More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1147 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1147  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  597  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.451163  normal  0.239422 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4399  LysR family transcriptional regulator  94.7 
 
 		 306 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.937642 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1135  LysR family transcriptional regulator  97.69 
 
 		 303 aa  564  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1256  LysR family transcriptional regulator  91.69 
 
 		 327 aa  544  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.451987  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0775  LysR family transcriptional regulator  91.69 
 
 		 327 aa  544  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.856584  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1228  LysR family transcriptional regulator  91.36 
 
 		 303 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.74553  normal  0.563903 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7661  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  36.98 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.6 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  36.6 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  34.06 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  35.97 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  35.97 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.25 
 
 		 295 aa  134  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 306 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.8 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  34.72 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  34.72 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  34.72 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  34.72 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  34.72 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  31.85 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  33.46 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 309 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 300 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.96 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  28.22 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.73 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  33.33 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  33.33 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  35.6 
 
 		 301 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 296 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 294 aa  123  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  33.07 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>