78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0253 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0253  protein of unknown function, Spy-related  100 
 
 
163 aa  334  4e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  2.05349e-05  hitchhiker  0.000372635 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0254  protein of unknown function, Spy-related  93.87 
 
 
163 aa  316  1e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  5.50011e-05  hitchhiker  1.61676e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4476  spheroplast protein y precursor, putative  86.5 
 
 
163 aa  291  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0368  protein of unknown function, Spy-related  85.28 
 
 
163 aa  287  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  5.28053e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0255  protein of unknown function Spy-related  79.31 
 
 
174 aa  245  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  4.30973e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0257  protein of unknown function Spy-related  79.31 
 
 
174 aa  241  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  6.63543e-06  decreased coverage  1.15808e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0262  hypothetical protein  79.31 
 
 
174 aa  241  3e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.18811e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0262  protein of unknown function Spy-related  78.16 
 
 
174 aa  241  4e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00734825  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0280  protein of unknown function, Spy-related  50.97 
 
 
168 aa  152  3e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  5.25037e-06  unclonable  8.29203e-11 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0282  protein of unknown function Spy-related  50.67 
 
 
154 aa  145  2e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.26692e-08  unclonable  2.42912e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3932  protein of unknown function Spy-related  50.32 
 
 
160 aa  139  2e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.05476e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0313  spheroplast protein y precursor, putative  46.63 
 
 
163 aa  130  7e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.63608e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3431  spheroplast protein y precursor, putative  46.98 
 
 
163 aa  116  1e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  1.29305e-05  normal  0.324571 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3569  protein of unknown function, Spy-related  45.27 
 
 
147 aa  116  2e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.21664e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3460  spheroplast protein y precursor, putative  37.13 
 
 
181 aa  108  2e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  6.6442e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01700  hypothetical protein  38.89 
 
 
161 aa  80.9  7e-15  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01712  envelope stress induced periplasmic protein  38.89 
 
 
161 aa  80.9  7e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1448  periplasmic protein  37.16 
 
 
161 aa  80.9  8e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.351784 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1987  periplasmic protein  38.89 
 
 
156 aa  80.5  1e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.243751  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2461  periplasmic protein  38.89 
 
 
161 aa  79.7  2e-14  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.771279 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1889  periplasmic protein  38.89 
 
 
161 aa  79.7  2e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0214955 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1964  periplasmic protein  38.89 
 
 
161 aa  79.7  2e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3500  protein of unknown function Spy-related  34.15 
 
 
158 aa  78.6  3e-14  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.764021  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1701  periplasmic protein  40.87 
 
 
162 aa  79  3e-14  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1825  periplasmic protein  38.1 
 
 
161 aa  78.6  3e-14  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1899  protein of unknown function Spy-related protein  38.1 
 
 
161 aa  78.6  3e-14  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.185725  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1421  periplasmic protein  38.17 
 
 
161 aa  76.3  2e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.168395  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1436  periplasmic protein  38.17 
 
 
161 aa  75.9  2e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1404  periplasmic protein  38.17 
 
 
161 aa  76.3  2e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.181136 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1864  periplasmic protein  38.17 
 
 
161 aa  75.9  2e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.978086  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2037  periplasmic protein  38.17 
 
 
161 aa  75.9  2e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195484  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3377  protein of unknown function Spy-related  33.97 
 
 
157 aa  74.7  5e-13  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0539  periplasmic protein  32.53 
 
 
162 aa  73.2  2e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0085  periplasmic stress adaptor protein CpxP  36.49 
 
 
162 aa  70.1  1e-11  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359879  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4131  periplasmic stress adaptor protein CpxP  36.49 
 
 
162 aa  70.1  1e-11  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  3.37772e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0082  periplasmic stress adaptor protein CpxP  36.49 
 
 
162 aa  70.1  1e-11  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4459  protein of unknown function, Spy-related  31.21 
 
