222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5965 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5631  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  92.15 
 
 
598 aa  1080    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0685105 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5965  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
597 aa  1228    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.43 
 
 
584 aa  360  5e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126981  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.08 
 
 
589 aa  356  5.999999999999999e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1059  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.51 
 
 
599 aa  353  5e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331843  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1718  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.5 
 
 
556 aa  343  5e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.64 
 
 
583 aa  342  1e-92  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.66 
 
 
585 aa  337  5e-91  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3642  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.19 
 
 
557 aa  318  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5219  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.14 
 
 
568 aa  315  9.999999999999999e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.667486  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.41 
 
 
564 aa  314  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0080  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.19 
 
 
572 aa  309  1.0000000000000001e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.740516  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2941  5-oxoprolinase  34.63 
 
 
579 aa  306  6e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  33.45 
 
 
578 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  35.68 
 
 
563 aa  305  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.35 
 
 
577 aa  303  6.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.07 
 
 
577 aa  299  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.64 
 
 
582 aa  297  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.58 
 
 
580 aa  296  8e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.04 
 
 
657 aa  295  2e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4046  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.53 
 
 
559 aa  292  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0146598  decreased coverage  0.00136288 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1934  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.56 
 
 
561 aa  292  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2633  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.39 
 
 
577 aa  291  2e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.286418 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7017  hydantoin utilization protein  33.21 
 
 
571 aa  290  6e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9129  hydantoin utilization protein  32.12 
 
 
640 aa  289  8e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5473  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.71 
 
 
552 aa  288  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  32.44 
 
 
566 aa  286  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4352  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.28 
 
 
594 aa  285  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.45 
 
 
562 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0692  hydantoin utilization protein B  34.97 
 
 
565 aa  284  4.0000000000000003e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.755562  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2207  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.42 
 
 
559 aa  282  2e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00887256  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.87 
 
 
681 aa  279  9e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.94 
 
 
586 aa  273  5.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4027  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.68 
 
 
558 aa  271  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6535  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.13 
 
 
582 aa  270  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.479598 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3306  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.21 
 
 
561 aa  270  7e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.32832  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1062  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.8 
 
 
519 aa  259  1e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0859035  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5989  N-methylhydantoinase B (Hydantoin utilization protein B)  33.11 
 
 
577 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0982181 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3116  Hydantoinase B/oxoprolinase  32.18 
 
 
548 aa  253  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2708  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.65 
 
 
527 aa  251  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0372  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.02 
 
 
616 aa  252  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.014712  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.84 
 
 
601 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2084  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.52 
 
 
587 aa  250  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.81629  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8174  hydantoin utilization protein  31.1 
 
 
585 aa  248  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246451  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31 
 
 
660 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.82 
 
 
548 aa  243  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0802  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.09 
 
 
561 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36294  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3921  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.31 
 
 
534 aa  242  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.710611  normal  0.101565 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2210  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.52 
 
 
586 aa  239  1e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4825  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.17 
 
 
586 aa  238  3e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.308896  normal  0.0497189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.32 
 
 
564 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101613  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2414  hydantoinase B/oxoprolinase  30.63 
 
 
581 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.49373  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2528  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.2 
 
 
629 aa  235  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165308  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0561  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.74 
 
 
524 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.899145  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2261  hydantoinase B/oxoprolinase  30.63 
 
 
581 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2646  hydantoinase B/oxoprolinase  28.57 
 
 
647 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0398  hydantoinase/oxoprolinase  31.05 
 
 
1277 aa  233  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3514  hydantoinase B/oxoprolinase  30.29 
 
 
581 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6273  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.77 
 
 
634 aa  229  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0677788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1246  Hydantoinase B/oxoprolinase  32.36 
 
 
845 aa  229  9e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2225  5-oxoprolinase  30.13 
 
 
611 aa  229  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.113832  normal  0.624978 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4973  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.99 
 
 
652 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0791  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.11 
 
 
670 aa  228  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.549712 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2411  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.65 
 
 
515 aa  228  3e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.381663  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0639  putative N-methylhydantoinase B  31.06 
 
 
558 aa  226  8e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1968  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.26 
 
 
528 aa  226  9e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302268  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2292  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.06 
 
 
558 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.169693 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.36 
 
 
579 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1912  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.02 
 
 
569 aa  225  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1520  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.24 
 
 
588 aa  224  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6264  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.88 
 
 
544 aa  224  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3104  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  32.14 
 
 
537 aa  223  7e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2859  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.79 
 
 
629 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.832595  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3732  hydantoinase B/oxoprolinase  29.36 
 
 
674 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4926  Hydantoin utilization protein B  30.22 
 
 
551 aa  221  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253759  normal  0.500561 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8487  Hydantoinase B/oxoprolinase  32.11 
 
 
671 aa  217  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.92 
 
 
575 aa  216  9.999999999999999e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20950  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  28.97 
 
 
647 aa  216  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0800854 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3602  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.69 
 
 
597 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5341  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.39 
 
 
633 aa  214  3.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4429  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.01 
 
 
581 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28701  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1578  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.04 
 
 
541 aa  211  3e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6188  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.73 
 
 
539 aa  211  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.104121 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6594  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.01 
 
 
624 aa  210  7e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.17 
 
 
645 aa  210  8e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2367  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.81 
 
 
530 aa  209  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1877  Hydantoinase B/oxoprolinase  29.36 
 
 
613 aa  208  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8319  hydantoin utilization protein  28.6 
 
 
574 aa  206  7e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.113582  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3492  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30 
 
 
645 aa  206  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3812  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.62 
 
 
568 aa  205  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135188  normal  0.0136531 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.77 
 
 
511 aa  204  5e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.723439  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2036  hydantoinase B/oxoprolinase  29.23 
 
 
600 aa  203  6e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.524189  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2462  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.81 
 
 
515 aa  203  6e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0175  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.12 
 
 
628 aa  202  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0123  Hydantoinase B/oxoprolinase  29 
 
 
623 aa  202  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.242495  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0727  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.01 
 
 
513 aa  201  3e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.24 
 
 
521 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.87 
 
 
529 aa  200  5e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1391  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.77 
 
 
517 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.251897  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2849  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.27 
 
 
628 aa  198  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>