79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0539 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0539  periplasmic protein  100 
 
 
162 aa  332  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0756  periplasmic protein  90.12 
 
 
162 aa  276  8e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276898  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1404  periplasmic protein  59.39 
 
 
161 aa  174  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.181136 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1421  periplasmic protein  58.79 
 
 
161 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.168395  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1448  periplasmic protein  56.36 
 
 
161 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.351784 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2037  periplasmic protein  59.39 
 
 
161 aa  171  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195484  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1864  periplasmic protein  59.39 
 
 
161 aa  171  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.978086  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1436  periplasmic protein  58.79 
 
 
161 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1701  periplasmic protein  56.17 
 
 
162 aa  164  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1889  periplasmic protein  56.36 
 
 
161 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0214955 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2461  periplasmic protein  56.36 
 
 
161 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.771279 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1964  periplasmic protein  56.36 
 
 
161 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1825  periplasmic protein  55.76 
 
 
161 aa  161  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1899  protein of unknown function Spy-related protein  55.76 
 
 
161 aa  161  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.185725  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01712  envelope stress induced periplasmic protein  55.15 
 
 
161 aa  159  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01700  hypothetical protein  55.15 
 
 
161 aa  159  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1987  periplasmic protein  55.76 
 
 
156 aa  142  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.243751  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3500  protein of unknown function Spy-related  48.72 
 
 
158 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.764021  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3377  protein of unknown function Spy-related  50.96 
 
 
157 aa  137  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4741  periplasmic protein  48 
 
 
166 aa  125  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0082  periplasmic stress adaptor protein CpxP  35.15 
 
 
162 aa  93.6  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4131  periplasmic stress adaptor protein CpxP  35.15 
 
 
162 aa  93.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000337772  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0085  periplasmic stress adaptor protein CpxP  35.15 
 
 
162 aa  93.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359879  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4393  periplasmic repressor CpxP  31.82 
 
 
170 aa  77  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4447  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4071  protein of unknown function Spy-related protein  31.17 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4144  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5368  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4104  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.477556  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4306  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
167 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24903  normal  0.013655 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4059  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000356086  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4277  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.5664 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03799  periplasmic protein combats stress  31.17 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.37018  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03748  hypothetical protein  31.17 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.493824  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4458  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4347  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.470719  hitchhiker  0.0000000613131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4391  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4306  periplasmic repressor CpxP  31.17 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4809  periplasmic repressor of cpx regulon by interaction with CpxA, rescue from transitory stresses  30.46 
 
 
147 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000567342 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0253  protein of unknown function, Spy-related  32.53 
 
 
163 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000205349  hitchhiker  0.000372635 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0137  putative stress resistance protein  29.73 
 
 
174 aa  71.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0282  protein of unknown function Spy-related  31.13 
 
 
154 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000126692  unclonable  0.0000000242912 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0129  putative stress resistance protein  30.66 
 
 
174 aa  70.9  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.291155  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0254  protein of unknown function, Spy-related  32.52 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000550011  hitchhiker  0.00000000161676 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4476  spheroplast protein y precursor, putative  31.33 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0313  spheroplast protein y precursor, putative  35.29 
 
 
163 aa  67.4  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000163608  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4459  protein of unknown function, Spy-related  31.72 
 
 
159 aa  63.9  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0368  protein of unknown function, Spy-related  30.86 
 
 
163 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000528053  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3431  spheroplast protein y precursor, putative  33.56 
 
 
163 aa  63.5  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000129305  normal  0.324571 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0280  protein of unknown function, Spy-related  29.33 
 
 
168 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000525037  unclonable  0.0000000000829203 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1561  periplasmic repressor CpxP  30 
 
 
166 aa  61.2  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000204071  unclonable  0.00000000000190173 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4032  putative stress resistance protein  34.74 
 
 
190 aa  61.2  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3849  putative stress resistance protein  30.34 
 
 
174 aa  60.8  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3460  spheroplast protein y precursor, putative  37.96 
 
 
181 aa  60.5  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000066442  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4212  putative lipoprotein signal peptide  36.75 
 
 
190 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421499  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4322  lipoprotein signal peptide  36.75 
 
 
190 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00684015 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3569  protein of unknown function, Spy-related  31.25 
 
 
147 aa  59.7  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000221664  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002220  P pilus assembly/Cpx signaling pathway, periplasmic inhibitor/zinc- resistance associated protein  30.72 
 
 
170 aa  57.8  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000285493  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0255  protein of unknown function Spy-related  29.92 
 
 
174 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000430973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0262  protein of unknown function Spy-related  29.27 
 
 
174 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00734825  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2796  putative periplasmic protein CpxP  34.62 
 
 
168 aa  52.8  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000203252  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0262  hypothetical protein  29.13 
 
 
174 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000518811  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0257  protein of unknown function Spy-related  29.13 
 
 
174 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000663543  decreased coverage  0.0000115808 
 
 
-
 
NC_003296  RS05425  lipoprotein signal peptide  32.52 
 
 
175 aa  51.2  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1376  envelope stress induced periplasmic protein, Spy-related  34 
 
 
185 aa  50.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0892  envelope stress induced periplasmic protein, Spy-related  35.11 
 
 
210 aa  49.3  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0456939  normal  0.690195 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0363  hypothetical protein  30.09 
 
 
180 aa  49.3  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1674  hypothetical protein  26.09 
 
 
136 aa  49.7  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1680  hypothetical protein  26.09 
 
 
136 aa  48.5  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1921  hypothetical protein  33.11 
 
 
146 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22740  hypothetical protein  33.11 
 
 
146 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.443318  normal  0.0477687 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3144  hypothetical protein  25.33 
 
 
178 aa  47  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2530  hypothetical protein  33.66 
 
 
182 aa  46.2  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00527013 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3847  hypothetical protein  26.37 
 
 
149 aa  44.7  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.354276  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2263  periplasmic repressor CpxP  30.28 
 
 
167 aa  44.7  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000748096  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3932  protein of unknown function Spy-related  25 
 
 
160 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000105476  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1222  protein of unknown function, Spy-related  29.08 
 
 
173 aa  43.9  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0499596  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00148  periplasmic repressor CpxP  30.84 
 
 
169 aa  42.4  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3920  lipoprotein signal peptide  32.32 
 
 
131 aa  40.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>