 
159 aa  65.5  3e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4059  periplasmic repressor CpxP  30.43 
 
 
166 aa  65.1  4e-10  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.56086e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4393  periplasmic repressor CpxP  34.53 
 
 
170 aa  64.3  6e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4306  periplasmic repressor CpxP  33.57 
 
 
167 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24903  normal  0.013655 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03799  periplasmic protein combats stress  33.57 
 
 
166 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.37018  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4071  protein of unknown function Spy-related protein  33.57 
 
 
166 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03748  hypothetical protein  33.57 
 
 
166 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.493824  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4104  periplasmic repressor CpxP  33.57 
 
 
166 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.477556  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4144  periplasmic repressor CpxP  33.57 
 
 
166 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4447  periplasmic repressor CpxP  33.57 
 
 
166 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5368  periplasmic repressor CpxP  33.57 
 
 
166 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4741  periplasmic protein  34.69 
 
 
166 aa  63.2  1e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00148  periplasmic repressor CpxP  36.36 
 
 
169 aa  62  3e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2796  putative periplasmic protein CpxP  41 
 
 
168 aa  61.6  4e-09  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  2.03252e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4458  periplasmic repressor CpxP  29.63 
 
 
166 aa  61.6  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4277  periplasmic repressor CpxP  29.63 
 
 
166 aa  61.6  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.5664 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4391  periplasmic repressor CpxP  29.63 
 
 
166 aa  61.6  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4347  periplasmic repressor CpxP  29.63 
 
 
166 aa  61.6  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.470719  hitchhiker  6.13131e-08 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4306  periplasmic repressor CpxP  29.63 
 
 
166 aa  61.6  5e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0756  periplasmic protein  32.06 
 
 
162 aa  61.2  6e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0137  putative stress resistance protein  34.03 
 
 
174 aa  58.2  5e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002220  P pilus assembly/Cpx signaling pathway, periplasmic inhibitor/zinc- resistance associated protein  37.19 
 
 
170 aa  58.2  5e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  2.85493e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0129  putative stress resistance protein  32.17 
 
 
174 aa  55.1  4e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.291155  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4809  periplasmic repressor of cpx regulon by interaction with CpxA, rescue from transitory stresses  31.33 
 
 
147 aa  54.3  8e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000567342 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3144  hypothetical protein  29.66 
 
 
178 aa  52.8  2e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1561  periplasmic repressor CpxP  31.47 
 
 
166 aa  49.3  2e-05  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  2.04071e-08  unclonable  1.90173e-12 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1376  envelope stress induced periplasmic protein, Spy-related  31.73 
 
 
185 aa  49.3  2e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1751  hypothetical protein  30.15 
 
 
152 aa  48.9  3e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  7.49705e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0320  hypothetical protein  27.33 
 
 
185 aa  48.1  4e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.49922e-06  hitchhiker  1.08776e-08 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1222  protein of unknown function, Spy-related  30.77 
 
 
173 aa  48.1  5e-05  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0499596  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1143  hypothetical protein  31.72 
 
 
178 aa  48.1  6e-05  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4032  putative stress resistance protein  30 
 
 
190 aa  47.4  8e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2662  hypothetical protein  28.76 
 
 
162 aa  47.4  9e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.117533  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0677  hypothetical protein  29.17 
 
 
159 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  3.64222e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1674  hypothetical protein  26.57 
 
 
136 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1680  hypothetical protein  26.57 
 
 
136 aa  45.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3847  hypothetical protein  26.67 
 
 
149 aa  45.4  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.354276  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3849  putative stress resistance protein  28.42 
 
 
174 aa  44.3  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227147  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0363  hypothetical protein  30.07 
 
 
180 aa  43.5  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2263  periplasmic repressor CpxP  29.79 
 
 
167 aa  42.4  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.48096e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00534  hypothetical protein  29.37 
 
 
275 aa  42  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3120  hypothetical protein  30.39 
 
 
158 aa  41.6  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>