More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9122 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9122  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 304 aa  607  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4410  transcriptional regulator, LysR family  62 
 
 		 303 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 301 aa  332  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  51.16 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.6 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.6 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.6 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.6 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.6 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.85 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.71 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  34.22 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  37.26 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 328 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  35.66 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  35.66 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.74 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  32.08 
 
 		 331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  33 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.84 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.31 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  32.1 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  31.78 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  34.09 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  34.09 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  34.09 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 304 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  34.09 
 
 		 329 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>