86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5955 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5955  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 		 331 aa  664    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.764168  normal  0.119821 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0012  ABC transporter substrate-binding protein  52.55 
 
 		 351 aa  330  3e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5748  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  47.23 
 
 		 324 aa  263  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  normal  0.0239802 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1928  putative sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein  41.36 
 
 		 332 aa  259  6e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5973  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  45.08 
 
 		 324 aa  250  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0249466  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2777  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  44.75 
 
 		 326 aa  246  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0641341 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1758  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  43.52 
 
 		 331 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2142  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  43.56 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.297347  normal  0.343222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1806  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  43.56 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.592526  normal  0.965356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1785  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  42.04 
 
 		 341 aa  229  6e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.388953 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1864  putative sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein  37.31 
 
 		 346 aa  227  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.114682  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2671  hypothetical protein  38.16 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.25613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2355  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  36.05 
 
 		 329 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3935  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  36.51 
 
 		 327 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2852  putative sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein  38.98 
 
 		 329 aa  205  8e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174204  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2350  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.68 
 
 		 367 aa  97.4  3e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4594  putative ABC transporter periplasmic solute- binding protein  27.89 
 
 		 328 aa  87  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.751076  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03370  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  28.57 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1455  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  30.88 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0687578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0171  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.1 
 
 		 327 aa  55.5  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0424584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1966  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.41 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.320638  normal  0.0218625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3719  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  37.27 
 
 		 320 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.0719677 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30550  putative periplasmic aliphatic sulfonate-binding protein  27.24 
 
 		 319 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30510  ABC transporter periplasmic aliphatic sulfonate-binding protein  27.27 
 
 		 320 aa  52.8  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.846388  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3603  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  36.36 
 
 		 319 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.934538  normal  0.68951 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4066  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  29.19 
 
 		 356 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3229  periplasmic aliphatic sulfonate-binding protein, putative  27.73 
 
 		 318 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2183  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.63 
 
 		 319 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.680381 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00947  hypothetical protein  29.63 
 
 		 319 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.525571  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00940  alkanesulfonate transporter subunit  29.63 
 
 		 319 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.597544  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3410  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.45 
 
 		 320 aa  50.4  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.589969  normal  0.519615 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1045  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.63 
 
 		 333 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1051  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  29.63 
 
 		 316 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588314  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2879  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  28.29 
 
 		 317 aa  49.7  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1595  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.29 
 
 		 317 aa  49.7  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1098  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.63 
 
 		 319 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0897398  normal  0.248761 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2707  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  29.63 
 
 		 319 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.860316  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5870  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40 
 
 		 329 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.626499  normal  0.186079 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2848  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  30 
 
 		 350 aa  48.1  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.503074  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2382  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.63 
 
 		 333 aa  48.1  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2660  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.63 
 
 		 319 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.536053  normal  0.0112507 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0929  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24 
 
 		 322 aa  47.4  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0520778  normal  0.417573 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1644  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  27.27 
 
 		 326 aa  47.4  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.789892  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4186  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.03 
 
 		 480 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.917027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3655  NLPA lipoprotein  25.84 
 
 		 311 aa  46.6  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.59768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  27.84 
 
 		 342 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5414  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  28.22 
 
 		 326 aa  47  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.445951  hitchhiker  0.00207004 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4333  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.6 
 
 		 330 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1296  nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein, putative  23.49 
 
 		 474 aa  46.6  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232575  normal  0.301895 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0032  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.95 
 
 		 340 aa  45.8  0.0009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19500  hypothetical protein  26.29 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3178  ABC transporter substrate-binding protein  28.44 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.805079  normal  0.212985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3161  nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein, putative  25.81 
 
 		 467 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.230597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0674  ABC transporter sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  26.03 
 
 		 474 aa  45.4  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.288479  normal  0.376687 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4880  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  25.55 
 
 		 330 aa  45.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.184039  normal  0.779449 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.32 
 
 		 327 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2209  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  28.57 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1212  NMT1/THI5 like domain protein  25.78 
 
 		 326 aa  45.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0153956  normal  0.631224 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2438  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.4 
 
 		 322 aa  45.1  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1678  hypothetical protein  25.82 
 
 		 334 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4154  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  31.54 
 
 		 367 aa  44.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal  0.542699 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5012  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.26 
 
 		 369 aa  44.3  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0114898  normal  0.178041 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5229  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.88 
 
 		 318 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0533798  normal  0.0843496 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1738  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.24 
 
 		 321 aa  44.3  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.159271  normal  0.0882717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1423  extracellular solute-binding protein family 3  25.33 
 
 		 326 aa  44.3  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.33 
 
 		 326 aa  44.3  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.302787 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0983  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.31 
 
 		 334 aa  43.5  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2299  ABC transporter, substrate-binding protein  25.57 
 
 		 311 aa  43.5  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0813032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3462  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  28.5 
 
 		 312 aa  43.5  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0646  ABC transporter, substrate-binding protein  25.57 
 
 		 311 aa  43.5  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.714673  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2967  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  29.73 
 
 		 328 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1998  nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein, putative  23.87 
 
 		 474 aa  43.5  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.420561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0909  NMT1/THI5 like domain protein  24.18 
 
 		 311 aa  43.1  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0643839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3031  ABC aliphatic sulfonates transporter, periplasmic ligand binding protein  35.16 
 
 		 328 aa  43.5  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.436318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2636  ABC sulfonate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.31 
 
 		 334 aa  43.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0882688  hitchhiker  0.00001006 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2423  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, aliphatic sulfonates family  25.35 
 
 		 324 aa  43.1  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0466  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  29.67 
 
 		 330 aa  43.1  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1386  NMT1/THI5 like domain protein  27.45 
 
 		 323 aa  43.1  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0708461  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4052  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.98 
 
 		 354 aa  43.1  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1974  nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein, putative  24.84 
 
 		 474 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.507629  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3347  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.75 
 
 		 480 aa  42.7  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6103  nitrate ABC transporter, periplasmic nitrate-binding protein, putative  24.84 
 
 		 474 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.762098  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1675  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  29.84 
 
 		 319 aa  42.7  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2884  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  25.89 
 
 		 315 aa  42.7  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4880  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.52 
 
 		 481 aa  42.7  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732129 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3466  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.5 
 
 		 330 aa  42.4  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.106164  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>