More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1247 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
308 aa  615  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.732084 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5738  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  71.38 
 
 
302 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0678785  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.92 
 
 
275 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.61 
 
 
350 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.344745  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1183  ABC transporter, permease protein  60.94 
 
 
307 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2817  putative carbohydrate ABC transporter, permease protein  60.94 
 
 
307 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.98 
 
 
291 aa  374  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2010  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  64.24 
 
 
318 aa  370  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360583  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.55 
 
 
319 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80176  hitchhiker  0.000205378 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.22 
 
 
314 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
313 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.32687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4576  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.14 
 
 
314 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00748515 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3195  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.15 
 
 
312 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142654 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.79 
 
 
317 aa  335  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.143445 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.15 
 
 
313 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.14 
 
 
325 aa  332  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351015  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.23 
 
 
294 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180469  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.89 
 
 
294 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.493427  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
305 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584937  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
305 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.79 
 
 
305 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.825826  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3286  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.79 
 
 
305 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
294 aa  236  3e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
290 aa  226  4e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
313 aa  202  8e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
306 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
318 aa  191  1e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488692  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
319 aa  185  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0038089  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
306 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3250  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35.76 
 
 
310 aa  170  3e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
297 aa  169  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
299 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
296 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
296 aa  167  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
307 aa  165  9e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  34.63 
 
 
307 aa  165  9e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.454536  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
309 aa  163  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.03 
 
 
309 aa  162  8.000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.179346  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0557  ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 
308 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0541  ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 
308 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
309 aa  159  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  32.36 
 
 
288 aa  159  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
297 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
312 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.79 
 
 
318 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
299 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
294 aa  157  3e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.22 
 
 
320 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
305 aa  156  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
302 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
303 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000249122  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
321 aa  155  6e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
316 aa  155  7e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0497455  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
305 aa  155  7e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
313 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115668  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
310 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
292 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
317 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
313 aa  153  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.61 
 
 
315 aa  151  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
297 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
323 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.939574  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.38 
 
 
308 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.48209 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
309 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.43514  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
320 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.253823  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 
305 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0388505  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.46 
 
 
275 aa  150  4e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
315 aa  149  8e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0308401  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.27 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.97 
 
 
317 aa  147  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.746865  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4983  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.53 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.300856  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11610  permease component of ABC-type sugar transporter  35.32 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.117578  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
294 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
294 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.200183 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2279  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3986  putative ABC transporter (permease protein)  31.94 
 
 
313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2171  carbohydrate ABC transporter permease  31.52 
 
 
280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0580768  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2414  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  29.73 
 
 
294 aa  146  5e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
316 aa  145  6e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.2607 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.21 
 
 
320 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2083  carbohydrate ABC transporter permease  31.52 
 
 
286 aa  145  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0183943 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  32.01 
 
 
305 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2545  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
316 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.637107  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
327 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.744275  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3074  sugar ABC transporter permease protein  31.39 
 
 
307 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  34.18 
 
 
301 aa  143  3e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
310 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal  0.350334 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
309 aa  144  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>