152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0016 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0016  protein of unknown function UPF0187  100 
 
 		 315 aa  634    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0021  protein of unknown function UPF0187  94.03 
 
 		 318 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3414  hypothetical protein  77.78 
 
 		 306 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3475  hypothetical protein  75.16 
 
 		 308 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1022  protein of unknown function UPF0187  68.77 
 
 		 308 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.88279 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2184  hypothetical protein  65.29 
 
 		 306 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0159481 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5036  protein of unknown function UPF0187  50.67 
 
 		 305 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3922  hypothetical protein  49.36 
 
 		 303 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.314293  normal  0.0751799 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1423  hypothetical protein  50 
 
 		 302 aa  286  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3926  hypothetical protein  49.01 
 
 		 305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.74386  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5346  hypothetical protein  45.9 
 
 		 303 aa  275  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00567307  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1255  hypothetical protein  48.34 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.288403  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2578  hypothetical protein  48.34 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468115  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0228  hypothetical protein  48.34 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0500  hypothetical protein  48.34 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1335  hypothetical protein  48.34 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1070  hypothetical protein  48.34 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.55174  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1417  hypothetical protein  48.34 
 
 		 302 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.285233  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0613  protein of unknown function UPF0187  45.1 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4469  hypothetical protein  48.01 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476961  normal  0.842377 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4007  hypothetical protein  47.85 
 
 		 306 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1264  hypothetical protein  47.68 
 
 		 306 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.021109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3788  hypothetical protein  47.02 
 
 		 306 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4580  hypothetical protein  47.02 
 
 		 306 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0477154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5725  hypothetical protein  47.02 
 
 		 306 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890183  normal  0.38929 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4064  hypothetical protein  48.18 
 
 		 306 aa  259  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3128  hypothetical protein  44.12 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7068  hypothetical protein  44.22 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.85763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2476  hypothetical protein  46.05 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.759422 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1420  hypothetical protein  45.07 
 
 		 306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6409  hypothetical protein  45.07 
 
 		 306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5726  protein of unknown function UPF0187  42.9 
 
 		 303 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6970  hypothetical protein  44.41 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.780234 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3838  hypothetical protein  44.22 
 
 		 303 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.294262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0121  protein of unknown function UPF0187  43.41 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5683  hypothetical protein  44.67 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.326794 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6441  hypothetical protein  44.67 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.549137 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2126  protein of unknown function UPF0187  42.67 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0815429  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1652  hypothetical protein  42.67 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.066565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2133  hypothetical protein  42.67 
 
 		 304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.337926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5402  hypothetical protein  44.37 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.145488  normal  0.0274711 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1602  hypothetical protein  42.33 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.738962  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1720  hypothetical protein  42.33 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.219104  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01477  conserved inner membrane protein  42.33 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01488  hypothetical protein  42.33 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2138  hypothetical protein  42.33 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1689  hypothetical protein  41.81 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00204582  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2014  hypothetical protein  40.98 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00931147  normal  0.0815668 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0092  hypothetical protein  41.85 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1229  hypothetical protein  39.74 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3033  hypothetical protein  40.76 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1446  hypothetical protein  38.76 
 
 		 308 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3226  hypothetical protein  37.09 
 
 		 314 aa  212  7.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5376  hypothetical protein  37.85 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.310342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4544  hypothetical protein  39.94 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0214885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1261  hypothetical protein  38.08 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.551182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3860  protein of unknown function UPF0187  36.14 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0101759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1069  hypothetical protein  37.38 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.686021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4128  hypothetical protein  35.6 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.903788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1290  hypothetical protein  36.01 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4598  hypothetical protein  36.01 
 
 		 299 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0395716  normal  0.546384 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3907  hypothetical protein  35.95 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3456  protein of unknown function UPF0187  34.85 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0228488  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2252  hypothetical protein  33.33 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.272487  normal  0.629804 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2950  hypothetical protein  34.45 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.345922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0440  protein of unknown function UPF0187  38.06 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0368  hypothetical protein  38.08 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1404  protein of unknown function UPF0187  39.81 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453282  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0400  protein of unknown function UPF0187  38.36 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3933  hypothetical protein  33.88 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3389  hypothetical protein  34.53 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0834  hypothetical protein  37.46 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.725312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2127  hypothetical protein  35.44 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.446173 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4016  hypothetical protein  34.93 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3495  hypothetical protein  30.03 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2042  hypothetical protein  34.7 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.660228  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3117  protein of unknown function UPF0187  29.9 
 
 		 315 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3207  hypothetical protein  29.93 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0221  protein of unknown function UPF0187  30.72 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0218  protein of unknown function UPF0187  30.72 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.920117  normal  0.0106107 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3402  hypothetical protein  32.89 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.408916 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0078  protein of unknown function UPF0187  33.98 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.323458  hitchhiker  0.00334919 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0605  hypothetical protein  31.1 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0343991  normal  0.65798 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3670  protein of unknown function UPF0187  32.52 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5502  hypothetical protein  31.56 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0922  hypothetical protein  28.87 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5054  hypothetical protein  31.18 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.399703  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02585  hypothetical protein  32.01 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0608  protein of unknown function UPF0187  29.37 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.638552 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2549  protein of unknown function UPF0187  35.63 
 
 		 272 aa  142  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2785  hypothetical protein  33.33 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1996  protein of unknown function UPF0187  31.53 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16551  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0828  hypothetical protein  35.65 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00926098 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0039  protein of unknown function UPF0187  31.37 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.115525  normal  0.475905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4358  hypothetical protein  35.65 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.750707  normal  0.330007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0869  hypothetical protein  35.65 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0854  hypothetical protein  35.65 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2577  hypothetical protein  35.27 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.652411 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0545  protein of unknown function UPF0187  29.01 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1182  hypothetical protein  29.56 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.720294  normal  0.241586 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>