122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2429 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2429  [Ni/Fe] hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  100 
 
 
251 aa  513  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.943103  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2058  cytochrome B561  96.81 
 
 
251 aa  501  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0173  cytochrome B561  91.63 
 
 
248 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.551563  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2054  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.67 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0543  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.66 
 
 
218 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0121  nickel-iron hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.77 
 
 
222 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.347229  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3330  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  28.77 
 
 
222 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2027  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.63 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1972  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.36 
 
 
246 aa  73.2  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.184335  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50570  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit, HoxZ  28.51 
 
 
240 aa  72.4  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00896899  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2341  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  29.33 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.334235  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00977  hydrogenase 1, b-type cytochrome subunit  29.33 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.112521  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2670  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.33 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0583865  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0874  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  27.96 
 
 
222 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1082  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  29.33 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1089  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  29.33 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0131135  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2622  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  29.33 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  hitchhiker  0.00890552 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2143  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  29.33 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.187945  normal  0.482264 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00984  hypothetical protein  29.33 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.143558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1210  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  29.33 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0336  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.02 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00129504  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3146  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.61 
 
 
258 aa  69.3  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0114554  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1708  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.99 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.33968  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1799  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.99 
 
 
247 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384885  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1634  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.99 
 
 
247 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1649  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  30.99 
 
 
247 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2321  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.46 
 
 
258 aa  68.6  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1641  Ni/Fe-hydrogenase, B-type cytochrome subunit  27.78 
 
 
224 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1295  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  27.27 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00118042  normal  0.526274 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3987  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  29.63 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0139  cytochrome b, putative  29.91 
 
 
218 aa  65.5  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.734232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1998  Ni/Fe-hydrogenase, 1 b-type cytochrome subunit  26.03 
 
 
247 aa  65.5  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.130131  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2175  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.11 
 
 
250 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000847396  normal  0.136379 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2317  cytochrome B561  26.75 
 
 
248 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0816161  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2387  cytochrome B561  26.75 
 
 
248 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.549561  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3908  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.89 
 
 
253 aa  62.8  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3369  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.89 
 
 
240 aa  62.8  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00901378  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  30 
 
 
219 aa  61.2  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2824  HupC protein  29.09 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.603712  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7263  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.51 
 
 
236 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73881  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2726  cytochrome b, putative  25.22 
 
 
248 aa  60.1  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1163  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  27.22 
 
 
239 aa  60.1  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3770  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  25 
 
 
244 aa  60.1  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52768  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2510  cytochrome B561  25.88 
 
 
248 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00451745  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1831  cytochrome B561  29.63 
 
 
248 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.436226 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1941  cytochrome b561 family protein  23.08 
 
 
239 aa  59.3  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00760577  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1860  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.38 
 
 
227 aa  59.7  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  29.1 
 
 
195 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  26.41 
 
 
247 aa  59.3  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  27.27 
 
 
229 aa  58.9  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  26.21 
 
 
226 aa  58.9  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1152  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.31 
 
 
254 aa  57.8  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.955059  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1795  cytochrome B561  29.63 
 
 
248 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2491  cytochrome B561  29.63 
 
 
248 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114996  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1787  cytochrome B561  29.63 
 
 
248 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1164  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  24.09 
 
 
242 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210413  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2388  cytochrome b561  24.9 
 
 
255 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  28.5 
 
 
199 aa  56.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  28.5 
 
 
199 aa  56.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  28.04 
 
 
182 aa  55.8  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1156  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.09 
 
 
242 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.190258  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3100  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.42 
 
 
248 aa  55.5  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1346  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  26.85 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1530  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  26.85 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.927879  normal  0.28016 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1926  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  26.85 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.953972  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1986  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  26.85 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1930  hydrogenase 1 b-type cytochrome subunit  26.85 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1227  cytochrome B561  26.46 
 
 
175 aa  53.9  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.168026 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  25.37 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2692  cytochrome B561  26.72 
 
 
261 aa  53.1  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000585757  normal  0.182683 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  30.69 
 
 
184 aa  52.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2729  cytochrome B561  29.2 
 
 
246 aa  52  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  29.68 
 
 
241 aa  51.6  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  29.32 
 
 
218 aa  50.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0163  nickel-iron hydrogenase, small subunit  24.07 
 
 
228 aa  50.1  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.979082  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  27.89 
 
 
187 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  29 
 
 
200 aa  50.1  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  31.05 
 
 
204 aa  50.4  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  30 
 
 
198 aa  49.7  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1896  cytochrome b561 family protein  26.5 
 
 
181 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.832729  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  26.96 
 
 
193 aa  49.3  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1301  Diheme cytochrome c  25.47 
 
 
387 aa  48.9  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1367  cytochrome B561  23.08 
 
 
390 aa  49.3  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2149  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.21 
 
 
261 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0320701  normal  0.217874 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3373  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  22.77 
 
 
263 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.262475  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0835  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  24.04 
 
 
234 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0052  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.5 
 
 
231 aa  48.5  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.036623  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  26 
 
 
241 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  27.41 
 
 
202 aa  47.8  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1448  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  24.32 
 
 
227 aa  47.4  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0615119  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  28.69 
 
 
214 aa  47.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  27.59 
 
 
192 aa  47.4  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  28.57 
 
 
229 aa  47.4  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2130  cytochrome B561  22.01 
 
 
390 aa  47.8  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.578698  normal  0.698297 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  25.57 
 
 
181 aa  47  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  29.81 
 
 
230 aa  47  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3509  cytochrome B561  26.32 
 
 
181 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2022  cytochrome b/diheme cytochrome c hybrid protein  34.07 
 
 
363 aa  46.6  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  26.37 
 
 
228 aa  46.6  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  34.07 
 
 
363 aa  46.6  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>