More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1155 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  100 
 
 		 236 aa  471  1e-132  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  76.99 
 
 		 244 aa  357  9.999999999999999e-98  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  74.78 
 
 		 237 aa  353  1e-96  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09940  SSU ribosomal protein S3P  70.98 
 
 		 235 aa  333  1e-90  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.257564  hitchhiker  0.00000258289 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  62.56 
 
 		 233 aa  270  2e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  62.5 
 
 		 288 aa  269  2.9999999999999997e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  58.23 
 
 		 288 aa  268  8e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  58.23 
 
 		 288 aa  267  8.999999999999999e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 210 aa  267  8.999999999999999e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 211 aa  266  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 211 aa  266  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 210 aa  267  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 278 aa  265  2.9999999999999995e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  58.44 
 
 		 231 aa  264  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  59.05 
 
 		 232 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 210 aa  264  1e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  57.87 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  61.54 
 
 		 268 aa  263  1e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  61.06 
 
 		 270 aa  263  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  61.54 
 
 		 325 aa  263  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  59.31 
 
 		 231 aa  263  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  61.06 
 
 		 272 aa  263  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 278 aa  263  2e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  58.62 
 
 		 232 aa  262  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  60.93 
 
 		 236 aa  262  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  58.62 
 
 		 232 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  59.91 
 
 		 341 aa  261  4.999999999999999e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 211 aa  261  6e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 211 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  61.5 
 
 		 268 aa  261  8.999999999999999e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  58.19 
 
 		 287 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  60.75 
 
 		 278 aa  260  1e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  58.19 
 
 		 287 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  60.93 
 
 		 239 aa  260  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  58.19 
 
 		 287 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  60.75 
 
 		 280 aa  260  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  60 
 
 		 248 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 275 aa  260  2e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  57.94 
 
 		 223 aa  259  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 315 aa  259  2e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  58.41 
 
 		 225 aa  259  3e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  59.05 
 
 		 274 aa  259  3e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  60 
 
 		 251 aa  258  6e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 210 aa  258  7e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  60.56 
 
 		 272 aa  258  8e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  59.53 
 
 		 252 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  56.28 
 
 		 256 aa  257  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  57.67 
 
 		 252 aa  257  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  59.07 
 
 		 241 aa  256  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  57.48 
 
 		 225 aa  256  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  55.51 
 
 		 224 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  59.24 
 
 		 279 aa  255  3e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  55.51 
 
 		 224 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  58.6 
 
 		 248 aa  255  4e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  58.6 
 
 		 248 aa  255  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  58.6 
 
 		 248 aa  255  4e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  57.67 
 
 		 249 aa  255  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  53.95 
 
 		 243 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  55.9 
 
 		 224 aa  254  5e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  55.51 
 
 		 224 aa  254  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  54.88 
 
 		 236 aa  254  7e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  54.88 
 
 		 236 aa  254  7e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  53.95 
 
 		 243 aa  254  8e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  56.34 
 
 		 219 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  53.36 
 
 		 236 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  58.11 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  56.28 
 
 		 237 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 230 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  53.36 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  53.98 
 
 		 235 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  53.36 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  59.15 
 
 		 286 aa  253  2.0000000000000002e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 258 aa  252  3e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  53.48 
 
 		 262 aa  252  3e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  55.7 
 
 		 292 aa  253  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  54.67 
 
 		 223 aa  252  4.0000000000000004e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  56.04 
 
 		 210 aa  252  4.0000000000000004e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  53.55 
 
 		 223 aa  251  8.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  53.92 
 
 		 261 aa  250  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 282 aa  250  1e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 219 aa  250  1e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  53.46 
 
 		 285 aa  250  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 		 226 aa  250  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  55.86 
 
 		 218 aa  250  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 233 aa  249  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  55.3 
 
 		 221 aa  249  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  52.32 
 
 		 233 aa  249  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  54.05 
 
 		 221 aa  249  2e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  55.45 
 
 		 227 aa  249  3e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  52.74 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  52.74 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 227 aa  249  3e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  52.32 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  50.64 
 
 		 232 aa  249  4e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  54.63 
 
 		 226 aa  249  4e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  54.04 
 
 		 234 aa  248  5e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  59.15 
 
 		 276 aa  248  5e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  55.86 
 
 		 229 aa  248  6e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  56.87 
 
 		 218 aa  248  7e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>