More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3161 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 277 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 277 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  42.29 
 
 		 286 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  41.39 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  42.29 
 
 		 314 aa  204  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  40.66 
 
 		 283 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 287 aa  199  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 293 aa  185  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 288 aa  176  5e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  37.5 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  34.06 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  32.65 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  30.18 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  32.42 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 296 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  29.91 
 
 		 326 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.9 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  31.42 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  29.69 
 
 		 289 aa  112  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  30.66 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  28.98 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  30.66 
 
 		 288 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  41.51 
 
 		 160 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  30.66 
 
 		 288 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 326 aa  108  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  29.07 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  30.31 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 288 aa  105  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  32.6 
 
 		 265 aa  105  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  28.57 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  29.62 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  30.45 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2480  transcription activator, effector binding  39.87 
 
 		 154 aa  102  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6018  hypothetical protein  38.12 
 
 		 156 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0116  transcription activator, effector binding  40.76 
 
 		 159 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0418  transcription activator, effector binding  38.61 
 
 		 154 aa  99.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0126  transcription activator effector binding  38.75 
 
 		 159 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  31.69 
 
 		 279 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003322  hypothetical protein  29.6 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.757084  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  25.93 
 
 		 281 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 279 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0124  transcription activator effector binding  42.41 
 
 		 159 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 280 aa  93.2  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  25.93 
 
 		 281 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  27.3 
 
 		 287 aa  92  9e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 281 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  29.92 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 300 aa  89  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 300 aa  89  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 281 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  26.94 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  38.74 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  23.76 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 325 aa  87  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  27.18 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3264  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  42.2 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  26.17 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  27.11 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  24.91 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  24.65 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>