More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5876 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 
281 aa  556  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.1 
 
 
283 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  44.4 
 
 
278 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
273 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
273 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  40.75 
 
 
272 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
294 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  34.59 
 
 
300 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  36.4 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  35.16 
 
 
295 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
298 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
295 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
294 aa  155  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.81 
 
 
301 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
301 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
294 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
298 aa  148  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
297 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  36.73 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.52 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.52 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  35.52 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  35.52 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.52 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  35.74 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.52 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 
266 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 
266 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.04 
 
 
280 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  34.02 
 
 
281 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  32.93 
 
 
266 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
272 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  32.58 
 
 
285 aa  112  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  33.33 
 
 
265 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
272 aa  112  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
268 aa  112  9e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
272 aa  110  3e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.28 
 
 
268 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.89 
 
 
268 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  34.53 
 
 
288 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.89 
 
 
268 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
267 aa  108  8.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  31.8 
 
 
286 aa  108  9.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
261 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
275 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
287 aa  107  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.64 
 
 
282 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
282 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.64 
 
 
282 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
275 aa  105  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  32.21 
 
 
273 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.95 
 
 
274 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  31.09 
 
 
273 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
295 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.07 
 
 
279 aa  103  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
275 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  32.61 
 
 
272 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  31.09 
 
 
273 aa  103  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
259 aa  102  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.77 
 
 
270 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
264 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
275 aa  102  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.74 
 
 
267 aa  102  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.343858  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.59 
 
 
300 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
264 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
278 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.68 
 
 
277 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
267 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
280 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1012  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  32.37 
 
 
262 aa  101  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.783092  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
275 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  31.02 
 
 
266 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  36.51 
 
 
259 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.49 
 
 
261 aa  100  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
279 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  36.51 
 
 
259 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  30.88 
 
 
282 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
272 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  33.96 
 
 
279 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
279 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
275 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  32.62 
 
 
262 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.57 
 
 
272 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.66 
 
 
265 aa  99.8  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
278 aa  99.4  6e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0163082  normal  0.45751 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
269 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  31.12 
 
 
268 aa  99  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
268 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  30.97 
 
 
276 aa  98.6  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
268 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
279 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>