More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1515 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
235 aa  463  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4854  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.52 
 
 
236 aa  250  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0657212  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4813  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
239 aa  228  7e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.246184  normal  0.864959 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.86 
 
 
234 aa  190  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.7 
 
 
233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0457321 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.05 
 
 
234 aa  178  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
234 aa  166  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.114405  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.01 
 
 
237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.874533  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.73 
 
 
228 aa  160  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.912393 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3589  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
246 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377487  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
227 aa  124  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70124  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.72 
 
 
235 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
237 aa  122  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.419442  unclonable  0.00000816972 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1895  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.82 
 
 
231 aa  120  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
225 aa  121  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.379017  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 
235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1577  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
226 aa  118  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.062462  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7587  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
241 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.93 
 
 
248 aa  118  7.999999999999999e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5484  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
237 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.485941 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
222 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.214682  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3568  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
237 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0488562  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4799  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
237 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0583  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.53 
 
 
231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00177948  normal  0.463308 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0911  short chain dehydrogenase  38.05 
 
 
237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2100  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.12 
 
 
226 aa  113  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4701  short chain dehydrogenase  36.94 
 
 
237 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3805  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0132901  hitchhiker  0.00346902 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.134822  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_5780  predicted protein  36.41 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.155733  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_38394  predicted protein  33.91 
 
 
276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00142595  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4179  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0383999  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7169  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
233 aa  108  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
237 aa  108  5e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.233429  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3439  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.62 
 
 
229 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000413272 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0025  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.22 
 
 
232 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
268 aa  105  7e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.03 
 
 
240 aa  105  7e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  30.24 
 
 
260 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
231 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  31.75 
 
 
258 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
239 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0489  sorbitol dehydrogenase  31.45 
 
 
260 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000937678  hitchhiker  0.00159634 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  31.75 
 
 
276 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  31.75 
 
 
276 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  34.03 
 
 
254 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
236 aa  102  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0110746 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1487  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
231 aa  102  6e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  29.84 
 
 
260 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 
251 aa  101  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 
256 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 
256 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  30.56 
 
 
258 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0298  sorbitol dehydrogenase  30.59 
 
 
262 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.514875  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 
233 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 
256 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  28.87 
 
 
251 aa  100  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  33.05 
 
 
252 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
233 aa  100  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000124511  unclonable  0.0000000105469 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0699  sorbitol dehydrogenase  30.95 
 
 
258 aa  99  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.504553 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2964  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  27.73 
 
 
248 aa  99.4  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.95662  hitchhiker  0.0000180421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2523  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  27.73 
 
 
248 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.73 
 
 
248 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219217  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.26 
 
 
252 aa  99.4  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  25.62 
 
 
263 aa  99  6e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0269  sorbitol dehydrogenase  29.34 
 
 
263 aa  98.6  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
262 aa  98.6  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3040  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
247 aa  98.2  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0850209 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0868  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  97.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1031  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  97.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.466971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0872  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  97.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  33.17 
 
 
287 aa  97.1  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0330  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.264194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2462  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0692  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0628  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0076  sorbitol dehydrogenase  31.35 
 
 
258 aa  97.1  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
246 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.772329 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
252 aa  96.7  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  30.33 
 
 
255 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
246 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  0.189586 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.07 
 
 
244 aa  96.3  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
255 aa  96.3  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.746696  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.59 
 
 
242 aa  95.9  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000101099  normal  0.101895 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
254 aa  95.9  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.16188  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 
249 aa  95.9  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.83 
 
 
246 aa  95.5  6e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 
233 aa  95.5  6e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1215  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.38 
 
 
245 aa  95.1  7e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.765065 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
261 aa  95.1  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
249 aa  95.1  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.15 
 
 
256 aa  94.4  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
250 aa  94.4  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3604  putative dehydrogenase  35.65 
 
 
281 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055827  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.66 
 
 
251 aa  94.4  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
246 aa  94  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.8573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>