More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1548 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1640  excinuclease ABC subunit C  93.76 
 
 
609 aa  1168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00105988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30660  excinuclease ABC subunit C  53.04 
 
 
608 aa  669  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.385406  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2053  excinuclease ABC subunit C  59.08 
 
 
617 aa  737  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.1478e-08  hitchhiker  0.000473429 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2648  excinuclease ABC subunit C  80.79 
 
 
610 aa  1019  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.473447  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1615  excinuclease ABC subunit C  99.84 
 
 
609 aa  1259  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000543557  normal  0.3636 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1548  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
609 aa  1263  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  7.04584e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1726  excinuclease ABC subunit C  57.87 
 
 
610 aa  732  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.00265e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1270  excinuclease ABC subunit C  57.7 
 
 
610 aa  729  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.1646e-06  hitchhiker  0.000709379 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3374  excinuclease ABC subunit C  51.88 
 
 
607 aa  655  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2151  excinuclease ABC subunit C  79.17 
 
 
609 aa  1021  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.054241  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2449  excinuclease ABC subunit C  57.97 
 
 
608 aa  724  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0823614  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1040  excinuclease ABC subunit C  57.87 
 
 
610 aa  734  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.90411e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2355  excinuclease ABC subunit C  59.24 
 
 
617 aa  740  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0361706  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1437  excinuclease ABC subunit C  80.17 
 
 
609 aa  1023  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0535013  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2109  excinuclease ABC subunit C  58.69 
 
 
610 aa  740  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0217985  hitchhiker  2.91711e-15 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2161  excinuclease ABC subunit C  58.36 
 
 
610 aa  736  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.138205  hitchhiker  3.5589e-09 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2102  excinuclease ABC subunit C  58.69 
 
 
610 aa  739  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000495467  normal  0.0150424 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1174  excinuclease ABC subunit C  58.69 
 
 
610 aa  738  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  2.94093e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2676  excinuclease ABC subunit C  93.27 
 
 
609 aa  1188  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00512611  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1954  excinuclease ABC subunit C  80.3 
 
 
609 aa  1031  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00983646  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2374  excinuclease ABC subunit C  53.61 
 
 
607 aa  674  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.483342  normal  0.0306932 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1825  excinuclease ABC subunit C  80.3 
 
 
609 aa  1041  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.088783  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0834  excinuclease ABC subunit C  59.08 
 
 
610 aa  737  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.70037e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2561  excinuclease ABC subunit C  93.27 
 
 
609 aa  1186  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00257936  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1766  excinuclease ABC subunit C  50.9 
 
 
607 aa  644  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0738607  decreased coverage  0.000573829 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2614  excinuclease ABC subunit C  52.71 
 
 
608 aa  665  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2500  excinuclease ABC subunit C  57.59 
 
 
607 aa  717  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.23696e-05  normal  0.60847 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2599  excinuclease ABC subunit C  93.6 
 
 
609 aa  1191  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00115318  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2252  excinuclease ABC subunit C  59.02 
 
 
610 aa  741  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.4144e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1193  excinuclease ABC, C subunit  57.99 
 
 
609 aa  716  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  77.69 
 
 
606 aa  1001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02747  excinuclease ABC subunit C  58.57 
 
 
588 aa  708  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2011  excinuclease ABC subunit C  57.87 
 
 
610 aa  733  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.78771e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2146  excinuclease ABC subunit C  57.87 
 
 
610 aa  733  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.3615e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2454  excinuclease ABC subunit C  79.97 
 
 
609 aa  1037  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.263996  normal  0.543932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1609  excinuclease ABC subunit C  99.51 
 
 
609 aa  1256  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.67064e-05  normal  0.0818954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1849  excinuclease ABC subunit C  58.03 
 
 
610 aa  732  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0109871  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1297  excinuclease ABC subunit C  58.52 
 
 
610 aa  739  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000512015  hitchhiker  3.87597e-06 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0659  excinuclease ABC subunit C  56.67 
 
 
609 aa  711  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.25379  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3023  excinuclease ABC, C subunit  51.15 
 
 
607 aa  648  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623507  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1783  excinuclease ABC subunit C  93.6 
 
 
610 aa  1191  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0533171  hitchhiker  1.62173e-07 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1861  excinuclease ABC subunit C  99.18 
 
 
609 aa  1256  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1519  excinuclease ABC subunit C  56.89 
 
 
610 aa  722  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0983209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1595  excinuclease ABC subunit C  56.56 
 
 
610 aa  716  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.31766  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25040  excinuclease ABC subunit C  53.11 
 
 
607 aa  661  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3270  excinuclease ABC subunit C  56.75 
 
 
639 aa  729  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0150435  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2668  excinuclease ABC subunit C  56.89 
 
 
610 aa  719  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0146387  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1451  excinuclease ABC subunit C  56.89 
 
 
610 aa  710  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4098  excinuclease ABC subunit C  50.9 
 
