834  hypothetical protein  24.09 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.725312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0021  protein of unknown function UPF0187  20.49 
 
 		 318 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0016  protein of unknown function UPF0187  21.71 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2003  protein of unknown function UPF0187  23.44 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157888  normal  0.175148 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1155  protein of unknown function UPF0187  26.27 
 
 		 293 aa  57.4  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.272335  normal  0.253462 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46385  predicted protein  20.86 
 
 		 476 aa  57  0.0000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3495  hypothetical protein  20.79 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0400  protein of unknown function UPF0187  27.87 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0368  hypothetical protein  27.87 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4469  hypothetical protein  20.49 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476961  normal  0.842377 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4007  hypothetical protein  21.25 
 
 		 306 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5036  protein of unknown function UPF0187  18.25 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4064  hypothetical protein  22.37 
 
 		 306 aa  54.7  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4283  protein of unknown function UPF0187  28.57 
 
 		 314 aa  54.3  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3057  hypothetical protein  25.37 
 
 		 277 aa  52.8  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0993  hypothetical protein  22.88 
 
 		 290 aa  53.1  0.000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000360463  normal  0.124336 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0605  hypothetical protein  20.31 
 
 		 327 aa  52  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0343991  normal  0.65798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3788  hypothetical protein  21.25 
 
 		 306 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4016  hypothetical protein  23.18 
 
 		 296 aa  52.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>