126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3938 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3938  aromatic amino acid permease  100 
 
 		 392 aa  761    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  0.472237 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3878  aromatic amino acid permease  85.97 
 
 		 391 aa  653    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00957771  hitchhiker  0.00000285867 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3588  aromatic amino acid permease  79.85 
 
 		 391 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.281237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3389  aromatic amino acid permease  80.36 
 
 		 395 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0897  aromatic amino acid permease  79.08 
 
 		 391 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3465  aromatic amino acid permease  79.08 
 
 		 391 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230898  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3026  aromatic amino acid permease  78.57 
 
 		 391 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0948  aromatic amino acid permease  79.08 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0912  aromatic amino acid permease  78.83 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.231999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1074  tyrosine-specific transport protein, putative  77.55 
 
 		 395 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0916  aromatic amino acid permease  79.13 
 
 		 395 aa  546  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3188  aromatic amino acid permease  68.77 
 
 		 395 aa  525  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.497864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0683  aromatic amino acid permease  71.97 
 
 		 399 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.205009  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2939  tyrosine-specific transport protein, putative  72.63 
 
 		 395 aa  512  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.121322  normal  0.0322125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0574  aromatic amino acid permease  66.25 
 
 		 400 aa  488  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0641  aromatic amino acid permease  64.99 
 
 		 399 aa  474  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0526  aromatic amino acid transporter  42.75 
 
 		 400 aa  300  4e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.560578  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1307  tyrosine-specific transport protein  40.61 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000107929 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2099  tyrosine-specific transport protein  40.61 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.23753e-19 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2152  tyrosine-specific transport protein  40.61 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000242218 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2092  tyrosine-specific transport protein  40.61 
 
 		 422 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0842051  hitchhiker  0.0000739999 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1184  tyrosine-specific transport protein  40.36 
 
 		 422 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.135204  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0511  putative tyrosine-specific transport protein  41.62 
 
 		 400 aa  279  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1774  tyrosine-specific transport protein (tyrosine permease)  40.05 
 
 		 390 aa  278  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4434  aromatic amino acid transporter  43.52 
 
 		 400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2065  tyrosine-specific transport protein  41.79 
 
 		 395 aa  269  7e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0712  tyrosine-specific transport protein  42.09 
 
 		 400 aa  268  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2426  aromatic amino acid transporter  39.95 
 
 		 395 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392601  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2774  tyrosine-specific transport protein  41.28 
 
 		 402 aa  266  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1318  tyrosine-specific transport protein  41.28 
 
 		 402 aa  266  7e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2853  aromatic amino acid transporter  41.28 
 
 		 402 aa  266  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1846  aromatic amino acid transporter  40.77 
 
 		 395 aa  265  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.510263 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1034  tyrosine-specific transport protein  38.17 
 
 		 403 aa  264  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311327  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1736  aromatic amino acid transporter  38.42 
 
 		 403 aa  263  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000018039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1276  tyrosine-specific transport protein  38.42 
 
 		 403 aa  263  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00001928  hitchhiker  0.0000367731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2185  aromatic amino acid transporter  40.26 
 
 		 395 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135373  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01875  tyrosine transporter  38.17 
 
 		 403 aa  261  1e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0104717  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2647  tyrosine-specific transport protein  38.17 
 
 		 403 aa  261  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.588852  hitchhiker  0.0000000318595 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2005  tyrosine-specific transport protein  38.17 
 
 		 403 aa  261  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000529329  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2140  tyrosine-specific transport protein  38.17 
 
 		 403 aa  261  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000592969  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1925  aromatic amino acid transporter  39.95 
 
 		 395 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00166231  normal  0.036415 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1729  aromatic amino acid transporter  38.17 
 
 		 403 aa  261  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000563721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01864  hypothetical protein  38.17 
 
 		 403 aa  261  1e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00693993  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003573  tyrosine-specific transport protein  40.58 
 
 		 380 aa  259  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1792  aromatic amino acid transporter  40 
 
 		 395 aa  259  6e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2544  aromatic amino acid transporter  39.95 
 
