More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0786 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0786  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
343 aa  677    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.96 
 
 
336 aa  479  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.275951 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.59 
 
 
360 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394661  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0388  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.94 
 
 
337 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.684401  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.48 
 
 
346 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.84 
 
 
337 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.36183 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2872  ABC alpha-glucoside transporter, inner membrane subunit AglF  68.67 
 
 
330 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.51146  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1518  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.67 
 
 
330 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10648  normal  0.108237 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.28 
 
 
331 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.696982  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2911  ABC alpha-glucoside transporter inner membrane binding protein  67.76 
 
 
336 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.306248 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.98 
 
 
335 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0498492  normal  0.505135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.78 
 
 
325 aa  374  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.984077  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1651  inner membrane ABC transporter permease protein  61.63 
 
 
334 aa  371  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0167176  hitchhiker  0.00000136024 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
350 aa  266  4e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252536  normal  0.145093 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
358 aa  260  2e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.463035  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7165  ABC alpha-glucoside transporter inner membrane binding protein  49.46 
 
 
323 aa  259  4e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0234886 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.46 
 
 
289 aa  258  9e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000851926  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.19 
 
 
325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000235602 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 
289 aa  253  5.000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2338  ABC-type glucosylglycerol transport system permease protein  50.38 
 
 
328 aa  251  2e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.379248  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47 
 
 
334 aa  250  2e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142528  normal  0.163523 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.1 
 
 
378 aa  247  2e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.845135  hitchhiker  0.00000439381 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.36 
 
 
329 aa  246  4e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
347 aa  238  1e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 
367 aa  233  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
320 aa  231  1e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.604651  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
335 aa  231  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.281814  normal  0.0722986 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26140  permease component of ABC-type sugar transporter  40.35 
 
 
388 aa  231  2e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.33736  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.52 
 
 
343 aa  229  5e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.145583 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01760  carbohydrate ABC transporter membrane protein  46.55 
 
 
329 aa  224  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.471223  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
294 aa  122  9e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
311 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
307 aa  119  9e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  31.46 
 
 
307 aa  119  9e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
319 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  30.42 
 
 
306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
324 aa  116  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156181  normal  0.0141251 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2010  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  31.1 
 
 
318 aa  116  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360583  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.03 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26620  carbohydrate ABC transporter membrane protein  29.53 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12077  sugar ABC transporter membrane protein  31.01 
 
 
300 aa  113  5e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
290 aa  112  8.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
324 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000204062  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
306 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1183  ABC transporter, permease protein  30.79 
 
 
307 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2817  putative carbohydrate ABC transporter, permease protein  30.79 
 
 
307 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.13 
 
 
308 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.732084 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.94 
 
 
299 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5738  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.4 
 
 
302 aa  109  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0678785  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.03 
 
 
308 aa  109  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172129  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
289 aa  108  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.24 
 
 
288 aa  108  1e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.107464 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
317 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0740262  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
298 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
306 aa  107  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.45 
 
 
291 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
322 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.548364  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.71 
 
 
313 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4735  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  25.4 
 
 
310 aa  106  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
299 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28370  carbohydrate ABC transporter membrane protein  29.39 
 
 
287 aa  105  8e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.096742  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0480  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  25.4 
 
 
310 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0623  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  25.4 
 
 
310 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
308 aa  105  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.72 
 
 
298 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857292  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01490  carbohydrate ABC transporter membrane protein  29.19 
 
 
324 aa  105  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.659857  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
295 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.982578  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
313 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.409377 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1443  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  28.99 
 
 
303 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0903613  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
330 aa  104  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.21265 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
296 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.7 
 
 
321 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.824924  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
439 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.350775 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
328 aa  105  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
331 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120867  normal  0.192026 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  30.8 
 
 
322 aa  103  3e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.51 
 
 
310 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
427 aa  103  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000129291  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.63 
 
 
299 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0604  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  25.08 
 
 
310 aa  103  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.14 
 
 
303 aa  103  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.693678  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0536  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  25.08 
 
 
310 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0567  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  25.08 
 
 
310 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0478  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  25.4 
 
 
310 aa  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.96 
 
 
307 aa  103  6e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05100  permease component of ABC-type sugar transporter  28.52 
 
 
316 aa  102  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.47 
 
 
292 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.52 
 
 
314 aa  103  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.81 
 
 
318 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
289 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0630  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  25.84 
 
 
310 aa  102  9e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.92 
 
 
316 aa  102  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.194369 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
327 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.744275  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.74 
 
 
325 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.406302  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.03 
 
 
313 aa  102  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.33 
 
 
293 aa  102  1e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.83 
 
 
295 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0698  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  25.84 
 
 
310 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
315 aa  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  27.45 
 
 
301 aa  101  2e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>