 
607 aa  643  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125966  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1907  excinuclease ABC subunit C  53.15 
 
 
609 aa  669  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01878  excinuclease ABC subunit C  57.82 
 
 
588 aa  705  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  5.83054e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2896  excinuclease ABC subunit C  51.31 
 
 
607 aa  644  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189646  normal  0.894143 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1733  excinuclease ABC, C subunit  57.7 
 
 
610 aa  730  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.10405e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2685  excinuclease ABC subunit C  57.87 
 
 
610 aa  733  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.30785e-07  normal  0.0663039 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003099  excinuclease ABC subunit C  58.74 
 
 
588 aa  707  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.08036e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2140  excinuclease ABC subunit C  59.57 
 
 
608 aa  730  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.604529  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3066  excinuclease ABC subunit C  52.3 
 
 
607 aa  656  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3671  excinuclease ABC subunit C  51.11 
 
 
585 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159711  hitchhiker  3.75345e-08 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02086  excinuclease ABC subunit C  53.66 
 
 
544 aa  618  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  8.99057e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1598  excinuclease ABC, C subunit  50.99 
 
 
607 aa  615  1e-174  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.735187  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1362  excinuclease ABC subunit C  48.52 
 
 
611 aa  608  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.884945  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2133  excinuclease ABC subunit C  50.33 
 
 
604 aa  605  1e-172  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00985622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1192  excinuclease ABC, C subunit  50.33 
 
 
619 aa  602  1e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0751579  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1334  excinuclease ABC subunit C  48.92 
 
 
609 aa  604  1e-171  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.85239e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3241  excinuclease ABC, C subunit  51.08 
 
 
607 aa  604  1e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0161382  hitchhiker  0.00210477 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1644  excinuclease ABC subunit C  47.6 
 
 
599 aa  600  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1681  excinuclease ABC, C subunit  48.94 
 
 
626 aa  599  1e-170  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0022  excinuclease ABC subunit C  48.5 
 
 
613 aa  595  1e-169  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1276  excinuclease ABC subunit C  48.42 
 
 
609 aa  597  1e-169  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00138903  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  48.6 
 
 
612 aa  588  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1804  excinuclease ABC subunit C  49.75 
 
 
599 aa  587  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.919457  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1145  excinuclease ABC, C subunit  47.22 
 
 
613 aa  572  1e-162  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000360051  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  48.18 
 
 
603 aa  572  1e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2698  excinuclease ABC subunit C  47.94 
 
 
618 aa  569  1e-161  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2570  excinuclease ABC subunit C  48.11 
 
 
618 aa  570  1e-161  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1410  excinuclease ABC subunit C  47.53 
 
 
621 aa  571  1e-161  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1316  excinuclease ABC subunit C  47.37 
 
 
627 aa  569  1e-161  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.235211  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00582  excinuclease ABC subunit C  46.74 
 
 
618 aa  559  1e-158  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1803  excinuclease ABC, C subunit  47.25 
 
 
657 aa  555  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0340936  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0205  excinuclease ABC subunit C  47.84 
 
 
614 aa  552  1e-156  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0351181  normal  0.308964 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1403  excinuclease ABC subunit C  47.19 
 
 
614 aa  553  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.252536  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2013  excinuclease ABC subunit C  47.91 
 
 
614 aa  545  1e-154  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.117598  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1271  excinuclease ABC subunit C  47.86 
 
 
606 aa  542  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2306  excinuclease ABC subunit C  45.98 
 
 
605 aa  538  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.391453  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2316  excinuclease ABC subunit C  47.4 
 
 
645 aa  536  1e-151  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.682688  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0701  excinuclease ABC subunit C  46.6 
 
 
598 aa  529  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.233077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0936  excinuclease ABC subunit C  43.49 
 
 
657 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.581594  normal  0.110547 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1001  excinuclease ABC subunit C  43.8 
 
 
657 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73532  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0979  excinuclease ABC, C subunit  44.7 
 
 
623 aa  519  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0363417 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0853  excinuclease ABC, C subunit  44.57 
 
 
608 aa  521  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1071  excinuclease ABC subunit C  42.46 
 
 
654 aa  508  1e-142  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  5.38512e-06  normal  0.216036 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2161  excinuclease ABC subunit C  41.46 
 
 
674 aa  498  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.263968 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4255  excinuclease ABC subunit C  41.12 
 
 
677 aa  494  1e-138  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.27889  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2410  excinuclease ABC subunit C  41.31 
 
 
673 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.308713  hitchhiker  0.000953685 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1783  excinuclease ABC subunit C  42.21 
 
 
653 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2244  excinuclease ABC subunit C  41.69 
 
 
663 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0663  excinuclease ABC subunit C  40.82 
 
 
681 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.912465  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1143  excinuclease ABC subunit C  40.82 
 
 
681 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232911  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1627  excinuclease ABC subunit C  42.81 
 
 
649 aa  487  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1101  excinuclease ABC subunit C  40.35 
 
 
682 aa  485  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>