 		 395 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.487399  decreased coverage  0.00912111 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2489  aromatic amino acid transporter  40.97 
 
 		 425 aa  257  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2433  aromatic amino acid transporter  39.44 
 
 		 395 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.485869  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2186  aromatic amino acid transporter  39.95 
 
 		 395 aa  256  7e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.338137  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3298  tyrosine-specific transport protein  39.48 
 
 		 388 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3276  aromatic amino acid transporter  40.71 
 
 		 402 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1118  aromatic amino acid transporter  38.46 
 
 		 402 aa  244  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3197  aromatic amino acid transporter  38.72 
 
 		 402 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02530  hypothetical protein  39.15 
 
 		 361 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3787  aromatic amino acid transporter  32.14 
 
 		 418 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3987  aromatic amino acid transporter  32.14 
 
 		 418 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3860  aromatic amino acid transporter  31.89 
 
 		 418 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4108  aromatic amino acid transporter  32.66 
 
 		 418 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4307  aromatic amino acid transporter  32.66 
 
 		 418 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4176  aromatic amino acid transporter  32.66 
 
 		 418 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0158  aromatic amino acid transporter  32.66 
 
 		 418 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4601  tryptophan-specific transport protein  31.89 
 
 		 414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3479  aromatic amino acid transport protein  35.12 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0262  aromatic amino acid transporter  32.4 
 
 		 418 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3778  aromatic amino acid transporter  32.39 
 
 		 418 aa  199  9e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3513  aromatic amino acid transport protein  31.38 
 
 		 417 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06320  hypothetical protein  36.87 
 
 		 385 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001420  tyrosine-specific transport protein  36.11 
 
 		 385 aa  196  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3995  aromatic amino acid transporter  32.23 
 
 		 418 aa  196  7e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3531  aromatic amino acid transporter  32.4 
 
 		 418 aa  195  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0182  aromatic amino acid transporter  31.89 
 
 		 418 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0780  tyrosine-specific transport protein  36.53 
 
 		 403 aa  194  3e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000892482  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1337  tyrosine-specific transport protein (tyrosine permease)  34.27 
 
 		 384 aa  192  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0202  aromatic amino acid transporter  32.14 
 
 		 418 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6222  tryptophan permease  30.77 
 
 		 467 aa  189  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71710  tryptophan permease  30.77 
 
 		 417 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.268423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2776  aromatic amino acid transporter  31.02 
 
 		 414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2697  tryptophan-specific transport protein  31.02 
 
 		 414 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1562  tryptophan-specific transport protein  30.08 
 
 		 416 aa  180  4e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000304843  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0755  tryptophan permease  29.79 
 
 		 424 aa  177  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3236  aromatic amino acid transporter  29.49 
 
 		 414 aa  177  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1511  tryptophan-specific transport protein  30.48 
 
 		 412 aa  177  4e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0991  tryptophan permease  30.05 
 
 		 424 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1031  aromatic amino acid transporter  30.48 
 
 		 425 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1166  tyrosine-specific transport protein  35.31 
 
 		 405 aa  172  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0709  hypothetical protein  31.88 
 
 		 398 aa  170  4e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0691  hypothetical protein  31.62 
 
 		 398 aa  169  6e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0710  hypothetical protein  30.2 
 
 		 396 aa  169  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0692  hypothetical protein  30.2 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0097  aromatic amino acid transporter  30.53 
 
 		 419 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.103921  normal  0.507347 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1135  aromatic amino acid transporter  28.57 
 
 		 409 aa  159  8e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.55679  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3598  tryptophan permease  28.95 
 
 		 414 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0157208 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3572  tryptophan permease  28.38 
 
 		 414 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03593  tryptophan transporter of low affinity  29.16 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3466  tryptophan permease  28.38 
 
 		 414 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3466  tryptophan permease  28.53 
 
 		 414 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5140  tryptophan permease TnaB  29.16 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.406172 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03537  hypothetical protein  29.16 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4285  tryptophan permease TnaB  29.16 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3535  tryptophan permease  28.11 
 
 		 414 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>